More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_3308 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_3308  diguanylate cyclase  100 
 
 
603 aa  1238    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000660005  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  45.74 
 
 
634 aa  547  1e-154  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0400  methyl-accepting chemotaxis protein  55.19 
 
 
549 aa  330  6e-89  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.431065  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  39.09 
 
 
640 aa  278  1e-73  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  41.25 
 
 
513 aa  258  2e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2167  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.67 
 
 
585 aa  251  2e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.38945  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2989  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.64 
 
 
1093 aa  250  4e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.653084  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1030  methyl-accepting chemotaxis protein  44.85 
 
 
549 aa  246  6e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1078  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.07 
 
 
587 aa  240  4e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00101669 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3152  diguanylate cyclase  33.41 
 
 
653 aa  239  1e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000175722  hitchhiker  0.00223393 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4018  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40 
 
 
713 aa  221  3e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000208845  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1044  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.69 
 
 
584 aa  219  8.999999999999998e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3217  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  42.19 
 
 
584 aa  219  1e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.480757 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1484  diguanylate cyclase  34.6 
 
 
615 aa  219  1e-55  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2847  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  36.19 
 
 
1089 aa  214  2.9999999999999995e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000851175  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1366  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  33.89 
 
 
1088 aa  209  2e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000517956 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2601  chemotaxis sensory transducer  40.07 
 
 
569 aa  205  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.441915  normal  0.36116 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2828  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.09 
 
 
544 aa  200  6e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2757  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.38 
 
 
544 aa  200  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3709  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  38.85 
 
 
546 aa  199  2.0000000000000003e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2825  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.97 
 
 
570 aa  197  3e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000443347 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0461  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.94 
 
 
569 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1776  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  40.46 
 
 
543 aa  197  6e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.363817 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2920  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.55 
 
 
544 aa  195  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2861  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.18 
 
 
544 aa  194  3e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.445183 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1365  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.4 
 
 
566 aa  192  1e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2874  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.15 
 
 
563 aa  191  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.872696  normal  0.485865 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2174  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.49 
 
 
544 aa  191  4e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00506259 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1321  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.18 
 
 
566 aa  188  2e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00082247  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3858  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  38.34 
 
 
526 aa  188  3e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3775  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.74 
 
 
526 aa  187  4e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.268134  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3600  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.08 
 
 
546 aa  187  5e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2659  methyl-accepting chemotaxis protein  39.48 
 
 
556 aa  186  1.0000000000000001e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2643  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50.63 
 
 
541 aa  183  8.000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0238907  normal  0.0164957 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2392  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.4 
 
 
787 aa  182  2e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.467356  normal  0.0918963 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3718  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.13 
 
 
526 aa  182  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.734846  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2492  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.09 
 
 
787 aa  181  4e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000288595  normal  0.31948 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.39 
 
 
971 aa  180  8e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00060546  normal  0.0976665 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3699  methyl-accepting chemotaxis protein  43.64 
 
 
543 aa  180  8e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0353  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  51.01 
 
 
564 aa  174  2.9999999999999996e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.244374  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0673  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  38.66 
 
 
533 aa  174  5e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.349323 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3394  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.13 
 
 
664 aa  171  3e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000171268  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6950  putative methyl-accepting chemotaxis receptor/sensory transducer  41.88 
 
 
661 aa  169  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  31.36 
 
 
555 aa  166  9e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4188  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  37.92 
 
 
566 aa  166  9e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.210427  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4964  methyl-accepting chemotaxis protein  37.8 
 
 
545 aa  164  3e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1840  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.27 
 
 
641 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.870294  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2316  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.89 
 
 
548 aa  164  4.0000000000000004e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0208981 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03718  putative chemotaxis sensory protein  36.13 
 
 
540 aa  163  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3836  Cache, type 2  38.02 
 
 
661 aa  161  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.337162  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1387  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.02 
 
 
615 aa  160  4e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1613  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.57 
 
 
603 aa  161  4e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.183078  normal  0.160096 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0077  histidine kinase  36.94 
 
 
661 aa  160  5e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.131853 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1985  methyl-accepting chemotaxis protein (MCP)  33.6 
 
 
715 aa  159  1e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2728  chemotaxis sensory transducer  36.55 
 
 
544 aa  159  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00837045  normal  0.306222 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  35.66 
 
 
609 aa  158  3e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  35.29 
 
 
709 aa  157  7e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  36.29 
 
 
1099 aa  155  1e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.96 
 
 
415 aa  155  2.9999999999999998e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4941  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.08 
 
 
563 aa  153  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.396774  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  33.69 
 
 
1079 aa  153  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2181  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.44 
 
 
606 aa  152  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.440189  normal  0.953277 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.18 
 
 
916 aa  149  1.0000000000000001e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  28.9 
 
 
608 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2464  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  42.95 
 
 
605 aa  148  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.67 
 
 
668 aa  148  3e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.67 
 
 
668 aa  147  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  35.55 
 
 
732 aa  147  6e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2366  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.89 
 
 
560 aa  147  8.000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.196109  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1130  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  36.52 
 
 
571 aa  146  1e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0777  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.73 
 
 
712 aa  146  1e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3380  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.2 
 
 
567 aa  146  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.689596 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1983  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.61 
 
 
548 aa  145  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000213036  normal  0.437149 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  36.96 
 
 
574 aa  145  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3547  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.5 
 
 
676 aa  144  3e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.126617  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4280  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.08 
 
 
563 aa  144  4e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2212  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.97 
 
 
549 aa  144  4e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  36.96 
 
 
574 aa  144  5e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  28.48 
 
 
663 aa  143  8e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  34.59 
 
 
273 aa  143  9e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  34.16 
 
 
646 aa  143  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.89 
 
 
301 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2119  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.09 
 
 
548 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  29.45 
 
 
494 aa  142  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2327  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.69 
 
 
554 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.644098  normal  0.637343 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2167  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.76 
 
 
678 aa  141  3e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.195593 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  34.4 
 
 
563 aa  141  3e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  37.76 
 
 
681 aa  141  3.9999999999999997e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  32.32 
 
 
615 aa  140  4.999999999999999e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1253  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.03 
 
 
567 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.010155 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  33.46 
 
 
565 aa  140  7e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3240  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.83 
 
 
668 aa  140  7.999999999999999e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000648214  normal  0.034513 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  29.45 
 
 
494 aa  140  8.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3901  cache type 2 domain-containing protein  36.02 
 
 
343 aa  139  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2628  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.5 
 
 
515 aa  139  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0020256  hitchhiker  0.000579335 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.21 
 
 
675 aa  139  2e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0662  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.29 
 
 
626 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.436733  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  40.61 
 
 
455 aa  139  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.81 
 
 
314 aa  137  4e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  45.7 
 
 
487 aa  137  4e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>