More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2239 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3663  GGDEF domain-containing protein  94.33 
 
 
433 aa  702    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.241866 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2239  diguanylate cyclase  100 
 
 
388 aa  770    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.942581  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2066  diguanylate cyclase  93.81 
 
 
419 aa  697    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.484782  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2240  diguanylate cyclase  88.45 
 
 
388 aa  596  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2170  diguanylate cyclase  77.11 
 
 
382 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0749  diguanylate cyclase  62.57 
 
 
432 aa  441  9.999999999999999e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0940532  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4391  diguanylate cyclase  60.42 
 
 
387 aa  426  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4392  diguanylate cyclase  46.87 
 
 
414 aa  270  4e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.361325  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4287  diguanylate cyclase  45.99 
 
 
409 aa  249  4e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0539284  normal  0.0529448 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3919  diguanylate cyclase  45.22 
 
 
406 aa  247  2e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.556135 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.22 
 
 
1021 aa  124  2e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  30.22 
 
 
384 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  29.83 
 
 
415 aa  119  7e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0142  metal dependent phosphohydrolase  31.92 
 
 
545 aa  117  3.9999999999999997e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000694732  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  36.61 
 
 
321 aa  116  6e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2550  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.67 
 
 
412 aa  116  6.9999999999999995e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.665651  normal  0.63887 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.89 
 
 
832 aa  116  6.9999999999999995e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase domain 2  33.51 
 
 
320 aa  116  7.999999999999999e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.175883  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5658  putative diguanylate cyclase  37.58 
 
 
395 aa  116  7.999999999999999e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0922182 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  29.87 
 
 
386 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  30.03 
 
 
391 aa  113  5e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  30.03 
 
 
391 aa  113  5e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  31.86 
 
 
323 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  38.37 
 
 
377 aa  112  9e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2010  diguanylate cyclase  38.46 
 
 
351 aa  110  4.0000000000000004e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379687  normal  0.0370672 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1484  diguanylate cyclase  34.48 
 
 
615 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2893  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.39 
 
 
1114 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5530  diguanylate cyclase  31.04 
 
 
384 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0865314  normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1042  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.05 
 
 
1059 aa  110  6e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.192885 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5670  diguanylate cyclase  27.07 
 
 
393 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.598919 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  28.5 
 
 
395 aa  109  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  33.52 
 
 
493 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.29 
 
 
738 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0021  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.18 
 
 
1225 aa  108  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363406  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  29.63 
 
 
385 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0003  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.63 
 
 
669 aa  108  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  28.27 
 
 
395 aa  107  3e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  39.49 
 
 
375 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1898  diguanylate cyclase  31.37 
 
 
300 aa  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.693267 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.47 
 
 
531 aa  107  3e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0568  diguanylate cyclase  38.02 
 
 
586 aa  107  3e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.76 
 
 
319 aa  107  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0674  sensory box protein  33.99 
 
 
788 aa  107  4e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  27 
 
 
386 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2179  diguanylate cyclase  35.54 
 
 
477 aa  107  4e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000210421  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  34.31 
 
 
362 aa  107  4e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1366  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.14 
 
 
329 aa  107  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3509  diguanylate cyclase  33.89 
 
 
384 aa  107  5e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.604082  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0542  diguanylate cyclase  37.42 
 
 
285 aa  107  5e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0843  diguanylate cyclase  33.89 
 
 
384 aa  107  5e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3638  diguanylate cyclase  33.89 
 
 
378 aa  107  5e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.882001  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  36.26 
 
 
340 aa  106  6e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  36.52 
 
 
1228 aa  106  7e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1246  diguanylate cyclase  28.27 
 
 
440 aa  106  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5469  GGDEF  26.37 
 
 
419 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4161  diguanylate cyclase  34.01 
 
 
366 aa  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.61051  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.73 
 
 
668 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  26.15 
 
 
405 aa  105  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0082  GGDEF domain-containing protein  38.17 
 
 
817 aa  104  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.586975 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8066  hypothetical protein  39.44 
 
 
314 aa  105  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0556463  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  32.97 
 
 
493 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  38.15 
 
 
498 aa  105  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  34.74 
 
 
608 aa  105  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.73 
 
 
668 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  38.51 
 
 
375 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.18 
 
 
818 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.260128  decreased coverage  0.0078854 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.73 
 
 
675 aa  104  3e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  32.95 
 
 
368 aa  104  3e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1366  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.76 
 
 
738 aa  104  3e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  31.58 
 
 
495 aa  104  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4178  response regulator receiver protein  39.88 
 
 
1477 aa  104  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.450705 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0202  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.11 
 
 
1054 aa  104  3e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0207  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 
536 aa  104  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.155784  normal  0.372054 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  29.59 
 
 
385 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  32.93 
 
 
569 aa  103  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  34.2 
 
 
418 aa  103  4e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2229  GGDEF domain protein  34.12 
 
 
398 aa  103  4e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.728282  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1222  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.45 
 
 
815 aa  103  4e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  33.83 
 
 
392 aa  103  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0679  diguanylate cyclase  39.66 
 
 
367 aa  103  4e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.656435 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  36.42 
 
 
1209 aa  103  4e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.14 
 
 
756 aa  103  4e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1761  sensory box protein/GGDEF family protein  33.18 
 
 
973 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.869454  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3306  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.43 
 
 
883 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.660449  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.14 
 
 
740 aa  103  5e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.67 
 
 
519 aa  103  5e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1368  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.55 
 
 
818 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.567434  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  36.42 
 
 
1209 aa  103  5e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0235394 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  35.33 
 
 
431 aa  103  7e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4790  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.63 
 
 
807 aa  103  7e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.994259 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  32.91 
 
 
385 aa  103  8e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1668  GGDEF domain-containing protein  33.52 
 
 
356 aa  103  8e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.56 
 
 
416 aa  102  8e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  30.88 
 
 
319 aa  102  9e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3340  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.2 
 
 
607 aa  102  9e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.489198 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.07 
 
 
1338 aa  102  9e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0835  diguanylate cyclase  27.65 
 
 
443 aa  102  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.153525  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2513  diguanylate cyclase  28.91 
 
 
405 aa  102  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0645209 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0426  putative GGDEF protein  32.29 
 
 
413 aa  102  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.631508  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1532  diguanylate cyclase  34.91 
 
 
581 aa  102  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.131912 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>