More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_2966 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  100 
 
 		 386 aa  750    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 417 aa  260  2e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1546  diguanylate cyclase  46.56 
 
 		 416 aa  258  1e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0539589  hitchhiker  0.00796281 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  44.99 
 
 		 417 aa  258  1e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0968  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 363 aa  159  8e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.326915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  52.05 
 
 		 357 aa  154  4e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1163  diguanylate cyclase  35.77 
 
 		 363 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.562644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  48.17 
 
 		 372 aa  147  3e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1036  diguanylate cyclase  36.06 
 
 		 363 aa  145  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.19224 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  49.48 
 
 		 587 aa  145  1e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 357 aa  144  3e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  47.02 
 
 		 466 aa  143  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  47.95 
 
 		 461 aa  143  6e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  48.82 
 
 		 457 aa  143  6e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  46.11 
 
 		 457 aa  142  9e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.1 
 
 		 457 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  47.31 
 
 		 457 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  47.31 
 
 		 457 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  47.43 
 
 		 455 aa  140  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  47.31 
 
 		 457 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 436 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  47.1 
 
 		 237 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  47.85 
 
 		 457 aa  139  7e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  45.71 
 
 		 457 aa  138  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  47.37 
 
 		 459 aa  138  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  48.5 
 
 		 457 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  45.08 
 
 		 493 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  46.63 
 
 		 457 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.71 
 
 		 345 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0131  diguanylate cyclase  33.76 
 
 		 392 aa  136  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  48.75 
 
 		 493 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 495 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  48.75 
 
 		 493 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  49.43 
 
 		 351 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  45.18 
 
 		 457 aa  135  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  48.85 
 
 		 354 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  46.91 
 
 		 492 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4379  diguanylate cyclase  35.92 
 
 		 419 aa  134  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 578 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  25.06 
 
 		 407 aa  133  5e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  40 
 
 		 536 aa  133  6e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  43.85 
 
 		 466 aa  133  6e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  34.03 
 
 		 392 aa  133  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 467 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 532 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  39.79 
 
 		 539 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.9 
 
 		 457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 395 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  43.85 
 
 		 460 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  47.88 
 
 		 571 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  32.98 
 
 		 395 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 485 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 557 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 312 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.11 
 
 		 454 aa  131  2.0000000000000002e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 387 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 362 aa  131  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  40.41 
 
 		 413 aa  130  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 403 aa  130  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.1 
 
 		 531 aa  130  3e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3131  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.85 
 
 		 464 aa  130  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  42.02 
 
 		 485 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  30.83 
 
 		 415 aa  130  4.0000000000000003e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  45.83 
 
 		 508 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0676  diguanylate cyclase  47.06 
 
 		 550 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0260909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  40.28 
 
 		 237 aa  130  4.0000000000000003e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  34.51 
 
 		 385 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 427 aa  130  5.0000000000000004e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.01 
 
 		 457 aa  130  5.0000000000000004e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 680 aa  130  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  43.18 
 
 		 430 aa  130  6e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  42.44 
 
 		 392 aa  129  6e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 634 aa  130  6e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 368 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  40 
 
 		 405 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4680  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 405 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 278 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 389 aa  129  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  49.71 
 
 		 448 aa  129  9.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4831  diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 392 aa  129  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 397 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  39.75 
 
 		 458 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 487 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  42.55 
 
 		 485 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  47.9 
 
 		 382 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 611 aa  128  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  49.09 
 
 		 366 aa  128  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  43.24 
 
 		 490 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 513 aa  127  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 480 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  46.86 
 
 		 382 aa  128  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0757  diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 489 aa  127  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.371772  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 486 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  39.13 
 
 		 458 aa  127  3e-28  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  49.38 
 
 		 462 aa  127  3e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  46.34 
 
 		 408 aa  127  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  45.14 
 
 		 385 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  51.16 
 
 		 385 aa  127  3e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 485 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 486 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>