More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2684 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2684  diguanylate cyclase  100 
 
 		 371 aa  759    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0619  response regulator receiver protein  32.25 
 
 		 378 aa  193  4e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0831  diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 351 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0794  diguanylate cyclase  32.28 
 
 		 394 aa  185  9e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0748  diguanylate cyclase  31.83 
 
 		 375 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0930  diguanylate cyclase  30.85 
 
 		 390 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  37.3 
 
 		 370 aa  172  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3624  diguanylate cyclase  33.6 
 
 		 341 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.112804  normal  0.505096 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3165  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 579 aa  155  8e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624427  hitchhiker  0.00241131 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 584 aa  155  9e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3022  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 579 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.238574  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3007  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 579 aa  153  4e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  33.98 
 
 		 353 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2671  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 578 aa  152  1e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00272144  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  43.98 
 
 		 328 aa  149  7e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 578 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 578 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  38.4 
 
 		 591 aa  146  5e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  46.78 
 
 		 520 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3334  GGDEF family protein  41.28 
 
 		 574 aa  144  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  46.78 
 
 		 520 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  43.24 
 
 		 528 aa  144  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 553 aa  144  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  38.78 
 
 		 533 aa  143  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  39.22 
 
 		 452 aa  143  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.22 
 
 		 612 aa  142  7e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  42.7 
 
 		 555 aa  142  8e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.99 
 
 		 465 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 410 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 578 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 		 352 aa  142  9.999999999999999e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 529 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 518 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 522 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  43.45 
 
 		 494 aa  140  3e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  45.78 
 
 		 509 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2546  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 452 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192419  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3160  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 452 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.413104  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 452 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2600  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  42.51 
 
 		 977 aa  139  1e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 527 aa  139  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1946  diguanylate cyclase  30.69 
 
 		 368 aa  138  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0707577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 360 aa  137  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 503 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  43.6 
 
 		 1262 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 521 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 462 aa  137  4e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.24 
 
 		 316 aa  137  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1716  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 349 aa  136  5e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839353 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 521 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 521 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3212  diguanylate cyclase  43.4 
 
 		 452 aa  136  5e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 462 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 524 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  43.71 
 
 		 502 aa  135  8e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 		 312 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 516 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 501 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  42.35 
 
 		 536 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.61 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3251  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 341 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.61058  normal  0.330404 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 522 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2604  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 341 aa  134  3e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.224021  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 510 aa  133  5e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 660 aa  133  5e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.61 
 
 		 310 aa  133  5e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 660 aa  133  6e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 498 aa  133  6e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.77 
 
 		 461 aa  132  6e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 339 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 507 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 341 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1599  response regulator receiver protein  43.98 
 
 		 305 aa  132  7.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0650224  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 492 aa  132  9e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 466 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6515  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 452 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.683766  normal  0.600963 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 510 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 542 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 460 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 469 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 305 aa  132  1.0000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 319 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.04 
 
 		 322 aa  131  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  41.08 
 
 		 318 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 313 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 510 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 569 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 498 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 422 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 310 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.64 
 
 		 314 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3572  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 902 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  38.57 
 
 		 512 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.31 
 
 		 960 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 340 aa  130  3e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0985  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 508 aa  130  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 510 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3566  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 561 aa  130  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665818  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.78 
 
 		 636 aa  130  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 492 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>