More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3185 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3185  diguanylate cyclase  100 
 
 		 347 aa  706    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.106755  normal  0.0939676 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 339 aa  295  7e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0636  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 341 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00649  Putative signal protein with GGDEF domain  34.85 
 
 		 324 aa  180  4e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0817646  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2044  diguanylate cyclase  32.91 
 
 		 325 aa  157  3e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.82426  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4568  hypothetical protein  32.91 
 
 		 325 aa  157  4e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2282  diguanylate cyclase  32.91 
 
 		 325 aa  157  4e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2091  diguanylate cyclase  32.91 
 
 		 325 aa  156  6e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0615  diguanylate cyclase  31.91 
 
 		 325 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3780  diguanylate cyclase  31.38 
 
 		 361 aa  147  3e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  34.01 
 
 		 531 aa  141  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1668  GGDEF domain-containing protein  34.62 
 
 		 356 aa  138  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  31.73 
 
 		 370 aa  137  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 380 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  35.41 
 
 		 403 aa  137  4e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  39.35 
 
 		 343 aa  135  8e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  37.6 
 
 		 373 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 487 aa  135  9.999999999999999e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  36.99 
 
 		 368 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  41.62 
 
 		 722 aa  132  6e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 347 aa  132  6e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 347 aa  133  6e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 405 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2273  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 563 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  39.89 
 
 		 346 aa  130  5.0000000000000004e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  39.79 
 
 		 308 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 753 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  33.46 
 
 		 362 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.37 
 
 		 646 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 360 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 492 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 548 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  37.24 
 
 		 768 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0918  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.36 
 
 		 297 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0046e-32 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  40.83 
 
 		 302 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 637 aa  126  5e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  35.32 
 
 		 395 aa  126  5e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 620 aa  126  5e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  35.32 
 
 		 395 aa  126  5e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 		 482 aa  126  6e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 308 aa  126  6e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1013  GGDEF family protein  27.73 
 
 		 359 aa  126  7e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  40.72 
 
 		 308 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.07 
 
 		 505 aa  125  8.000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.86 
 
 		 1078 aa  125  8.000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 565 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  41.38 
 
 		 319 aa  125  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  45.86 
 
 		 523 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 368 aa  125  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  43.4 
 
 		 459 aa  125  1e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 342 aa  125  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3328  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.74 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 459 aa  124  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 490 aa  124  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 357 aa  124  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 517 aa  124  2e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  33.6 
 
 		 768 aa  124  3e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  40 
 
 		 350 aa  124  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 342 aa  123  4e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 342 aa  123  4e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  33.6 
 
 		 768 aa  123  4e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  30.5 
 
 		 339 aa  123  4e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2147  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.46 
 
 		 410 aa  123  4e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 308 aa  123  5e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 467 aa  123  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  38.05 
 
 		 387 aa  123  5e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  45.86 
 
 		 544 aa  123  6e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.12 
 
 		 536 aa  123  6e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 438 aa  123  6e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 342 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 342 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3320  diguanylate cyclase  38.05 
 
 		 302 aa  122  8e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  29.97 
 
 		 359 aa  122  8e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1837  diguanylate cyclase  33.82 
 
 		 544 aa  122  9e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.980403  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 354 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.24 
 
 		 454 aa  122  9.999999999999999e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 382 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.31 
 
 		 772 aa  121  9.999999999999999e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  28.83 
 
 		 368 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 555 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 381 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3223  diguanylate cyclase  31.18 
 
 		 343 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.02 
 
 		 512 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 342 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  40.11 
 
 		 312 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  38.55 
 
 		 634 aa  120  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  39.05 
 
 		 425 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  44.59 
 
 		 523 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  39.53 
 
 		 418 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 611 aa  120  3e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 527 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  32.94 
 
 		 464 aa  120  3e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 532 aa  120  3e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2254  sensory box protein  40.33 
 
 		 422 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 414 aa  120  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  45.35 
 
 		 492 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 342 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 		 901 aa  120  3.9999999999999996e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1781  sensory box-containing diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 430 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.900668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1458  sensory box-containing diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 430 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>