More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3919 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_4287  diguanylate cyclase  97.07 
 
 		 409 aa  642    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0539284  normal  0.0529448 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3919  diguanylate cyclase  100 
 
 		 406 aa  782    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.556135 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4392  diguanylate cyclase  73.25 
 
 		 414 aa  501  1e-140  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.361325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2066  diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 419 aa  292  9e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.484782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2239  diguanylate cyclase  44.96 
 
 		 388 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.942581  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3663  GGDEF domain-containing protein  44.74 
 
 		 433 aa  289  6e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.241866 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2170  diguanylate cyclase  47.11 
 
 		 382 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2240  diguanylate cyclase  45.28 
 
 		 388 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0749  diguanylate cyclase  43.88 
 
 		 432 aa  255  1.0000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0940532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4391  diguanylate cyclase  43.15 
 
 		 387 aa  254  1.0000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6750  diguanylate cyclase  32.04 
 
 		 370 aa  141  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.795735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  35.51 
 
 		 384 aa  139  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2233  diguanylate cyclase  29.56 
 
 		 390 aa  130  5.0000000000000004e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.878292 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  36.93 
 
 		 415 aa  128  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5670  diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 393 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.598919 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 384 aa  124  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 373 aa  123  5e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5469  GGDEF  30.75 
 
 		 419 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 1037 aa  119  9.999999999999999e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5530  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 384 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0865314  normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  35.36 
 
 		 298 aa  119  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3478  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 496 aa  118  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.289854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 485 aa  117  3e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2441  diguanylate cyclase  31.68 
 
 		 403 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.933088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 485 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.84 
 
 		 482 aa  116  5e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  43.79 
 
 		 1093 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1267  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  33.94 
 
 		 476 aa  116  7.999999999999999e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.413897 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5646  diguanylate cyclase  28.46 
 
 		 399 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.515019  normal  0.418134 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  38.95 
 
 		 485 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1480  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.04 
 
 		 1012 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  35.47 
 
 		 323 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.5 
 
 		 994 aa  114  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.54 
 
 		 757 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  34.73 
 
 		 388 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0910  metal dependent phosphohydrolase  32.58 
 
 		 561 aa  114  3e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.69967  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.65 
 
 		 928 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.575219 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4428  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 383 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.924554 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 452 aa  113  5e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  41.92 
 
 		 301 aa  113  5e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 485 aa  114  5e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 476 aa  114  5e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 452 aa  113  5e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  35.12 
 
 		 796 aa  113  5e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 476 aa  114  5e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  33.33 
 
 		 452 aa  113  5e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 485 aa  114  5e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 452 aa  113  6e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6160  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.53 
 
 		 1007 aa  113  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 686 aa  112  8.000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0476  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 383 aa  112  9e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 486 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0636  diguanylate cyclase  35.65 
 
 		 341 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.91 
 
 		 407 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1586  sensory box-containing diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 430 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 		 578 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 486 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.93 
 
 		 620 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 486 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 486 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1222  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.96 
 
 		 815 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2736  diguanylate cyclase  32.74 
 
 		 405 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  32.89 
 
 		 411 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.46 
 
 		 736 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 650 aa  112  1.0000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0757  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 489 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.371772  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01318  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  37.22 
 
 		 410 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.536328  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1555  sensory box-containing diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 430 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  31.55 
 
 		 556 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 220 aa  111  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  27.91 
 
 		 413 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3185  diguanylate cyclase  36.49 
 
 		 347 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.106755  normal  0.0939676 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.29 
 
 		 752 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.245361  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.73 
 
 		 317 aa  111  2.0000000000000002e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1458  sensory box-containing diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 430 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1809  diguanylate cyclase  30.38 
 
 		 391 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.271583  hitchhiker  0.00508351 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01328  hypothetical protein  37.22 
 
 		 410 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.465042  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2303  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.22 
 
 		 410 aa  110  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.136359  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05442  hypothetical protein  37.5 
 
 		 539 aa  110  3e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2091  diguanylate cyclase  31.87 
 
 		 325 aa  111  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 460 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1989  sensory box-containing diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 430 aa  111  3e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.641954 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.11 
 
 		 673 aa  110  3e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0568  diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 586 aa  111  3e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3016  GGDEF domain-containing protein  34.8 
 
 		 385 aa  110  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0864603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  34.47 
 
 		 482 aa  110  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1781  sensory box-containing diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 430 aa  111  3e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.900668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  40 
 
 		 391 aa  111  3e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  40 
 
 		 391 aa  111  3e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3737  diguanylate cyclase  25.74 
 
 		 391 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.319757  hitchhiker  0.00976865 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  37.87 
 
 		 451 aa  110  4.0000000000000004e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  31.6 
 
 		 569 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1042  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.34 
 
 		 1059 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.192885 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2680  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 252 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1650  sensory box protein  37.11 
 
 		 819 aa  110  5e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00487383  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 637 aa  110  5e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  29.41 
 
 		 487 aa  110  5e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.28 
 
 		 769 aa  110  5e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  28.88 
 
 		 385 aa  110  6e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  28.88 
 
 		 385 aa  110  6e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>