More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1695 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
594 aa  1188    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0094  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.88 
 
 
602 aa  183  7e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.666294  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.47 
 
 
572 aa  180  5.999999999999999e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.61 
 
 
954 aa  168  2.9999999999999998e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.993227  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.26 
 
 
454 aa  152  1e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.64 
 
 
342 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2006  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.46 
 
 
724 aa  152  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.332381  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.43 
 
 
328 aa  150  8e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.29 
 
 
328 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2222  diguanylate cyclase  30.89 
 
 
847 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.162543  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.86 
 
 
342 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0502  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.04 
 
 
705 aa  147  6e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  44.38 
 
 
397 aa  146  1e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1288  sensory box protein  30.03 
 
 
685 aa  142  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.538668  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  40.1 
 
 
307 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1617  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.65 
 
 
860 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.03 
 
 
714 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1985  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.62 
 
 
639 aa  140  4.999999999999999e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.267533  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  38.56 
 
 
548 aa  140  4.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.25 
 
 
860 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.711633  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  47.53 
 
 
375 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  47.85 
 
 
375 aa  140  6e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  41.67 
 
 
369 aa  140  7.999999999999999e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  43.48 
 
 
582 aa  140  8.999999999999999e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  44.12 
 
 
422 aa  139  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  42.71 
 
 
354 aa  139  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  35.07 
 
 
335 aa  139  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.9 
 
 
862 aa  138  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  43.45 
 
 
355 aa  138  3.0000000000000003e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  34.49 
 
 
332 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  46.55 
 
 
387 aa  137  7.000000000000001e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  45.81 
 
 
587 aa  137  8e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  33.44 
 
 
329 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  44.65 
 
 
346 aa  136  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  44.44 
 
 
378 aa  136  9.999999999999999e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.97 
 
 
696 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.16 
 
 
1514 aa  136  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.28 
 
 
761 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4411  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.8 
 
 
1514 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0203527 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1927  sensory box/response regulator  31.82 
 
 
660 aa  135  3e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  42.49 
 
 
345 aa  135  3e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1046  putative diguanylate cyclase  31.34 
 
 
559 aa  135  3e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.25674  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3451  GGDEF family protein  30.45 
 
 
909 aa  134  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.74 
 
 
416 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.14 
 
 
696 aa  134  5e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0252232  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1579  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.48 
 
 
324 aa  134  6e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.05 
 
 
315 aa  134  6.999999999999999e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  36.22 
 
 
323 aa  133  9e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  43.02 
 
 
380 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  44.51 
 
 
357 aa  133  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2134  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.38 
 
 
763 aa  133  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.489481  normal  0.0897813 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  42.69 
 
 
365 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.06 
 
 
324 aa  133  1.0000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.62 
 
 
632 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  45.3 
 
 
680 aa  132  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  45.68 
 
 
375 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  45.88 
 
 
381 aa  132  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0732  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.18 
 
 
446 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.78 
 
 
531 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.87 
 
 
708 aa  131  3e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245048  normal  0.0798721 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.2 
 
 
698 aa  131  3e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  41.61 
 
 
485 aa  131  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  35.32 
 
 
492 aa  131  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.36 
 
 
416 aa  131  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  43.11 
 
 
361 aa  131  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  39.09 
 
 
321 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  35.06 
 
 
323 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  38.33 
 
 
328 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.38 
 
 
457 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.43 
 
 
917 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  41.36 
 
 
318 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.14 
 
 
324 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  46.59 
 
 
571 aa  130  5.0000000000000004e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.21 
 
 
317 aa  130  6e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  40.53 
 
 
323 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1771  PAS:GGDEF  31.72 
 
 
449 aa  130  7.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  41.46 
 
 
492 aa  130  7.000000000000001e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.9 
 
 
730 aa  130  7.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  43.75 
 
 
426 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03006  hypothetical protein  43.23 
 
 
520 aa  130  7.000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  45.25 
 
 
474 aa  130  9.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0842  GGDEF domain-containing protein  48.77 
 
 
391 aa  130  9.000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000293697  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  37.37 
 
 
821 aa  130  9.000000000000001e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  49.38 
 
 
525 aa  130  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0703  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.12 
 
 
703 aa  130  9.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0716  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.31 
 
 
801 aa  129  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.317239  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.83 
 
 
505 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.6 
 
 
710 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0567  diguanylate cyclase  38.71 
 
 
377 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.78 
 
 
438 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  43.07 
 
 
379 aa  130  1.0000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  37.99 
 
 
620 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 
322 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  45.25 
 
 
508 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0660  triosephosphate isomerase  31.91 
 
 
855 aa  129  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.146295  normal  0.430241 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  33.86 
 
 
794 aa  129  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  43.56 
 
 
385 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1835  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.78 
 
 
654 aa  128  3e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0773497  normal  0.315507 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2805  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  34.04 
 
 
878 aa  128  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  37.89 
 
 
357 aa  128  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>