More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2422 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  100 
 
 		 532 aa  1086    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  40.27 
 
 		 526 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  40.27 
 
 		 526 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  42.04 
 
 		 544 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 527 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  42.22 
 
 		 523 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  41.65 
 
 		 523 aa  398  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 524 aa  392  1e-108  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  42.68 
 
 		 529 aa  379  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  36.89 
 
 		 532 aa  371  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03006  hypothetical protein  36.72 
 
 		 520 aa  369  1e-101  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  37.18 
 
 		 545 aa  366  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  43.18 
 
 		 448 aa  362  1e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  37.19 
 
 		 489 aa  359  9e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 532 aa  358  9.999999999999999e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  36.55 
 
 		 517 aa  350  5e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  36.44 
 
 		 533 aa  340  4e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  35.1 
 
 		 536 aa  335  7.999999999999999e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0726  diguanylate cyclase  32.82 
 
 		 547 aa  306  5.0000000000000004e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  29.6 
 
 		 559 aa  168  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  49.25 
 
 		 464 aa  152  1e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  47.85 
 
 		 425 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  33.24 
 
 		 583 aa  144  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1055  diguanylate cyclase  25.7 
 
 		 598 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  47.09 
 
 		 454 aa  142  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 492 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 494 aa  141  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  47.88 
 
 		 360 aa  141  3.9999999999999997e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 556 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  34.85 
 
 		 480 aa  140  6e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 510 aa  140  7.999999999999999e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  47.4 
 
 		 339 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  42.19 
 
 		 566 aa  139  8.999999999999999e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  28.74 
 
 		 574 aa  139  1e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  26.42 
 
 		 548 aa  139  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  44.25 
 
 		 461 aa  139  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  45.12 
 
 		 339 aa  139  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 494 aa  138  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3356  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  27.27 
 
 		 533 aa  137  4e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.204674  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  45.35 
 
 		 432 aa  137  5e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  45.6 
 
 		 539 aa  137  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3910  diguanylate cyclase  45.65 
 
 		 537 aa  136  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283041  normal  0.244259 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0533  diguanylate cyclase  33.25 
 
 		 480 aa  136  8e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  45.4 
 
 		 418 aa  136  9e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5509  GGDEF domain protein  43.27 
 
 		 351 aa  136  9e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 365 aa  136  9e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 298 aa  136  9.999999999999999e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5094  hypothetical protein  43.27 
 
 		 351 aa  136  9.999999999999999e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5111  hypothetical protein  43.27 
 
 		 351 aa  136  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  44.51 
 
 		 609 aa  135  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.9 
 
 		 359 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 459 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  31.49 
 
 		 505 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  44.51 
 
 		 709 aa  135  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 432 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 411 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  46.58 
 
 		 455 aa  135  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5267  GGDEF domain-containing protein  43.02 
 
 		 351 aa  134  3e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.98 
 
 		 457 aa  134  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5664  GGDEF domain-containing protein  43.02 
 
 		 351 aa  134  3e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.93 
 
 		 457 aa  135  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  36.29 
 
 		 296 aa  135  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.48 
 
 		 730 aa  134  3e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1986  diguanylate cyclase  44.69 
 
 		 307 aa  135  3e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  31.66 
 
 		 492 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  31.66 
 
 		 492 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  31.74 
 
 		 591 aa  134  5e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.16 
 
 		 367 aa  134  5e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 519 aa  134  5e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2725  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 368 aa  134  5e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  43.78 
 
 		 736 aa  134  5e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  42.55 
 
 		 316 aa  134  6e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  31.16 
 
 		 492 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 363 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 640 aa  133  1.0000000000000001e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 476 aa  133  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.79 
 
 		 531 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 661 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 564 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 359 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.09 
 
 		 438 aa  132  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 373 aa  133  1.0000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5543  GGDEF domain-containing protein  42.11 
 
 		 352 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  30.98 
 
 		 510 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  46.58 
 
 		 457 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  47.2 
 
 		 457 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  46.39 
 
 		 563 aa  132  2.0000000000000002e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  41.71 
 
 		 353 aa  132  2.0000000000000002e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 343 aa  132  2.0000000000000002e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  45.4 
 
 		 1637 aa  132  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1091  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 653 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00555182 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 571 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.19 
 
 		 457 aa  131  3e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  31.12 
 
 		 532 aa  131  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5414  ggdef family protein  42.44 
 
 		 352 aa  131  3e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  30.75 
 
 		 510 aa  131  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  40.34 
 
 		 603 aa  131  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39 
 
 		 550 aa  131  3e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  30.75 
 
 		 510 aa  131  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>