More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1908 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 
519 aa  1040    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03585  response regulator/GGDEF/EAL domain protein  33.14 
 
 
741 aa  200  5e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  39.39 
 
 
525 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0394  response regulator/GGDEF/EAL domain-containing protein  32.64 
 
 
740 aa  190  5e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.273558  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  38.86 
 
 
525 aa  190  5e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0553  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  52.58 
 
 
440 aa  184  3e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.580246  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0491  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  53.61 
 
 
522 aa  182  1e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.165576  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0402  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  51.09 
 
 
398 aa  178  2e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.93747  normal  0.145713 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4035  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.94 
 
 
746 aa  178  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.398097  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2199  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  53.66 
 
 
523 aa  171  4e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.179718  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4485  hypothetical protein  53.66 
 
 
523 aa  171  4e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0131  response regulator receiver (CheY) and unknown domain-containing protein  51.58 
 
 
337 aa  171  4e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2247  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  48.47 
 
 
518 aa  171  4e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.77168  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1789  response regulator receiver protein  53.99 
 
 
524 aa  170  5e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0101023  normal  0.210198 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1853  metal-dependent phosphohydrolase  54.04 
 
 
527 aa  170  5e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0219327  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2366  response regulator  51.19 
 
 
525 aa  170  7e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2212  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  53.05 
 
 
523 aa  169  8e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.16257  normal  0.683218 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2222  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  53.05 
 
 
523 aa  169  9e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.151758  normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2172  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  53.05 
 
 
523 aa  169  9e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0465103  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3786  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  55.94 
 
 
529 aa  168  2e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  35.14 
 
 
398 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2105  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  52.73 
 
 
525 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00173233  normal  0.407049 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2561  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  49.41 
 
 
517 aa  167  5e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00356747  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2004  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  52.12 
 
 
525 aa  166  8e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0562345  hitchhiker  0.000000282251 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1971  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  52.12 
 
 
525 aa  166  8e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0825869  normal  0.0109864 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4666  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  43.38 
 
 
578 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.48 
 
 
743 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2012  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  55.24 
 
 
531 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0999069  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0215  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  45.83 
 
 
536 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3403  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.02 
 
 
744 aa  164  3e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3114  metal dependent phosphohydrolase  50 
 
 
523 aa  163  5.0000000000000005e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00390297  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.82 
 
 
744 aa  163  6e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02571  response regulator  43.84 
 
 
521 aa  163  6e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  38.17 
 
 
686 aa  163  7e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0959  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.82 
 
 
744 aa  162  9e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2209  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  49.69 
 
 
526 aa  162  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.195398  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2880  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.88 
 
 
576 aa  161  2e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0967  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.82 
 
 
744 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5276  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  41.37 
 
 
579 aa  160  4e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.606728  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2117  histidine kinase  43.52 
 
 
631 aa  160  5e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0208634 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2394  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  43.52 
 
 
593 aa  160  6e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  36.39 
 
 
632 aa  160  7e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3058  phage head-tail adaptor, putative  43.32 
 
 
580 aa  159  1e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00943131  normal  0.0427518 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3036  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.91 
 
 
758 aa  159  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.830853 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1705  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  51.06 
 
 
471 aa  159  1e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0095  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  44.72 
 
 
582 aa  158  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2427  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  47.43 
 
 
521 aa  157  4e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.219655  hitchhiker  0.000118537 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1983  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  47.85 
 
 
523 aa  157  6e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00722808  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2070  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  41.85 
 
 
613 aa  156  7e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0711  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  42.65 
 
 
581 aa  155  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0493  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  51.72 
 
 
531 aa  155  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.366798  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.59 
 
 
550 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01215  Response regulator  49.65 
 
 
509 aa  154  2.9999999999999998e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.204793  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  45.4 
 
 
321 aa  154  4e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3684  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  41.47 
 
 
580 aa  152  1e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.896547  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.78 
 
 
1078 aa  150  6e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.12 
 
 
827 aa  149  8e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  37.83 
 
 
459 aa  149  9e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.25 
 
 
772 aa  149  1.0000000000000001e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.49 
 
 
1000 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4375  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  44.68 
 
 
550 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  41.92 
 
 
237 aa  149  1.0000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.21 
 
 
419 aa  147  4.0000000000000006e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2546  metal-dependent phosphohydrolase  48.57 
 
 
515 aa  147  6e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0496  putative diguanylate phosphodiesterase  43.35 
 
 
767 aa  147  7.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.788805 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  34.99 
 
 
470 aa  147  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  40.09 
 
 
329 aa  146  9e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  50.3 
 
 
464 aa  146  9e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  46.63 
 
 
611 aa  146  1e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.41 
 
 
843 aa  145  1e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.36 
 
 
355 aa  146  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2755  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  48.95 
 
 
520 aa  145  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0497  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  40.78 
 
 
432 aa  145  2e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0239  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.15 
 
 
565 aa  145  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  43.35 
 
 
532 aa  144  3e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.07 
 
 
730 aa  144  3e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  46.59 
 
 
308 aa  144  5e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1813  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  47.18 
 
 
512 aa  144  5e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0479529  normal  0.434013 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.61 
 
 
797 aa  144  5e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1019  putative response regulator  52.17 
 
 
522 aa  144  6e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.4 
 
 
301 aa  143  7e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1253  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  51.53 
 
 
584 aa  143  7e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  47.27 
 
 
680 aa  142  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  47.88 
 
 
681 aa  142  9.999999999999999e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  41.18 
 
 
451 aa  142  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  34.18 
 
 
425 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.76 
 
 
698 aa  143  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.57 
 
 
751 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.38 
 
 
342 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  46.27 
 
 
583 aa  142  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  50.55 
 
 
753 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1119  diguanylate cyclase  43.68 
 
 
325 aa  142  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.282481  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  49.71 
 
 
552 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0492  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  44.91 
 
 
508 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0844408  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  45.45 
 
 
1774 aa  142  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  43.78 
 
 
492 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  48.57 
 
 
587 aa  141  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  40.18 
 
 
323 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.08 
 
 
505 aa  141  3e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1166  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 
780 aa  141  3e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>