More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_0744 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009953  Sare_0691  diguanylate cyclase with GAF sensor  80.32 
 
 		 742 aa  1024    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0744  diguanylate cyclase  100 
 
 		 753 aa  1440    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165088  normal  0.416995 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6322  diguanylate cyclase with GAF sensor  49.78 
 
 		 682 aa  470  1.0000000000000001e-131  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.314546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.73 
 
 		 710 aa  368  1e-100  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0701  diguanylate cyclase  33.49 
 
 		 650 aa  185  3e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.291224  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 356 aa  176  9.999999999999999e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 356 aa  175  2.9999999999999996e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.08 
 
 		 353 aa  174  6.999999999999999e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3659  diguanylate cyclase with GAF sensor  44 
 
 		 362 aa  168  2.9999999999999998e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.69 
 
 		 355 aa  163  1e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  44.95 
 
 		 680 aa  161  5e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  33.43 
 
 		 353 aa  160  6e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  34.56 
 
 		 342 aa  157  9e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  31.73 
 
 		 555 aa  156  1e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  34.95 
 
 		 609 aa  155  2e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.42 
 
 		 704 aa  155  2e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1471  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 439 aa  155  2.9999999999999998e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  34.63 
 
 		 709 aa  154  5.9999999999999996e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.51 
 
 		 713 aa  154  5.9999999999999996e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  38.58 
 
 		 1073 aa  152  3e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2704  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.33 
 
 		 494 aa  151  4e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0570321  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.71 
 
 		 797 aa  151  5e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.37 
 
 		 792 aa  150  9e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1165  diguanylate cyclase  44.39 
 
 		 459 aa  150  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000192138 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  44.78 
 
 		 733 aa  149  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3097  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 458 aa  148  4.0000000000000006e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.948135  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  32.1 
 
 		 608 aa  147  8.000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  41.54 
 
 		 374 aa  145  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  46.78 
 
 		 681 aa  146  2e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  41.97 
 
 		 615 aa  145  3e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  31.68 
 
 		 681 aa  145  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  45.95 
 
 		 291 aa  144  5e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2890  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 494 aa  144  8e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00707629  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2797  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 494 aa  144  8e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.129294  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  41.76 
 
 		 565 aa  143  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1658  response regulator/GGDEF domain-containing protein  41.24 
 
 		 458 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.939598  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 494 aa  142  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.59 
 
 		 356 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.81 
 
 		 550 aa  142  1.9999999999999998e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  40 
 
 		 494 aa  143  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  49.7 
 
 		 457 aa  141  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  43 
 
 		 574 aa  142  3e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  30.15 
 
 		 688 aa  141  3.9999999999999997e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  49.1 
 
 		 457 aa  141  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  43 
 
 		 574 aa  141  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 361 aa  141  6e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.41 
 
 		 415 aa  140  7e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2842  diguanylate cyclase  40.71 
 
 		 785 aa  140  7e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.96 
 
 		 407 aa  140  7.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.41 
 
 		 457 aa  140  7.999999999999999e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4216  diguanylate cyclase  44.86 
 
 		 717 aa  140  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  33.47 
 
 		 836 aa  140  1e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  34.36 
 
 		 792 aa  139  2e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  38.92 
 
 		 273 aa  139  2e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1914  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 459 aa  139  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.943888  hitchhiker  0.00021307 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1760  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 473 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.554911  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2470  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.01 
 
 		 756 aa  139  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.578353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.68 
 
 		 686 aa  139  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1077  sensory box/GGDEF family protein  30.96 
 
 		 808 aa  138  4e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 517 aa  138  4e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.44 
 
 		 841 aa  138  4e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  49.4 
 
 		 455 aa  137  5e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  39.22 
 
 		 764 aa  138  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 294 aa  137  7.000000000000001e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 718 aa  137  7.000000000000001e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.68 
 
 		 564 aa  137  8e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  42.2 
 
 		 548 aa  137  9e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 764 aa  137  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  48.59 
 
 		 275 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 764 aa  136  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.35 
 
 		 499 aa  136  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0043  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 580 aa  136  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1886  diguanylate cyclase  40 
 
 		 462 aa  136  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.15 
 
 		 454 aa  135  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  45.09 
 
 		 466 aa  135  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  43.3 
 
 		 498 aa  135  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  34.63 
 
 		 471 aa  135  3.9999999999999996e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  48.59 
 
 		 235 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.594222 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.05 
 
 		 586 aa  134  5e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  45.66 
 
 		 457 aa  134  5e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0185  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.03 
 
 		 1125 aa  134  5e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.15 
 
 		 675 aa  134  6e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.68 
 
 		 322 aa  134  6e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  46.91 
 
 		 457 aa  134  7.999999999999999e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  46.86 
 
 		 457 aa  134  7.999999999999999e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  47.13 
 
 		 316 aa  133  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  44.83 
 
 		 462 aa  133  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  29.14 
 
 		 554 aa  133  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 646 aa  133  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 775 aa  133  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  36.98 
 
 		 510 aa  133  1.0000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 917 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.04 
 
 		 1079 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1260  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.57 
 
 		 423 aa  132  2.0000000000000002e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  43.32 
 
 		 563 aa  132  2.0000000000000002e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  48.82 
 
 		 387 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 519 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1759  diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 266 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0198551  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  45.09 
 
 		 457 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.09 
 
 		 315 aa  133  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>