More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0794 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0794  diguanylate cyclase  100 
 
 		 394 aa  797    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0930  diguanylate cyclase  47.72 
 
 		 390 aa  373  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0831  diguanylate cyclase  50.85 
 
 		 351 aa  355  5.999999999999999e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0748  diguanylate cyclase  43.16 
 
 		 375 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0619  response regulator receiver protein  42.82 
 
 		 378 aa  301  9e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3624  diguanylate cyclase  50.58 
 
 		 341 aa  293  5e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.112804  normal  0.505096 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2684  diguanylate cyclase  32.28 
 
 		 371 aa  190  4e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  39.83 
 
 		 370 aa  187  3e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.54 
 
 		 461 aa  165  1.0000000000000001e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1716  diguanylate cyclase  34.33 
 
 		 349 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839353 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.39 
 
 		 660 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 533 aa  164  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.39 
 
 		 660 aa  164  3e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  47.75 
 
 		 620 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3251  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  51.19 
 
 		 341 aa  163  5.0000000000000005e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.61058  normal  0.330404 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2604  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  51.19 
 
 		 341 aa  163  6e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.224021  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  33.24 
 
 		 353 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  49.14 
 
 		 960 aa  161  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0225  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.5 
 
 		 325 aa  160  5e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.69 
 
 		 340 aa  158  2e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48 
 
 		 360 aa  157  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1946  diguanylate cyclase  32.87 
 
 		 368 aa  156  5.0000000000000005e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0707577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 422 aa  156  7e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  47.16 
 
 		 328 aa  155  9e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  44.15 
 
 		 522 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  45 
 
 		 334 aa  155  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  45.7 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  47.9 
 
 		 1262 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  38.7 
 
 		 320 aa  155  2e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.89 
 
 		 481 aa  153  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1457  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  47.02 
 
 		 624 aa  153  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.659998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1431  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  47.62 
 
 		 625 aa  152  1e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  43.78 
 
 		 522 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 578 aa  152  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.02 
 
 		 334 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.13 
 
 		 664 aa  152  1e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  46.59 
 
 		 335 aa  152  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.15 
 
 		 319 aa  151  2e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.89 
 
 		 481 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5111  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.78 
 
 		 479 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 353 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 453 aa  151  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  47.13 
 
 		 555 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.18 
 
 		 352 aa  150  4e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.29 
 
 		 330 aa  150  5e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 591 aa  150  5e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  37.12 
 
 		 553 aa  149  7e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 462 aa  149  7e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0275  diguanylate cyclase  44.92 
 
 		 630 aa  149  9e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0339591 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.68 
 
 		 314 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  44.44 
 
 		 334 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  38.81 
 
 		 516 aa  148  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.05 
 
 		 334 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.8 
 
 		 310 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.06 
 
 		 622 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 315 aa  147  3e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.02 
 
 		 334 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 372 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  45.45 
 
 		 335 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.86 
 
 		 341 aa  146  5e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  45.56 
 
 		 480 aa  146  5e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 333 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 462 aa  146  8.000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 465 aa  146  8.000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 578 aa  146  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 732 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  44.1 
 
 		 536 aa  145  1e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.83 
 
 		 338 aa  145  1e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.17 
 
 		 310 aa  145  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 648 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 565 aa  145  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 578 aa  145  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  44.67 
 
 		 512 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  44.02 
 
 		 347 aa  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  44.94 
 
 		 310 aa  144  3e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 305 aa  144  3e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 732 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  41.82 
 
 		 323 aa  144  3e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.9 
 
 		 890 aa  144  4e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.9 
 
 		 890 aa  143  4e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 503 aa  143  5e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  44.81 
 
 		 464 aa  143  5e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 313 aa  143  6e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3165  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 579 aa  143  6e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624427  hitchhiker  0.00241131 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 584 aa  142  8e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 629 aa  142  8e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 518 aa  142  8e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2671  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 578 aa  142  9e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00272144  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.33 
 
 		 550 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  45.45 
 
 		 649 aa  142  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 472 aa  142  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3022  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 579 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.238574  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  42.93 
 
 		 327 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  45.4 
 
 		 528 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0807  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 340 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3007  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 579 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.82 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2785  diguanylate cyclase  42.15 
 
 		 519 aa  141  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4360  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.86 
 
 		 338 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3840  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 556 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108967  hitchhiker  0.000986648 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>