More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1938 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_1938  diguanylate cyclase  100 
 
 		 391 aa  763    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 398 aa  204  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0948  diguanylate cyclase  38.16 
 
 		 401 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 401 aa  194  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1296  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 389 aa  133  5e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 373 aa  126  8.000000000000001e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4831  diguanylate cyclase  37.81 
 
 		 392 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2154  GGDEF  41.32 
 
 		 411 aa  123  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4428  diguanylate cyclase  51.63 
 
 		 383 aa  123  6e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5658  putative diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 395 aa  123  7e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0922182 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  38.25 
 
 		 476 aa  122  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  42.64 
 
 		 411 aa  119  6e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 388 aa  119  6e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 343 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  45.96 
 
 		 1000 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1466  diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.412143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 378 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 532 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 411 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 202 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  33.94 
 
 		 387 aa  117  3.9999999999999997e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  43.63 
 
 		 612 aa  117  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  32.64 
 
 		 355 aa  116  6e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  30.38 
 
 		 385 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0946  GGDEF domain-containing protein  39.78 
 
 		 369 aa  115  8.999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.647748  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1004  GGDEF domain-containing protein  39.78 
 
 		 369 aa  115  8.999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.662201  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  43.31 
 
 		 492 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  37.95 
 
 		 413 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 361 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  36.56 
 
 		 477 aa  115  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  36.96 
 
 		 712 aa  115  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  38.63 
 
 		 628 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 384 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  30.07 
 
 		 352 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 409 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  30.75 
 
 		 385 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 464 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 340 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 536 aa  114  3e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1056  diguanylate cyclase  36.86 
 
 		 580 aa  114  4.0000000000000004e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.77678  normal  0.689214 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  42.53 
 
 		 628 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 611 aa  114  4.0000000000000004e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 466 aa  113  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  41.71 
 
 		 466 aa  113  5e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  41.71 
 
 		 466 aa  113  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  41.71 
 
 		 466 aa  113  5e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 347 aa  113  5e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3574  diguanylate cyclase  44.68 
 
 		 261 aa  113  5e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.319685  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 392 aa  113  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 466 aa  113  5e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 1004 aa  113  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  41.71 
 
 		 454 aa  113  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  41.71 
 
 		 454 aa  113  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 411 aa  113  7.000000000000001e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.74 
 
 		 790 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0244946 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.15 
 
 		 777 aa  112  9e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.36212 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  40.11 
 
 		 400 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 495 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0968  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 363 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.326915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 390 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 360 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 410 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.61 
 
 		 302 aa  111  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 336 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 486 aa  111  3e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 467 aa  110  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 227 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 316 aa  111  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 426 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 496 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.27 
 
 		 698 aa  110  5e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 368 aa  110  6e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  40.38 
 
 		 485 aa  110  6e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5530  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 384 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0865314  normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 559 aa  109  7.000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 432 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 385 aa  109  8.000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 487 aa  109  9.000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 360 aa  109  9.000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 411 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1163  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 363 aa  108  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.562644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 559 aa  109  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 775 aa  108  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2147  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.78 
 
 		 410 aa  108  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 409 aa  109  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 585 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 768 aa  109  1e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  37.65 
 
 		 518 aa  108  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 342 aa  109  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5528  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 184 aa  108  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 342 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.12 
 
 		 550 aa  108  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 485 aa  108  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 341 aa  108  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 539 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1510  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  44.19 
 
 		 581 aa  107  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.865852  normal  0.193576 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.25 
 
 		 457 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  36.82 
 
 		 464 aa  108  2e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1978  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 298 aa  108  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.148602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 342 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>