More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0225 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0225  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 		 325 aa  669    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  68.3 
 
 		 314 aa  449  1e-125  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  66.67 
 
 		 312 aa  444  1.0000000000000001e-124  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  64 
 
 		 341 aa  414  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  63.33 
 
 		 338 aa  409  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  62.71 
 
 		 310 aa  395  1e-109  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  62.38 
 
 		 310 aa  392  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  56.19 
 
 		 317 aa  370  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.22 
 
 		 352 aa  217  2e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 481 aa  186  4e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 481 aa  186  6e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.04 
 
 		 353 aa  183  3e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.27 
 
 		 338 aa  183  3e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.36 
 
 		 843 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  44.12 
 
 		 536 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  35.99 
 
 		 497 aa  181  1e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  44.92 
 
 		 960 aa  177  3e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  41.4 
 
 		 579 aa  176  4e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 591 aa  176  6e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4360  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.67 
 
 		 338 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.33 
 
 		 463 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 516 aa  172  9e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.92 
 
 		 890 aa  171  1e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  48.9 
 
 		 422 aa  171  1e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  39.83 
 
 		 367 aa  171  2e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.96 
 
 		 890 aa  171  2e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  51.11 
 
 		 664 aa  170  3e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 310 aa  170  3e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.81 
 
 		 660 aa  169  4e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.99 
 
 		 341 aa  169  4e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.17 
 
 		 636 aa  169  5e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  42.47 
 
 		 305 aa  169  6e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.81 
 
 		 660 aa  169  7e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 339 aa  169  8e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  44.51 
 
 		 344 aa  168  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  44.86 
 
 		 518 aa  167  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 252 aa  167  2e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  44.55 
 
 		 555 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.39 
 
 		 465 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.26 
 
 		 334 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  45.35 
 
 		 346 aa  167  2e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.47 
 
 		 622 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0794  diguanylate cyclase  44.5 
 
 		 394 aa  166  4e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 327 aa  166  5e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  47.73 
 
 		 1262 aa  166  5.9999999999999996e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 334 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  47.16 
 
 		 306 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0116  diguanylate cyclase  43.08 
 
 		 398 aa  165  8e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.864855  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  43.17 
 
 		 335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 357 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  35.6 
 
 		 328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.89 
 
 		 333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  43.58 
 
 		 340 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  40 
 
 		 357 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 344 aa  163  3e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 462 aa  163  3e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5111  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.3 
 
 		 479 aa  163  3e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  43.65 
 
 		 462 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 372 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  41.53 
 
 		 335 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 334 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 360 aa  162  6e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 308 aa  162  6e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  46.11 
 
 		 334 aa  162  7e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.13 
 
 		 308 aa  162  7e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 315 aa  162  7e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 340 aa  162  9e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 461 aa  161  1e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 319 aa  162  1e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 344 aa  162  1e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 316 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3624  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 341 aa  160  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.112804  normal  0.505096 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  43.01 
 
 		 553 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 340 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  43.62 
 
 		 620 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 578 aa  160  4e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  44.09 
 
 		 512 aa  160  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 434 aa  160  4e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  43.43 
 
 		 528 aa  159  5e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  45.11 
 
 		 410 aa  159  5e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 534 aa  159  5e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 732 aa  159  5e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 303 aa  159  6e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  43.26 
 
 		 334 aa  159  7e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 322 aa  159  7e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.72 
 
 		 308 aa  159  7e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2740  diguanylate cyclase  41.12 
 
 		 670 aa  159  7e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  46.59 
 
 		 344 aa  159  9e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 340 aa  159  9e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 340 aa  158  1e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  42.62 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 732 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 542 aa  158  1e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  43.09 
 
 		 347 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 355 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  47.54 
 
 		 565 aa  157  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 359 aa  157  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  43.23 
 
 		 1637 aa  157  3e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004464  sensory box/GGDEF family protein  38.07 
 
 		 582 aa  157  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.845527  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>