More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3823 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_3823  diguanylate cyclase  100 
 
 		 690 aa  1429    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.56 
 
 		 305 aa  163  9e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1163  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.22 
 
 		 325 aa  157  8e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  0.538197 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2700  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.35 
 
 		 324 aa  154  5.9999999999999996e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2969  sensory box/GGDEF family protein  32.43 
 
 		 315 aa  150  9e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0867  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.86 
 
 		 312 aa  146  1e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.711393  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2569  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.54 
 
 		 310 aa  146  1e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.809417  hitchhiker  0.000987173 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0936  GGDEF domain-containing protein  29.83 
 
 		 301 aa  144  5e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000986982  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2068  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.1 
 
 		 300 aa  143  9.999999999999999e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.378777  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1587  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.76 
 
 		 297 aa  140  6e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.275085  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 307 aa  137  5e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2152  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.43 
 
 		 300 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  36.55 
 
 		 489 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3328  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.97 
 
 		 297 aa  134  6.999999999999999e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 559 aa  133  1.0000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0918  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.05 
 
 		 297 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0046e-32 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1960  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.56 
 
 		 318 aa  132  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.82922 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  44.79 
 
 		 689 aa  132  3e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1837  diguanylate cyclase  45.86 
 
 		 544 aa  131  5.0000000000000004e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.980403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 736 aa  130  6e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 775 aa  130  8.000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 571 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 362 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2959  GGDEF domain-containing protein  35.32 
 
 		 292 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000656128  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  46.39 
 
 		 385 aa  129  2.0000000000000002e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  37.33 
 
 		 387 aa  128  4.0000000000000003e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2880  GGDEF  40.57 
 
 		 410 aa  127  5e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.16195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 380 aa  127  8.000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 332 aa  127  9e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 738 aa  126  1e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.07 
 
 		 424 aa  127  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 354 aa  126  1e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 476 aa  126  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  41.36 
 
 		 493 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  34.53 
 
 		 425 aa  124  4e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  36.93 
 
 		 634 aa  124  5e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 735 aa  124  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 580 aa  124  6e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 628 aa  124  6e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 493 aa  124  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 487 aa  124  7e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0021  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 423 aa  123  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  30.98 
 
 		 611 aa  123  9.999999999999999e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 556 aa  123  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.93 
 
 		 646 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  35.51 
 
 		 396 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 401 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 482 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 488 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4111  sensory box/GGDEF family protein, putative  35.45 
 
 		 430 aa  121  3e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0629  GGDEF domain-containing protein  41.46 
 
 		 626 aa  122  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.328878  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3954  sensory box/GGDEF family protein  35.45 
 
 		 431 aa  122  3e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3800  sensory box/GGDEF family protein  35.45 
 
 		 431 aa  122  3e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0221299  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 532 aa  122  3e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 620 aa  122  3e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4263  sensory box/GGDEF family protein  35.45 
 
 		 430 aa  121  3e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4064  putative sensory box/GGDEF family protein  35.45 
 
 		 431 aa  122  3e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4175  putative sensory box/GGDEF family protein  35.45 
 
 		 430 aa  121  3e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00125122  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3785  sensory box/GGDEF family protein  35 
 
 		 431 aa  121  3.9999999999999996e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 539 aa  121  3.9999999999999996e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 490 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 495 aa  121  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  37.22 
 
 		 418 aa  120  6e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  33.67 
 
 		 483 aa  120  6e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 634 aa  120  7.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 493 aa  120  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 373 aa  120  9.999999999999999e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  39.64 
 
 		 443 aa  120  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5658  putative diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 395 aa  120  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0922182 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  33.67 
 
 		 482 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2580  GGDEF domain-containing protein  40.37 
 
 		 1774 aa  119  1.9999999999999998e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.386865  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3248  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 420 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  36 
 
 		 714 aa  119  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  40.85 
 
 		 580 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.93 
 
 		 531 aa  119  1.9999999999999998e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 317 aa  119  1.9999999999999998e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  35.93 
 
 		 458 aa  118  3e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 357 aa  119  3e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003740  GGDEF family protein  40 
 
 		 445 aa  118  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.440951  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 278 aa  119  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 477 aa  118  3.9999999999999997e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 490 aa  118  3.9999999999999997e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  40 
 
 		 490 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 564 aa  118  3.9999999999999997e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 339 aa  117  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.12 
 
 		 772 aa  117  5e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 632 aa  118  5e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  40 
 
 		 517 aa  117  5e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 314 aa  118  5e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4379  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 419 aa  118  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  41.21 
 
 		 485 aa  117  6e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 372 aa  117  6e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 347 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 227 aa  117  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  36.22 
 
 		 337 aa  117  7.999999999999999e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3000  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 585 aa  117  7.999999999999999e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3648  formamidopyrimidine-DNA glycolase  32.83 
 
 		 435 aa  117  7.999999999999999e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 		 901 aa  117  8.999999999999998e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 499 aa  117  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.33 
 
 		 301 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>