More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_1212 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3334  GGDEF family protein  77.62 
 
 		 574 aa  937    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3022  diguanylate cyclase  68.75 
 
 		 579 aa  792    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.238574  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3165  diguanylate cyclase  68.75 
 
 		 579 aa  794    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624427  hitchhiker  0.00241131 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2671  diguanylate cyclase  71.75 
 
 		 578 aa  870    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00272144  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  100 
 
 		 578 aa  1191    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3007  diguanylate cyclase  68.58 
 
 		 579 aa  791    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  78.84 
 
 		 578 aa  932    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  78.48 
 
 		 578 aa  930    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  68.75 
 
 		 584 aa  792    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1419  diguanylate cyclase  48.13 
 
 		 581 aa  520  1e-146  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.337287  normal  0.697858 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1532  diguanylate cyclase  45.58 
 
 		 581 aa  464  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.131912 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2376  GGDEF family protein  41.74 
 
 		 581 aa  429  1e-119  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.603107  normal  0.125549 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 453 aa  167  5e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.6 
 
 		 628 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.12 
 
 		 308 aa  162  1e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.69 
 
 		 843 aa  162  2e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 422 aa  162  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.62 
 
 		 642 aa  160  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.01 
 
 		 316 aa  159  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  46.51 
 
 		 649 aa  159  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 498 aa  159  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  44.57 
 
 		 480 aa  158  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 327 aa  156  1e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 344 aa  155  2e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.46 
 
 		 337 aa  155  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 341 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.18 
 
 		 483 aa  155  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.41 
 
 		 312 aa  155  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 591 aa  154  4e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 319 aa  154  5.9999999999999996e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.92 
 
 		 314 aa  154  5.9999999999999996e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0225  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.57 
 
 		 325 aa  153  7e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 534 aa  153  8e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0275  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 630 aa  152  1e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0339591 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  42.27 
 
 		 344 aa  152  1e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 461 aa  152  1e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  43.78 
 
 		 306 aa  153  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.51 
 
 		 664 aa  152  2e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0794  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 394 aa  152  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 516 aa  151  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3624  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 341 aa  151  3e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.112804  normal  0.505096 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  42.86 
 
 		 323 aa  151  3e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000121  response regulator  40.96 
 
 		 319 aa  151  4e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0601608  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 353 aa  150  5e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 305 aa  150  6e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 370 aa  150  7e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.96 
 
 		 622 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 372 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.47 
 
 		 463 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  45.56 
 
 		 496 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  45.45 
 
 		 512 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  44.65 
 
 		 339 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 498 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 496 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1099  response regulator receiver domain-containing protein  41.21 
 
 		 390 aa  149  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.076371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 660 aa  149  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 660 aa  149  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.91 
 
 		 338 aa  148  3e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 338 aa  148  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.78 
 
 		 890 aa  147  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.78 
 
 		 890 aa  147  5e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 565 aa  147  5e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0102  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 278 aa  147  6e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.63 
 
 		 340 aa  147  6e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  31.78 
 
 		 538 aa  147  7.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  41.97 
 
 		 636 aa  147  8.000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  44.58 
 
 		 488 aa  146  9e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 307 aa  146  9e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  43.11 
 
 		 317 aa  145  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  42.69 
 
 		 494 aa  146  1e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.07 
 
 		 341 aa  146  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 469 aa  146  1e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 496 aa  146  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.15 
 
 		 352 aa  146  1e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  40.54 
 
 		 335 aa  146  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 340 aa  146  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 510 aa  145  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  39.9 
 
 		 328 aa  145  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 501 aa  145  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  41.48 
 
 		 536 aa  145  2e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05729  putative diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 323 aa  145  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  42.78 
 
 		 506 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 362 aa  144  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 340 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.21 
 
 		 310 aa  144  3e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  41.48 
 
 		 1262 aa  144  4e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  41.94 
 
 		 318 aa  144  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 553 aa  144  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  42.51 
 
 		 1034 aa  144  5e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  42.78 
 
 		 506 aa  144  5e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 340 aa  144  5e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 460 aa  144  5e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  35.77 
 
 		 1054 aa  144  6e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 481 aa  144  6e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  42.22 
 
 		 484 aa  144  6e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 547 aa  144  6e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  42.22 
 
 		 489 aa  143  7e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 334 aa  143  7e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  42.22 
 
 		 499 aa  143  8e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  42.22 
 
 		 499 aa  143  8e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>