More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4379 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4379  diguanylate cyclase  100 
 
 		 419 aa  837    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  34.11 
 
 		 390 aa  157  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  27.47 
 
 		 388 aa  154  4e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  31.34 
 
 		 405 aa  144  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  48.8 
 
 		 378 aa  138  2e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  32.51 
 
 		 381 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 380 aa  135  9.999999999999999e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 381 aa  134  3e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  40 
 
 		 407 aa  134  3e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  40 
 
 		 307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 486 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 486 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 486 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 486 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  36.68 
 
 		 386 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 372 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  39.81 
 
 		 382 aa  127  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 532 aa  127  3e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 571 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  43.01 
 
 		 495 aa  127  3e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  42.17 
 
 		 448 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  40.36 
 
 		 443 aa  127  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.06 
 
 		 1078 aa  127  5e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 425 aa  127  5e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 714 aa  127  5e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 569 aa  126  7e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5832  diguanylate cyclase  37.68 
 
 		 381 aa  125  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.361903 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.44 
 
 		 686 aa  125  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  43.56 
 
 		 392 aa  125  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  44.39 
 
 		 563 aa  124  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 611 aa  124  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2458  diguanylate cyclase  45.93 
 
 		 351 aa  124  3e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0038225 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 517 aa  124  3e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.24 
 
 		 407 aa  124  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 486 aa  123  5e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  39.41 
 
 		 340 aa  123  5e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  37.88 
 
 		 485 aa  124  5e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  38.34 
 
 		 485 aa  123  5e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  39.08 
 
 		 425 aa  123  6e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  38.32 
 
 		 565 aa  123  6e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  33.06 
 
 		 385 aa  123  7e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 357 aa  123  7e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 278 aa  122  9e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 485 aa  122  9e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  37.82 
 
 		 342 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  44.24 
 
 		 554 aa  122  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 493 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 539 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  34.21 
 
 		 712 aa  122  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0300  sensory box/GGDEF family protein  41.38 
 
 		 321 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.759411  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 411 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 369 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  40.12 
 
 		 322 aa  121  3e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 487 aa  121  3e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 753 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.5 
 
 		 1032 aa  120  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 585 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 510 aa  121  3e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 532 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 736 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0676  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 550 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0260909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0272  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 554 aa  120  4.9999999999999996e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.98 
 
 		 728 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  37.57 
 
 		 485 aa  120  6e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1128  diguanylate cyclase  43.32 
 
 		 563 aa  120  6e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  43.29 
 
 		 353 aa  120  6e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 1774 aa  120  6e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  42.47 
 
 		 559 aa  120  6e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 398 aa  120  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 308 aa  119  7e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  39.64 
 
 		 296 aa  119  7e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 351 aa  119  7e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1599  response regulator receiver protein  42.86 
 
 		 305 aa  119  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0650224  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 317 aa  119  9.999999999999999e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.59 
 
 		 594 aa  119  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0303  GGDEF family protein  41.61 
 
 		 554 aa  119  9.999999999999999e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 261 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  34.7 
 
 		 758 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 552 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  35.96 
 
 		 596 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 357 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  35.24 
 
 		 485 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 365 aa  118  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 321 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3218  diguanylate cyclase  30.13 
 
 		 386 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 569 aa  117  3e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 659 aa  117  3e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 355 aa  118  3e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 735 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0346  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 570 aa  117  3e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.292647 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 362 aa  117  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3823  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 690 aa  117  3e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.62 
 
 		 550 aa  117  3e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 577 aa  117  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  41.77 
 
 		 318 aa  117  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 387 aa  117  3.9999999999999997e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 611 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 381 aa  117  3.9999999999999997e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  45.06 
 
 		 530 aa  117  3.9999999999999997e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 379 aa  117  3.9999999999999997e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>