More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2189 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  100 
 
 		 415 aa  859    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.85 
 
 		 916 aa  191  2e-47  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3152  diguanylate cyclase  38.96 
 
 		 653 aa  174  1.9999999999999998e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000175722  hitchhiker  0.00223393 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.23 
 
 		 675 aa  170  5e-41  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  31.67 
 
 		 615 aa  169  6e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  34.6 
 
 		 563 aa  167  2.9999999999999998e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  34.57 
 
 		 709 aa  162  1e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 530 aa  162  1e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  34.2 
 
 		 609 aa  161  2e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.18 
 
 		 353 aa  160  3e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.35 
 
 		 704 aa  160  3e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  34.32 
 
 		 513 aa  160  3e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1977  membrane associated GGDEF protein  32.18 
 
 		 583 aa  159  7e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 634 aa  159  9e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0185  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.99 
 
 		 1125 aa  159  9e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  35.69 
 
 		 688 aa  159  1e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 681 aa  159  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  30.97 
 
 		 565 aa  158  2e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.58 
 
 		 713 aa  158  2e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  34.54 
 
 		 517 aa  156  6e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1484  diguanylate cyclase  28.82 
 
 		 615 aa  156  6e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1511  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.61 
 
 		 557 aa  155  1e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00005186  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.47 
 
 		 686 aa  154  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  35.27 
 
 		 342 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  33.96 
 
 		 273 aa  153  5.9999999999999996e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.67 
 
 		 499 aa  153  5.9999999999999996e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  37.4 
 
 		 353 aa  153  7e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  34.91 
 
 		 640 aa  153  7e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.58 
 
 		 355 aa  152  8e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 758 aa  152  8.999999999999999e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.49 
 
 		 550 aa  152  1e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 574 aa  152  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  29.88 
 
 		 663 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  44.79 
 
 		 457 aa  151  2e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 574 aa  151  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  33.62 
 
 		 1079 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  33.2 
 
 		 369 aa  150  3e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.39 
 
 		 710 aa  149  6e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  42.55 
 
 		 659 aa  147  3e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  44.24 
 
 		 457 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  33.46 
 
 		 555 aa  147  3e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 310 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.01 
 
 		 800 aa  146  5e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  35.11 
 
 		 764 aa  147  5e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  35.11 
 
 		 764 aa  147  5e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 608 aa  146  6e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  45.16 
 
 		 578 aa  146  6e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  38.16 
 
 		 1644 aa  146  8.000000000000001e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  43.64 
 
 		 457 aa  146  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0825  diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 594 aa  145  1e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  34.73 
 
 		 764 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  44.62 
 
 		 578 aa  145  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 1826 aa  144  2e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 525 aa  144  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  43.64 
 
 		 457 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  37.05 
 
 		 554 aa  145  2e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.83 
 
 		 505 aa  144  3e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0267  diguanylate cyclase  41.78 
 
 		 1320 aa  144  3e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  43.03 
 
 		 457 aa  143  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0701  diguanylate cyclase  35.78 
 
 		 650 aa  143  5e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.291224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.66 
 
 		 564 aa  143  6e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  43.03 
 
 		 457 aa  142  8e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  32.42 
 
 		 494 aa  142  8e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.69 
 
 		 356 aa  142  9e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  34.96 
 
 		 308 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  39.68 
 
 		 466 aa  142  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 314 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3308  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 603 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000660005  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 356 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 532 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0744  diguanylate cyclase  35.41 
 
 		 753 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165088  normal  0.416995 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  29.18 
 
 		 732 aa  142  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  37.28 
 
 		 457 aa  141  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  28.87 
 
 		 1099 aa  141  1.9999999999999998e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 377 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  26.84 
 
 		 866 aa  141  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.8 
 
 		 578 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  41.04 
 
 		 461 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.24 
 
 		 668 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.24 
 
 		 668 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 417 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 317 aa  140  3.9999999999999997e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.03 
 
 		 558 aa  140  3.9999999999999997e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  35.87 
 
 		 1073 aa  140  4.999999999999999e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 578 aa  139  6e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  42.59 
 
 		 485 aa  139  7e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 396 aa  139  7e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 356 aa  139  7e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  32.03 
 
 		 494 aa  139  8.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.56 
 
 		 792 aa  139  1e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  42.01 
 
 		 721 aa  139  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 485 aa  139  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1769  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 464 aa  139  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.128605  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  36.61 
 
 		 457 aa  139  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 485 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 457 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3654  diguanylate cyclase  45.22 
 
 		 473 aa  138  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.271139  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.91 
 
 		 772 aa  137  3.0000000000000003e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  38.76 
 
 		 320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>