More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_5530 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_5530  diguanylate cyclase  100 
 
 		 384 aa  754    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0865314  normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2441  diguanylate cyclase  54.74 
 
 		 403 aa  380  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.933088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2736  diguanylate cyclase  52.89 
 
 		 405 aa  369  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2513  diguanylate cyclase  52.63 
 
 		 405 aa  367  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0645209 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  53.3 
 
 		 384 aa  365  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  55.23 
 
 		 384 aa  349  4e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4428  diguanylate cyclase  49.47 
 
 		 383 aa  291  1e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  39.83 
 
 		 415 aa  204  2e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  35.25 
 
 		 409 aa  199  7.999999999999999e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  34.91 
 
 		 411 aa  192  6e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  35.25 
 
 		 411 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1910  GGDEF family protein  32.8 
 
 		 413 aa  178  1e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.382207  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  35.9 
 
 		 410 aa  176  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  34.12 
 
 		 411 aa  171  3e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  33.66 
 
 		 409 aa  162  9e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1246  diguanylate cyclase  31.94 
 
 		 440 aa  153  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  32.31 
 
 		 385 aa  150  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  33.43 
 
 		 373 aa  149  6e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1695  GGDEF family protein  31.85 
 
 		 420 aa  147  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.037923  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  32.22 
 
 		 385 aa  145  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  28.8 
 
 		 385 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2233  diguanylate cyclase  32.08 
 
 		 390 aa  140  4.999999999999999e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.878292 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  28.53 
 
 		 385 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5670  diguanylate cyclase  32.5 
 
 		 393 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.598919 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  30.75 
 
 		 405 aa  138  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  28.53 
 
 		 385 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  33.43 
 
 		 531 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1337  diguanylate cyclase  31.68 
 
 		 427 aa  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.387993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  29.46 
 
 		 413 aa  135  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  32.23 
 
 		 397 aa  133  5e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  31.49 
 
 		 391 aa  133  5e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  31.49 
 
 		 391 aa  133  5e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5469  GGDEF  30.96 
 
 		 419 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  32.73 
 
 		 392 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  45.74 
 
 		 1000 aa  130  3e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  34.39 
 
 		 381 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  31.36 
 
 		 380 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  40.17 
 
 		 381 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  31.11 
 
 		 395 aa  129  9.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 628 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6750  diguanylate cyclase  32.8 
 
 		 370 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.795735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0749  diguanylate cyclase  32.41 
 
 		 432 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0940532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  30.85 
 
 		 395 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0968  diguanylate cyclase  44.22 
 
 		 363 aa  127  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.326915  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5658  putative diguanylate cyclase  30.96 
 
 		 395 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0922182 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3185  diguanylate cyclase  41.23 
 
 		 347 aa  127  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.106755  normal  0.0939676 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2170  diguanylate cyclase  32.41 
 
 		 382 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1809  diguanylate cyclase  31.97 
 
 		 391 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.271583  hitchhiker  0.00508351 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1938  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 391 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  28.61 
 
 		 389 aa  126  7e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  29.06 
 
 		 389 aa  125  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123921  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  31.69 
 
 		 403 aa  125  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4391  diguanylate cyclase  31.31 
 
 		 387 aa  125  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.45 
 
 		 464 aa  124  2e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2303  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.8 
 
 		 410 aa  124  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.136359  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1781  sensory box-containing diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 430 aa  124  3e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.900668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1458  sensory box-containing diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 430 aa  124  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01318  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  43.1 
 
 		 410 aa  123  4e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.536328  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1555  sensory box-containing diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 430 aa  124  4e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1989  sensory box-containing diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 430 aa  124  4e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.641954 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01328  hypothetical protein  43.1 
 
 		 410 aa  123  4e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.465042  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 401 aa  124  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.62 
 
 		 673 aa  124  4e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5646  diguanylate cyclase  32.76 
 
 		 399 aa  124  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.515019  normal  0.418134 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.91 
 
 		 827 aa  123  5e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5582  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 241 aa  123  7e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.503288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3919  diguanylate cyclase  41.2 
 
 		 406 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.556135 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2284  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.27 
 
 		 410 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.629539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1586  sensory box-containing diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 430 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3305  diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 286 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.33883 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  46.78 
 
 		 525 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.92 
 
 		 794 aa  120  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 361 aa  121  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 456 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3663  GGDEF domain-containing protein  30.98 
 
 		 433 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.241866 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.27 
 
 		 424 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2154  GGDEF  39.79 
 
 		 411 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2239  diguanylate cyclase  31.14 
 
 		 388 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.942581  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  39.2 
 
 		 722 aa  119  6e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  40.18 
 
 		 366 aa  119  9e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  42.22 
 
 		 582 aa  119  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 632 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 398 aa  118  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4287  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 409 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0539284  normal  0.0529448 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2066  diguanylate cyclase  30.63 
 
 		 419 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.484782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 304 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 317 aa  118  1.9999999999999998e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 459 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1189  diguanylate cyclase  35.78 
 
 		 357 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0106637  normal  0.54324 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  29.05 
 
 		 387 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 492 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  44.31 
 
 		 525 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1998  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 391 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0959773 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2518  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 500 aa  117  3e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.784165 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 336 aa  117  3e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  44.38 
 
 		 689 aa  117  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 540 aa  117  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4014  diguanylate cyclase  37.75 
 
 		 605 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 390 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 377 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>