More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0190 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  100 
 
 
329 aa  682    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  78.91 
 
 
335 aa  525  1e-148  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  78.27 
 
 
332 aa  519  1e-146  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  79.87 
 
 
328 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  77.36 
 
 
328 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  77.67 
 
 
342 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  75.84 
 
 
342 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4307  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  72.85 
 
 
327 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  65.93 
 
 
323 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  66.25 
 
 
323 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.57 
 
 
710 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.92 
 
 
352 aa  166  2.9999999999999998e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  35.11 
 
 
317 aa  166  4e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.22 
 
 
827 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.96 
 
 
1143 aa  162  7e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.96 
 
 
1143 aa  162  7e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.89 
 
 
312 aa  161  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.88 
 
 
572 aa  162  1e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.36 
 
 
730 aa  160  2e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  33 
 
 
451 aa  159  7e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36 
 
 
625 aa  157  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  35.48 
 
 
492 aa  157  3e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3048  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.01 
 
 
683 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  45.03 
 
 
1000 aa  153  4e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  45.66 
 
 
247 aa  150  3e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.02 
 
 
578 aa  149  6e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
1021 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  44.91 
 
 
1774 aa  148  1.0000000000000001e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2443  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  31.23 
 
 
912 aa  147  2.0000000000000003e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  34.36 
 
 
1037 aa  147  3e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.9 
 
 
797 aa  147  3e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.66 
 
 
463 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.09 
 
 
519 aa  146  5e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.19 
 
 
673 aa  145  8.000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.44 
 
 
310 aa  145  9e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.78 
 
 
550 aa  144  1e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.79 
 
 
438 aa  145  1e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.35 
 
 
1101 aa  145  1e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.44 
 
 
310 aa  144  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1707  diguanylate cyclase  36.86 
 
 
602 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  33.46 
 
 
626 aa  144  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0490  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.69 
 
 
681 aa  143  4e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.853397  normal  0.203863 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.17 
 
 
769 aa  142  6e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.08 
 
 
751 aa  142  6e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  35.64 
 
 
312 aa  142  6e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1579  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.88 
 
 
324 aa  141  9.999999999999999e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.77 
 
 
794 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.64 
 
 
341 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.71 
 
 
301 aa  141  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  30 
 
 
338 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0522  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.08 
 
 
1114 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  31.91 
 
 
497 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.33 
 
 
314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2101  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  38.99 
 
 
849 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1723  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.81 
 
 
733 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0254567  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  35.21 
 
 
437 aa  140  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  27.6 
 
 
340 aa  140  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  39.18 
 
 
320 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.5 
 
 
309 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  41.67 
 
 
422 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.49 
 
 
531 aa  139  6e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  35.07 
 
 
476 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  28.48 
 
 
318 aa  139  8.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.65 
 
 
1785 aa  139  8.999999999999999e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.81 
 
 
444 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  33.01 
 
 
429 aa  138  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  34.54 
 
 
659 aa  138  1e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  39.55 
 
 
611 aa  137  2e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  32.44 
 
 
548 aa  138  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  42.13 
 
 
381 aa  137  2e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  42.7 
 
 
525 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  42.25 
 
 
381 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.89 
 
 
308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  39.89 
 
 
426 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.89 
 
 
308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.91 
 
 
783 aa  136  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.218721 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1771  PAS:GGDEF  32.28 
 
 
449 aa  136  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.22 
 
 
594 aa  136  4e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  42.7 
 
 
525 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  36.32 
 
 
334 aa  136  6.0000000000000005e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0225  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.77 
 
 
325 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.44 
 
 
317 aa  136  6.0000000000000005e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.44 
 
 
359 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.34 
 
 
314 aa  135  7.000000000000001e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2281  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.63 
 
 
450 aa  135  7.000000000000001e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  42.13 
 
 
345 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2300  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.08 
 
 
936 aa  135  9e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  41.71 
 
 
381 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3508  diguanylate cyclase  32.86 
 
 
358 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00123099  normal  0.413 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  32.27 
 
 
398 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  39.18 
 
 
320 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  38.17 
 
 
321 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  43.29 
 
 
308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  39.13 
 
 
626 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1451  diguanylate cyclase  30.46 
 
 
629 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0524713  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1077  sensory box/GGDEF family protein  33.33 
 
 
808 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.81 
 
 
407 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.54 
 
 
698 aa  134  3e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  34.22 
 
 
796 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.21 
 
 
796 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>