More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_2152 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_2152  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
300 aa  619  1e-176  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2068  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  95.67 
 
 
300 aa  568  1e-161  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.378777  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.37 
 
 
305 aa  317  2e-85  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1587  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  52.22 
 
 
297 aa  316  3e-85  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.275085  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1163  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.04 
 
 
325 aa  314  9.999999999999999e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  0.538197 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2969  sensory box/GGDEF family protein  47.44 
 
 
315 aa  298  1e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0936  GGDEF domain-containing protein  49.49 
 
 
301 aa  293  2e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000986982  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2700  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.96 
 
 
324 aa  288  1e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1960  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.24 
 
 
318 aa  267  2e-70  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.82922 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3328  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.71 
 
 
297 aa  261  1e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0867  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.71 
 
 
312 aa  255  5e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.711393  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0918  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.37 
 
 
297 aa  254  9e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0046e-32 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2569  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.14 
 
 
310 aa  225  9e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.809417  hitchhiker  0.000987173 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3480  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.81 
 
 
301 aa  179  4.999999999999999e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00742863  normal  0.98733 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3823  diguanylate cyclase  31.65 
 
 
690 aa  145  9e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.94 
 
 
575 aa  138  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.76071  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.21 
 
 
791 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.81 
 
 
301 aa  135  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.09 
 
 
646 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  32.87 
 
 
425 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  30.43 
 
 
328 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  30.07 
 
 
634 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  42.68 
 
 
477 aa  132  6e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  30.26 
 
 
320 aa  132  9e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  29.63 
 
 
307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0117  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  32.11 
 
 
845 aa  129  6e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.734428  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  30.87 
 
 
323 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.28 
 
 
772 aa  127  2.0000000000000002e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  31.32 
 
 
418 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.45 
 
 
424 aa  127  3e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0003  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.54 
 
 
669 aa  126  4.0000000000000003e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.42 
 
 
1070 aa  126  5e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.96 
 
 
710 aa  125  6e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0021  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.54 
 
 
1225 aa  125  7e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363406  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  45.12 
 
 
354 aa  125  9e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.18 
 
 
419 aa  125  9e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  40.37 
 
 
477 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  40.46 
 
 
432 aa  125  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  30.56 
 
 
298 aa  125  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  29.9 
 
 
319 aa  124  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1999  GGDEF domain-containing protein  31.45 
 
 
292 aa  125  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.31 
 
 
469 aa  124  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  29.97 
 
 
548 aa  124  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
530 aa  124  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 
424 aa  124  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.79 
 
 
568 aa  123  4e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0022  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.43 
 
 
1499 aa  122  5e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0842  GGDEF domain-containing protein  40.12 
 
 
391 aa  122  6e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000293697  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.39 
 
 
901 aa  122  6e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
514 aa  122  7e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  28.33 
 
 
420 aa  122  9e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  37.04 
 
 
323 aa  122  9e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  38.55 
 
 
432 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  40.12 
 
 
615 aa  121  9.999999999999999e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.87 
 
 
315 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3791  diguanylate cyclase  35.96 
 
 
572 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  39.52 
 
 
323 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2254  sensory box protein  28.67 
 
 
422 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  40.24 
 
 
381 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  27.88 
 
 
324 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00559  signal transduction protein  31.83 
 
 
815 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0439  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.41 
 
 
455 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.444664 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2273  diguanylate cyclase  39.64 
 
 
563 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  30.32 
 
 
322 aa  120  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  40.24 
 
 
381 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2561  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.81 
 
 
836 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  36.59 
 
 
457 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  27.88 
 
 
324 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  28.67 
 
 
320 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  27.88 
 
 
324 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2448  sensory box protein  29.15 
 
 
1036 aa  120  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  36.87 
 
 
585 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  38.92 
 
 
582 aa  120  3.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  36.31 
 
 
518 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.27 
 
 
610 aa  119  4.9999999999999996e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0719  diguanylate cyclase  35.75 
 
 
370 aa  119  6e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  36.42 
 
 
775 aa  119  6e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  36.9 
 
 
518 aa  119  7e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0428  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.41 
 
 
455 aa  119  7e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1504  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.1 
 
 
944 aa  119  7e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.628866  normal  0.0653987 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  35.71 
 
 
340 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4787  sensory box putative digualylate cyclase  30.27 
 
 
292 aa  118  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.243221  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  39.16 
 
 
263 aa  118  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.61 
 
 
1038 aa  118  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.754272  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  39.05 
 
 
495 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1260  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.72 
 
 
423 aa  118  9.999999999999999e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4348  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  29.54 
 
 
1215 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1253  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.24 
 
 
1018 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02533  putative diguanylate cyclase/phosphodiesterase domain 2 (EAL)  31.9 
 
 
573 aa  118  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1605  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.79 
 
 
688 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0013251  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1295  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.03 
 
 
568 aa  118  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252669 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.26 
 
 
476 aa  118  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  30.43 
 
 
637 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.66 
 
 
352 aa  117  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  30 
 
 
882 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  36.31 
 
 
518 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  27.18 
 
 
659 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.02 
 
 
730 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  29.47 
 
 
1209 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0235394 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1116  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.96 
 
 
494 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.464201 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>