More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1337 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  100 
 
 		 635 aa  1310    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2587  GGDEF domain-containing protein  45.85 
 
 		 621 aa  523  1e-147  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.21731  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  43.91 
 
 		 684 aa  478  1e-133  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  39.63 
 
 		 625 aa  449  1e-125  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  31.59 
 
 		 626 aa  156  9e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  40.18 
 
 		 604 aa  156  9e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  46.67 
 
 		 680 aa  155  2.9999999999999998e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 422 aa  151  5e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 650 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  41.54 
 
 		 485 aa  145  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 322 aa  145  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 345 aa  144  7e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0629  GGDEF domain-containing protein  38.38 
 
 		 626 aa  142  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.328878  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 387 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 681 aa  141  3e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.86 
 
 		 550 aa  142  3e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 485 aa  141  3e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 1774 aa  140  8.999999999999999e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 587 aa  139  1e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3522  diguanylate cyclase  44.65 
 
 		 636 aa  139  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.890826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.49 
 
 		 1000 aa  139  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 485 aa  139  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 350 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.37 
 
 		 531 aa  138  4e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  41.25 
 
 		 334 aa  137  5e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3191  diguanylate cyclase  34.6 
 
 		 646 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000281048  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0773  diguanylate cyclase  34.6 
 
 		 646 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000965334  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 485 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 278 aa  137  8e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.25 
 
 		 827 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 308 aa  136  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 642 aa  136  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 308 aa  136  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 575 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1313  diguanylate cyclase  31.08 
 
 		 581 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.386041  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 464 aa  135  3e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  40.61 
 
 		 634 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  30.56 
 
 		 581 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 577 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 316 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2770  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 575 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.207836  normal  0.331023 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  30.59 
 
 		 581 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  40.59 
 
 		 364 aa  134  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  40.59 
 
 		 548 aa  134  5e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1340  diguanylate cyclase  30.56 
 
 		 581 aa  134  5e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 486 aa  134  6e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  34.21 
 
 		 596 aa  134  6e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  27.87 
 
 		 593 aa  134  6e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 486 aa  134  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 486 aa  134  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  39.06 
 
 		 486 aa  134  6.999999999999999e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 486 aa  134  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 532 aa  134  6.999999999999999e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3569  diguanylate cyclase  35.74 
 
 		 640 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3859  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  36.61 
 
 		 631 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.12 
 
 		 751 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  33.77 
 
 		 575 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3637  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 672 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000284771  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4173  diguanylate cyclase  33.86 
 
 		 630 aa  132  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 220 aa  132  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 536 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  34.47 
 
 		 628 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.96 
 
 		 797 aa  132  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 360 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 582 aa  132  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 294 aa  132  3e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.78 
 
 		 469 aa  131  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  40.99 
 
 		 457 aa  132  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.38 
 
 		 698 aa  131  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 408 aa  131  4.0000000000000003e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2390  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  43.83 
 
 		 600 aa  131  5.0000000000000004e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0747  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 646 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0221541 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.36 
 
 		 578 aa  130  6e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 319 aa  130  6e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  38.32 
 
 		 332 aa  130  8.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 298 aa  130  9.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 532 aa  130  9.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 578 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 485 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0671  diguanylate cyclase  38.05 
 
 		 369 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.03 
 
 		 772 aa  129  2.0000000000000002e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3760  diguanylate cyclase  26.63 
 
 		 672 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000134853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4730  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 572 aa  129  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.49 
 
 		 444 aa  128  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  38.51 
 
 		 280 aa  128  3e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.41 
 
 		 792 aa  128  3e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 559 aa  128  4.0000000000000003e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 519 aa  128  4.0000000000000003e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 370 aa  127  5e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1100  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 576 aa  127  5e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  37.72 
 
 		 335 aa  127  6e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 612 aa  127  7e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 378 aa  127  7e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 377 aa  127  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 312 aa  127  8.000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2582  GGDEF domain-containing protein  38.15 
 
 		 1431 aa  126  9e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.00148361  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 632 aa  127  9e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 329 aa  127  9e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 611 aa  127  9e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 301 aa  126  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>