More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3353 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  100 
 
 		 626 aa  1286    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.2 
 
 		 636 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3460  GGDEF domain-containing protein  31.35 
 
 		 644 aa  236  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0284505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4136  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.5 
 
 		 630 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.138733  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2123  diguanylate cyclase  30.46 
 
 		 635 aa  197  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00833547 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1912  diguanylate cyclase  28.69 
 
 		 619 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.693506  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3853  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.83 
 
 		 902 aa  174  5e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.769639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4930  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.83 
 
 		 887 aa  173  7.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.221023 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  28.41 
 
 		 638 aa  162  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  28.04 
 
 		 632 aa  160  8e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 510 aa  153  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.54 
 
 		 352 aa  150  6e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1731  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.13 
 
 		 637 aa  150  9e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000986575 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.8 
 
 		 345 aa  150  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  35.14 
 
 		 425 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6515  diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 452 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.683766  normal  0.600963 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4360  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.64 
 
 		 338 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1640  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.81 
 
 		 879 aa  147  7.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  49.12 
 
 		 510 aa  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  30.96 
 
 		 579 aa  147  7.0000000000000006e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  44.81 
 
 		 630 aa  146  9e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  35.45 
 
 		 487 aa  146  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  35.58 
 
 		 487 aa  146  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  41.71 
 
 		 487 aa  145  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  35.45 
 
 		 528 aa  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 350 aa  145  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 487 aa  145  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  42.33 
 
 		 507 aa  145  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 487 aa  145  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 487 aa  145  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.18 
 
 		 341 aa  144  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  34.33 
 
 		 332 aa  144  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  40.38 
 
 		 334 aa  144  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.25 
 
 		 334 aa  144  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.81 
 
 		 334 aa  144  5e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3212  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 452 aa  144  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  33.46 
 
 		 329 aa  144  5e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  41.06 
 
 		 510 aa  144  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  41.36 
 
 		 327 aa  144  6e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1758  diguanylate cyclase with Chase2 sensor  43.79 
 
 		 583 aa  144  6e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.621597 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 453 aa  144  6e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  43.82 
 
 		 452 aa  144  7e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  35.62 
 
 		 317 aa  143  8e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  41.99 
 
 		 472 aa  143  8e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  34.32 
 
 		 1428 aa  143  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 313 aa  143  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 		 463 aa  143  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  44.69 
 
 		 335 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  39.9 
 
 		 334 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  40.82 
 
 		 347 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.03 
 
 		 333 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.69 
 
 		 334 aa  141  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  38.43 
 
 		 338 aa  142  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.42 
 
 		 328 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0807  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 340 aa  140  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  34.19 
 
 		 335 aa  140  6e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3598  diguanylate cyclase  42.79 
 
 		 510 aa  140  6e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.56 
 
 		 612 aa  140  6e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 492 aa  140  7.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0432  response regulator receiver protein  34.78 
 
 		 303 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 533 aa  140  8.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 452 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3160  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 452 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.413104  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2546  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 452 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192419  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 510 aa  139  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004464  sensory box/GGDEF family protein  28.16 
 
 		 582 aa  139  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.845527  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1193  diguanylate cyclase  33.63 
 
 		 650 aa  139  2e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.142429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 510 aa  139  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 510 aa  139  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  39.81 
 
 		 344 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 534 aa  138  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  41.62 
 
 		 546 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 492 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 492 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 492 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1419  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 581 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.337287  normal  0.697858 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4491  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 531 aa  138  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 370 aa  137  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.96 
 
 		 843 aa  137  5e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  34.62 
 
 		 323 aa  137  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.7 
 
 		 890 aa  137  5e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.42 
 
 		 481 aa  137  5e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.7 
 
 		 890 aa  137  6.0000000000000005e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 410 aa  137  6.0000000000000005e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  34.62 
 
 		 323 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  43.6 
 
 		 555 aa  137  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5143  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.69 
 
 		 643 aa  137  8e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.248831  normal  0.87155 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 498 aa  137  8e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1431  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.13 
 
 		 625 aa  136  9e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  40.41 
 
 		 347 aa  136  9e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.44 
 
 		 342 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 492 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  45.66 
 
 		 492 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  45.98 
 
 		 492 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 492 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2439  diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 698 aa  136  9.999999999999999e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.17 
 
 		 481 aa  136  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.44 
 
 		 328 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  45.66 
 
 		 492 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.44 
 
 		 342 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>