More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_4400 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  75.11 
 
 		 680 aa  1036    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  100 
 
 		 681 aa  1375    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.33 
 
 		 792 aa  243  1e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.73 
 
 		 586 aa  231  4e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.35 
 
 		 797 aa  229  1e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2842  diguanylate cyclase  28.14 
 
 		 785 aa  213  1e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2470  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.34 
 
 		 756 aa  207  7e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.578353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  26.83 
 
 		 733 aa  195  2e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  34.84 
 
 		 764 aa  184  6e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  35.62 
 
 		 1774 aa  183  8.000000000000001e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3833  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.89 
 
 		 732 aa  183  1e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  34.29 
 
 		 764 aa  182  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  34.29 
 
 		 764 aa  181  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4216  diguanylate cyclase  25.69 
 
 		 717 aa  179  1e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.92 
 
 		 1073 aa  174  5e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  29.77 
 
 		 758 aa  172  1e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  39.91 
 
 		 374 aa  165  3e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  32.36 
 
 		 554 aa  160  5e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.22 
 
 		 710 aa  160  7e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  44.25 
 
 		 732 aa  160  7e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.5 
 
 		 312 aa  159  1e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.24 
 
 		 308 aa  159  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.24 
 
 		 308 aa  159  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0185  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.3 
 
 		 1125 aa  158  3e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0744  diguanylate cyclase  43.94 
 
 		 753 aa  158  4e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165088  normal  0.416995 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.53 
 
 		 730 aa  157  9e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.73 
 
 		 550 aa  156  1e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.25 
 
 		 563 aa  154  7e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 498 aa  154  7e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  44.02 
 
 		 413 aa  153  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 308 aa  153  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.31 
 
 		 769 aa  153  1e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.7 
 
 		 499 aa  152  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  41.08 
 
 		 555 aa  152  2e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  49.7 
 
 		 307 aa  151  4e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  40.38 
 
 		 308 aa  150  7e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  47.27 
 
 		 294 aa  149  1.0000000000000001e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.53 
 
 		 457 aa  150  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.4 
 
 		 827 aa  150  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.92 
 
 		 407 aa  149  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 281 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  39.74 
 
 		 342 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.15 
 
 		 917 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 321 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  40.74 
 
 		 308 aa  148  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.43 
 
 		 353 aa  148  3e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  39.71 
 
 		 356 aa  148  4.0000000000000006e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  46.15 
 
 		 457 aa  148  4.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  45.26 
 
 		 414 aa  147  6e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0691  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.21 
 
 		 742 aa  147  6e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  46.88 
 
 		 611 aa  147  6e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  50.62 
 
 		 1000 aa  147  7.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 356 aa  147  7.0000000000000006e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 314 aa  147  9e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0701  diguanylate cyclase  43.69 
 
 		 650 aa  147  9e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.291224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  38.94 
 
 		 308 aa  146  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  37.45 
 
 		 615 aa  146  1e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  51.85 
 
 		 343 aa  146  1e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  49.72 
 
 		 587 aa  146  1e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  48.78 
 
 		 753 aa  146  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  30.41 
 
 		 471 aa  145  2e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  40.96 
 
 		 458 aa  146  2e-33  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.57 
 
 		 558 aa  145  2e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  43.78 
 
 		 306 aa  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.84 
 
 		 578 aa  145  3e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.91 
 
 		 348 aa  145  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.91 
 
 		 348 aa  145  3e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  40.96 
 
 		 458 aa  145  3e-33  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  43.78 
 
 		 307 aa  144  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 301 aa  144  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  48.19 
 
 		 622 aa  144  5e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  46.71 
 
 		 328 aa  144  5e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 569 aa  144  5e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  39.17 
 
 		 487 aa  144  6e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.24 
 
 		 531 aa  144  6e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  41.01 
 
 		 332 aa  144  7e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  42.53 
 
 		 234 aa  144  7e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 369 aa  143  8e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4554  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.17 
 
 		 331 aa  143  9e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 510 aa  143  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 353 aa  143  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 387 aa  143  9.999999999999999e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.72 
 
 		 355 aa  143  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.62 
 
 		 309 aa  143  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.88 
 
 		 519 aa  143  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.25 
 
 		 698 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 499 aa  143  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 322 aa  143  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0842  GGDEF domain-containing protein  47.47 
 
 		 391 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000293697  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  42.77 
 
 		 451 aa  142  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  46.43 
 
 		 395 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  45.96 
 
 		 467 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 621 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.91 
 
 		 457 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  38.14 
 
 		 792 aa  142  3e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  35.83 
 
 		 1079 aa  141  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 525 aa  141  3e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  46.43 
 
 		 395 aa  142  3e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.13 
 
 		 301 aa  142  3e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 635 aa  141  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>