More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3328 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_3328  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
297 aa  610  9.999999999999999e-175  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0918  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  97.98 
 
 
297 aa  598  1e-170  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0046e-32 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.9 
 
 
305 aa  283  2.0000000000000002e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1587  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.48 
 
 
297 aa  277  2e-73  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.275085  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0867  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.17 
 
 
312 aa  276  3e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.711393  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1163  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.67 
 
 
325 aa  273  2.0000000000000002e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  0.538197 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2969  sensory box/GGDEF family protein  44.64 
 
 
315 aa  267  2e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2068  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.73 
 
 
300 aa  256  2e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.378777  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0936  GGDEF domain-containing protein  42.21 
 
 
301 aa  255  5e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000986982  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2152  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.71 
 
 
300 aa  249  5e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2700  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.01 
 
 
324 aa  248  1e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1960  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.52 
 
 
318 aa  233  3e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.82922 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2569  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.28 
 
 
310 aa  209  3e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.809417  hitchhiker  0.000987173 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  35.29 
 
 
425 aa  166  4e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3480  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.14 
 
 
301 aa  166  4e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00742863  normal  0.98733 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.11 
 
 
646 aa  162  6e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  35 
 
 
418 aa  159  4e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  31.44 
 
 
428 aa  148  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.5 
 
 
424 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  45.57 
 
 
615 aa  145  6e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.04 
 
 
568 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4216  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  33.57 
 
 
1215 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  33.57 
 
 
1215 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4348  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  33.22 
 
 
1215 aa  139  7e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  41.42 
 
 
355 aa  138  8.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30 
 
 
791 aa  138  1e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  30.82 
 
 
311 aa  138  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.98 
 
 
1247 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2039  diguanylate cyclase  31.82 
 
 
432 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000319282  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  32.86 
 
 
768 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  40.66 
 
 
355 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  31.11 
 
 
328 aa  135  7.000000000000001e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  32.21 
 
 
1245 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  30.63 
 
 
696 aa  135  8e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3856  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  31.9 
 
 
1216 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  32.28 
 
 
1228 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  33.11 
 
 
829 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  40.12 
 
 
354 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  32.21 
 
 
1245 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3823  diguanylate cyclase  28.97 
 
 
690 aa  134  1.9999999999999998e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  40.48 
 
 
355 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  40.83 
 
 
355 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.46 
 
 
317 aa  134  1.9999999999999998e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.19 
 
 
827 aa  133  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
1247 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  32.45 
 
 
634 aa  133  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  40 
 
 
457 aa  134  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  31.58 
 
 
1209 aa  133  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0235394 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  34.28 
 
 
1247 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  41.82 
 
 
677 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.28 
 
 
1247 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  37.11 
 
 
278 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  31.58 
 
 
1209 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  41.76 
 
 
352 aa  132  9e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  40.24 
 
 
354 aa  132  9e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0474  sensory box/GGDEF family protein  32.96 
 
 
792 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2254  sensory box protein  31.23 
 
 
422 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  41.57 
 
 
448 aa  131  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.46 
 
 
476 aa  131  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  40.96 
 
 
459 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.09 
 
 
1036 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  40 
 
 
642 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  31.21 
 
 
645 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.62 
 
 
302 aa  130  3e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.88 
 
 
792 aa  130  3e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0299536  normal  0.27507 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  31.03 
 
 
1006 aa  130  3e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  29.97 
 
 
307 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.25 
 
 
469 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.64 
 
 
1244 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  40.48 
 
 
722 aa  129  5.0000000000000004e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  41.21 
 
 
373 aa  129  5.0000000000000004e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.25 
 
 
1147 aa  129  5.0000000000000004e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  41.61 
 
 
620 aa  129  6e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  39.39 
 
 
645 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1605  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.75 
 
 
688 aa  129  7.000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0013251  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30 
 
 
962 aa  129  8.000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1569  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.86 
 
 
839 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.1217  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2407  diguanylate cyclase  43.87 
 
 
364 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.7 
 
 
419 aa  128  1.0000000000000001e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  30.82 
 
 
311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  30.82 
 
 
311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  30.82 
 
 
311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  41.57 
 
 
467 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  30.82 
 
 
311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  30.82 
 
 
311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  35.89 
 
 
357 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  30.82 
 
 
311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  30.82 
 
 
311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2044  sensory box/GGDEF family protein  32.56 
 
 
762 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 
730 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  33.48 
 
 
308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  36.47 
 
 
368 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1829  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.58 
 
 
754 aa  127  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000110456  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1116  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.93 
 
 
494 aa  127  3e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.464201 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  46.2 
 
 
559 aa  127  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  39.2 
 
 
464 aa  127  3e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.35 
 
 
407 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.97 
 
 
648 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4642  PAS:GGDEF  32.42 
 
 
828 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  38.51 
 
 
492 aa  126  4.0000000000000003e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>