More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_2218 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  100 
 
 		 448 aa  885    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  53.7 
 
 		 425 aa  431  1e-119  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7359  putative diguanylate cyclase  55.79 
 
 		 432 aa  419  1e-116  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1328  diguanylate cyclase  57.63 
 
 		 437 aa  397  1e-109  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.561523  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2553  diguanylate cyclase  51.11 
 
 		 484 aa  380  1e-104  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.928097  normal  0.61 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  40.19 
 
 		 440 aa  271  1e-71  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1491  diguanylate cyclase  38.14 
 
 		 562 aa  222  9.999999999999999e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.430715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2262  diguanylate cyclase  43.85 
 
 		 430 aa  168  1e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0392628  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4184  diguanylate cyclase  42.21 
 
 		 699 aa  166  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.693929  normal  0.765931 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28880  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  34.83 
 
 		 409 aa  165  1.0000000000000001e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.46801 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7053  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 399 aa  159  9e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  41.08 
 
 		 405 aa  152  1e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  43.11 
 
 		 280 aa  152  2e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0117  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 443 aa  151  2e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.04 
 
 		 407 aa  150  6e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.06 
 
 		 531 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 322 aa  143  5e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.57 
 
 		 304 aa  143  6e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 317 aa  143  7e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  40.96 
 
 		 320 aa  143  8e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 532 aa  143  8e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  40.93 
 
 		 392 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  44 
 
 		 464 aa  142  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  45.12 
 
 		 321 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  38.6 
 
 		 427 aa  141  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1205  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.6 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.618681  normal  0.182798 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 611 aa  140  3e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  47.22 
 
 		 354 aa  141  3e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1759  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 266 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0198551  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  43.86 
 
 		 485 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.95 
 
 		 496 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  44.26 
 
 		 630 aa  140  4.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  46.71 
 
 		 571 aa  140  7e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  48.81 
 
 		 381 aa  139  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 917 aa  139  1e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  41.04 
 
 		 322 aa  139  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.57 
 
 		 557 aa  138  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  44.63 
 
 		 517 aa  138  2e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  43.71 
 
 		 548 aa  138  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 485 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 307 aa  137  4e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.03 
 
 		 550 aa  137  5e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 389 aa  137  5e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 422 aa  137  5e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  38.53 
 
 		 492 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.59 
 
 		 550 aa  136  6.0000000000000005e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  44.67 
 
 		 555 aa  137  6.0000000000000005e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 362 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.07 
 
 		 563 aa  136  7.000000000000001e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  40.47 
 
 		 400 aa  136  8e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2594  diguanylate cyclase  48.81 
 
 		 582 aa  136  8e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 485 aa  136  8e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.71 
 
 		 797 aa  136  9e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  41.14 
 
 		 721 aa  135  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1150  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 547 aa  135  9.999999999999999e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.93 
 
 		 827 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.86 
 
 		 710 aa  135  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  40.3 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  46.24 
 
 		 525 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 738 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.79 
 
 		 315 aa  134  3e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.18 
 
 		 632 aa  134  3e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  46.06 
 
 		 323 aa  134  3e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 495 aa  134  3e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 715 aa  134  3e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 680 aa  134  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  46.06 
 
 		 735 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 227 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 608 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 736 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 794 aa  133  5e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 407 aa  133  5e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  43.41 
 
 		 1000 aa  133  5e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.36 
 
 		 710 aa  133  5e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 485 aa  133  6e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  40.69 
 
 		 753 aa  133  6e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  47.4 
 
 		 498 aa  133  6e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0892  diguanylate cyclase  44.39 
 
 		 553 aa  133  6e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 373 aa  133  6.999999999999999e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 638 aa  133  6.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 345 aa  133  6.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 319 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 482 aa  133  7.999999999999999e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 559 aa  133  7.999999999999999e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.38 
 
 		 505 aa  132  9e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  36.62 
 
 		 278 aa  132  9e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 732 aa  132  1.0000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 466 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  43.64 
 
 		 466 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 316 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  43.64 
 
 		 466 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.54 
 
 		 843 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  43.64 
 
 		 466 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 631 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 466 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 486 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3547  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 587 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 485 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  41.89 
 
 		 532 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 460 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>