More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4360 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4360  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 		 338 aa  692    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.11 
 
 		 314 aa  172  5.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0225  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.67 
 
 		 325 aa  171  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  45.99 
 
 		 579 aa  169  8e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.83 
 
 		 461 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50 
 
 		 455 aa  166  4e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.06 
 
 		 341 aa  166  6.9999999999999995e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.01 
 
 		 312 aa  165  1.0000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.93 
 
 		 481 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.86 
 
 		 481 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  45.16 
 
 		 315 aa  160  3e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.25 
 
 		 308 aa  160  4e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.53 
 
 		 424 aa  159  5e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  44.74 
 
 		 339 aa  159  7e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 316 aa  159  8e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 252 aa  159  9e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  44.86 
 
 		 317 aa  158  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  45.95 
 
 		 591 aa  158  1e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 465 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 322 aa  157  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  47.16 
 
 		 536 aa  157  2e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  47.57 
 
 		 1262 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.15 
 
 		 664 aa  158  2e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 422 aa  157  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 620 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.23 
 
 		 353 aa  157  3e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  45.06 
 
 		 323 aa  157  3e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3460  GGDEF domain-containing protein  35.62 
 
 		 644 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0284505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  37.1 
 
 		 367 aa  156  4e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.21 
 
 		 319 aa  156  4e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  46.77 
 
 		 346 aa  156  4e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.86 
 
 		 660 aa  156  4e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.86 
 
 		 660 aa  156  4e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.39 
 
 		 340 aa  155  6e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 659 aa  155  6e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.34 
 
 		 622 aa  156  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  36.58 
 
 		 425 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  45.3 
 
 		 462 aa  155  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  42.64 
 
 		 522 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  43.81 
 
 		 1637 aa  154  2e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.2 
 
 		 890 aa  154  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  45.3 
 
 		 462 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 344 aa  154  2.9999999999999998e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  41.9 
 
 		 310 aa  153  4e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.91 
 
 		 310 aa  153  4e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  44.81 
 
 		 960 aa  153  4e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.63 
 
 		 646 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 553 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.26 
 
 		 612 aa  152  7e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  44.9 
 
 		 555 aa  152  8e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 547 aa  152  8e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  47.4 
 
 		 328 aa  152  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.51 
 
 		 419 aa  152  1e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  33.55 
 
 		 649 aa  151  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  44.39 
 
 		 528 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.33 
 
 		 330 aa  151  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  43.66 
 
 		 518 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.28 
 
 		 1000 aa  151  2e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 534 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  38.3 
 
 		 1643 aa  150  3e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.52 
 
 		 843 aa  150  3e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 516 aa  150  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 310 aa  150  3e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.44 
 
 		 310 aa  150  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 338 aa  150  3e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3048  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.22 
 
 		 683 aa  150  3e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.56 
 
 		 890 aa  150  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0275  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 630 aa  149  6e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0339591 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 503 aa  149  6e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  43.78 
 
 		 338 aa  149  6e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  40.89 
 
 		 533 aa  149  7e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  47.89 
 
 		 510 aa  149  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.19 
 
 		 352 aa  149  9e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  41.83 
 
 		 344 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.32 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  43.52 
 
 		 542 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  48.15 
 
 		 548 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5111  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.47 
 
 		 479 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  35.64 
 
 		 626 aa  147  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  39.38 
 
 		 1636 aa  147  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  43.75 
 
 		 480 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1099  response regulator receiver domain-containing protein  42.86 
 
 		 390 aa  147  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.076371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.3 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  45.66 
 
 		 340 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3242  GGDEF domain-containing protein  41.62 
 
 		 522 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  47.25 
 
 		 494 aa  147  3e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  35.56 
 
 		 418 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 732 aa  147  3e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44 
 
 		 303 aa  147  3e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 648 aa  147  3e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  44.69 
 
 		 410 aa  147  3e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  45.7 
 
 		 497 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.84 
 
 		 310 aa  146  5e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 732 aa  146  6e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 340 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  45.03 
 
 		 528 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.15 
 
 		 337 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1599  response regulator receiver protein  46.91 
 
 		 305 aa  145  8.000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0650224  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  46.82 
 
 		 507 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 340 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>