More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0486 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  100 
 
 
738 aa  1486    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  47.59 
 
 
735 aa  652    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  43.17 
 
 
753 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  43.25 
 
 
736 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  55.5 
 
 
227 aa  250  6e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  53.71 
 
 
456 aa  202  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3523  diguanylate cyclase  53.59 
 
 
452 aa  200  7e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  46.39 
 
 
659 aa  170  8e-41  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  46.38 
 
 
373 aa  166  1.0000000000000001e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.19 
 
 
772 aa  166  2.0000000000000002e-39  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.73 
 
 
669 aa  166  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  46.86 
 
 
432 aa  165  3e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  43.27 
 
 
487 aa  165  3e-39  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  47.43 
 
 
432 aa  164  5.0000000000000005e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  44.44 
 
 
340 aa  164  7e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  48.81 
 
 
689 aa  162  2e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.02 
 
 
424 aa  160  1e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.76 
 
 
438 aa  159  2e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  47.8 
 
 
332 aa  159  2e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.77 
 
 
476 aa  158  3e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.26 
 
 
610 aa  158  3e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  46.7 
 
 
237 aa  157  6e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.35 
 
 
1078 aa  157  9e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.68 
 
 
901 aa  156  1e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  42.11 
 
 
369 aa  156  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  44.12 
 
 
474 aa  155  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  44.51 
 
 
768 aa  153  1e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.48 
 
 
419 aa  153  1e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  45 
 
 
418 aa  152  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  43.48 
 
 
336 aa  152  2e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  43.93 
 
 
459 aa  151  4e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  46.47 
 
 
492 aa  151  5e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  44.65 
 
 
634 aa  150  7e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.39 
 
 
505 aa  150  7e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  44 
 
 
366 aa  149  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  42.56 
 
 
378 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3540  diguanylate cyclase  46.78 
 
 
365 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.123648 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.59 
 
 
791 aa  148  4.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  48.54 
 
 
764 aa  148  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  48.54 
 
 
764 aa  147  5e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  36.33 
 
 
485 aa  147  5e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  48.54 
 
 
764 aa  147  5e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  40.93 
 
 
387 aa  147  8.000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  43.35 
 
 
398 aa  147  8.000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  42.17 
 
 
775 aa  147  9e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  37.16 
 
 
370 aa  146  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  45.12 
 
 
437 aa  145  2e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.29 
 
 
646 aa  145  3e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2449  GGDEF domain-containing protein  32.43 
 
 
498 aa  145  3e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  46.67 
 
 
532 aa  145  3e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  46.1 
 
 
380 aa  145  3e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  44.07 
 
 
354 aa  144  5e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.44 
 
 
686 aa  144  5e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  40.2 
 
 
362 aa  144  6e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  43.12 
 
 
539 aa  144  7e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0431  hypothetical protein  48.47 
 
 
345 aa  144  8e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139342  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  34.84 
 
 
485 aa  143  9e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  43.01 
 
 
425 aa  144  9e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  42.6 
 
 
548 aa  143  9e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4175  putative sensory box/GGDEF family protein  44.31 
 
 
430 aa  143  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00125122  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4111  sensory box/GGDEF family protein, putative  44.31 
 
 
430 aa  143  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3954  sensory box/GGDEF family protein  44.31 
 
 
431 aa  143  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3800  sensory box/GGDEF family protein  44.31 
 
 
431 aa  143  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0221299  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4263  sensory box/GGDEF family protein  44.31 
 
 
430 aa  143  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4064  putative sensory box/GGDEF family protein  44.31 
 
 
431 aa  143  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  38.89 
 
 
489 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4153  putative sensory box/GGDEF family protein  42.51 
 
 
430 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.36181  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3785  sensory box/GGDEF family protein  44.31 
 
 
431 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1837  diguanylate cyclase  45.4 
 
 
544 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.980403  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4714  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  44.94 
 
 
684 aa  142  1.9999999999999998e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  45.18 
 
 
454 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2743  diguanylate cyclase  43.79 
 
 
431 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.241398  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1085  putative sensory box/GGDEF family protein  42.51 
 
 
430 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  43.64 
 
 
368 aa  142  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  46.11 
 
 
321 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  44.05 
 
 
485 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  33.65 
 
 
477 aa  142  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  43.86 
 
 
531 aa  142  3e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  42.01 
 
 
559 aa  142  3e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  41.88 
 
 
555 aa  142  3e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  44.05 
 
 
485 aa  141  3e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  40.96 
 
 
778 aa  141  3.9999999999999997e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  43.2 
 
 
407 aa  141  3.9999999999999997e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.85 
 
 
309 aa  141  3.9999999999999997e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.26 
 
 
496 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.82 
 
 
407 aa  141  3.9999999999999997e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  44.25 
 
 
583 aa  140  6e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.44 
 
 
302 aa  140  7e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  33.47 
 
 
482 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  44.2 
 
 
510 aa  140  7.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
490 aa  140  7.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  41.3 
 
 
949 aa  140  8.999999999999999e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3873  diguanylate cyclase  43.71 
 
 
430 aa  140  1e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  44.25 
 
 
563 aa  140  1e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  33.47 
 
 
483 aa  140  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  42.26 
 
 
464 aa  140  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  33.05 
 
 
482 aa  139  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  44.24 
 
 
403 aa  139  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  43.21 
 
 
611 aa  139  2e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.12 
 
 
454 aa  139  2e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>