More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2523 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  100 
 
 		 587 aa  1161    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  34.99 
 
 		 1774 aa  166  1.0000000000000001e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  45.89 
 
 		 680 aa  155  2e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3559  helix-turn-helix Fis-type  42.33 
 
 		 590 aa  151  4e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0123539  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  29.76 
 
 		 764 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  50.27 
 
 		 386 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.57 
 
 		 519 aa  141  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  29.54 
 
 		 764 aa  140  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 635 aa  139  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  49.11 
 
 		 681 aa  139  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  29.54 
 
 		 764 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.29 
 
 		 464 aa  138  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 374 aa  138  4e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.83 
 
 		 324 aa  138  4e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  43.2 
 
 		 548 aa  137  6.0000000000000005e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.81 
 
 		 594 aa  137  7.000000000000001e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 758 aa  136  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.24 
 
 		 578 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  48.48 
 
 		 409 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  41.08 
 
 		 323 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  41.53 
 
 		 451 aa  134  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  37.05 
 
 		 1073 aa  134  3e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.7 
 
 		 710 aa  135  3e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.88 
 
 		 345 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  36.53 
 
 		 364 aa  134  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.49 
 
 		 792 aa  134  5e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  41.08 
 
 		 323 aa  134  5e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.72 
 
 		 797 aa  134  6e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 329 aa  133  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  39.29 
 
 		 525 aa  133  9e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.73 
 
 		 572 aa  133  1.0000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  43.89 
 
 		 335 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  45.61 
 
 		 448 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 387 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 354 aa  133  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.78 
 
 		 328 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.12 
 
 		 668 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.78 
 
 		 342 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 821 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  47.88 
 
 		 397 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 381 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 611 aa  131  3e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  42.78 
 
 		 332 aa  132  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 422 aa  131  3e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 360 aa  131  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  45.56 
 
 		 525 aa  131  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.78 
 
 		 342 aa  131  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.12 
 
 		 668 aa  131  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3406  diguanylate cyclase  47.19 
 
 		 388 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.62 
 
 		 457 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0744  diguanylate cyclase  46.56 
 
 		 753 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165088  normal  0.416995 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 345 aa  130  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  44.57 
 
 		 1000 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 569 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  48.02 
 
 		 496 aa  129  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  47.47 
 
 		 411 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 328 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  44.24 
 
 		 582 aa  128  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3016  GGDEF domain-containing protein  44.05 
 
 		 385 aa  128  3e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0864603  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 317 aa  128  3e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  46.63 
 
 		 411 aa  128  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  45.45 
 
 		 414 aa  127  4.0000000000000003e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  45.68 
 
 		 381 aa  128  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  48.12 
 
 		 408 aa  127  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  39.26 
 
 		 458 aa  127  6e-28  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.79 
 
 		 730 aa  127  7e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0219  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 303 aa  127  7e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 301 aa  126  8.000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 510 aa  127  8.000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  38.27 
 
 		 458 aa  126  1e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  42.56 
 
 		 469 aa  126  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  38.98 
 
 		 422 aa  126  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  46.45 
 
 		 411 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  46.54 
 
 		 410 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  42.77 
 
 		 684 aa  126  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  45.93 
 
 		 385 aa  126  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  45.68 
 
 		 381 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  42.56 
 
 		 402 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.77 
 
 		 710 aa  125  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  40.96 
 
 		 424 aa  125  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.68 
 
 		 314 aa  125  2e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0719  diguanylate cyclase  34.72 
 
 		 370 aa  125  2e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  37.79 
 
 		 460 aa  124  3e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.56 
 
 		 558 aa  124  3e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  38.08 
 
 		 470 aa  125  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 350 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.92 
 
 		 827 aa  124  5e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.19 
 
 		 315 aa  124  5e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 492 aa  124  5e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0136  diguanylate cyclase  53.12 
 
 		 288 aa  124  5e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.041844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 583 aa  124  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 554 aa  124  6e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  33.76 
 
 		 483 aa  124  6e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.88 
 
 		 326 aa  124  7e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3700  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  50.59 
 
 		 780 aa  124  7e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.973532 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.7 
 
 		 355 aa  123  8e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.51 
 
 		 312 aa  123  8e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 307 aa  123  8e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1723  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 420 aa  123  8e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.428268  hitchhiker  0.00000158997 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 316 aa  123  8e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>