More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1842 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  100 
 
 		 308 aa  614  1e-175  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  69.16 
 
 		 308 aa  430  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  66.12 
 
 		 307 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  65.47 
 
 		 306 aa  373  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  59.87 
 
 		 308 aa  353  2e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  59.21 
 
 		 308 aa  350  3e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  43.54 
 
 		 325 aa  229  5e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 306 aa  227  2e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  41.54 
 
 		 308 aa  203  4e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1806  diguanylate cyclase  38.58 
 
 		 291 aa  164  1.0000000000000001e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.851232  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.34 
 
 		 772 aa  148  9e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2339  diguanylate cyclase  34.74 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  40.38 
 
 		 680 aa  147  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  44.24 
 
 		 492 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.12 
 
 		 791 aa  145  9e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  44.39 
 
 		 487 aa  145  1e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  46.34 
 
 		 425 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  33.01 
 
 		 681 aa  143  4e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1592  GGDEF domain-containing protein  32.84 
 
 		 305 aa  142  7e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2157  diguanylate cyclase  45.91 
 
 		 372 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000200238  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  35.59 
 
 		 355 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.91 
 
 		 792 aa  139  4.999999999999999e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  39.7 
 
 		 498 aa  139  6e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.56 
 
 		 610 aa  139  6e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  46.88 
 
 		 354 aa  138  1e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 608 aa  138  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  40.58 
 
 		 732 aa  138  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  45.45 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  45.34 
 
 		 355 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.2 
 
 		 355 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.39 
 
 		 563 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  47.27 
 
 		 457 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  43.9 
 
 		 418 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 615 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.38 
 
 		 424 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0825  diguanylate cyclase  39.91 
 
 		 594 aa  135  8e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.08 
 
 		 686 aa  135  8e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 385 aa  135  9e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  47.85 
 
 		 403 aa  135  9e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  45.06 
 
 		 342 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 611 aa  134  9.999999999999999e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 451 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  40 
 
 		 517 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 631 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2233  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 428 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  41.29 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  40 
 
 		 471 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  49.69 
 
 		 624 aa  134  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  47.2 
 
 		 638 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  40.89 
 
 		 380 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.75 
 
 		 348 aa  133  5e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 650 aa  132  5e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.75 
 
 		 348 aa  133  5e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1158  GGDEF family protein  34.11 
 
 		 303 aa  132  6e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  49.68 
 
 		 367 aa  132  6e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  46.25 
 
 		 422 aa  132  6e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  44.79 
 
 		 668 aa  132  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.11 
 
 		 324 aa  132  6e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  44.1 
 
 		 332 aa  132  6e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  45.62 
 
 		 395 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.84 
 
 		 901 aa  132  6.999999999999999e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  45.62 
 
 		 395 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  45.86 
 
 		 524 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  39.71 
 
 		 696 aa  132  9e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  45.34 
 
 		 355 aa  132  9e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  42.79 
 
 		 417 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0237  diguanylate cyclase  42.04 
 
 		 427 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.124528  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.51 
 
 		 301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.9 
 
 		 797 aa  131  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 172 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  44.72 
 
 		 355 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  45.96 
 
 		 354 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1830  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.22 
 
 		 941 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0224  diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 332 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.77 
 
 		 519 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 381 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1119  diguanylate cyclase  45 
 
 		 325 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.282481  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  44.79 
 
 		 671 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 624 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 324 aa  131  2.0000000000000002e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 540 aa  130  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 525 aa  130  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  46.58 
 
 		 686 aa  130  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 471 aa  130  3e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5712  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.54195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1198  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 394 aa  130  3e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000754903  normal  0.715416 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.9 
 
 		 454 aa  130  3e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  46.88 
 
 		 622 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  45.96 
 
 		 610 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  44.1 
 
 		 472 aa  130  4.0000000000000003e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  44 
 
 		 753 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  49.62 
 
 		 469 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 307 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 382 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  44.24 
 
 		 460 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2700  diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 417 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.86 
 
 		 304 aa  129  6e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 758 aa  129  6e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 554 aa  129  6e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.88 
 
 		 306 aa  129  6e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>