More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1063 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  100 
 
 		 366 aa  726    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  41.56 
 
 		 398 aa  276  3e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  50.86 
 
 		 753 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 555 aa  167  2e-40  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  51.69 
 
 		 689 aa  165  1.0000000000000001e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  49.15 
 
 		 736 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  44.06 
 
 		 735 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.19 
 
 		 1078 aa  158  2e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  52.35 
 
 		 419 aa  157  4e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 539 aa  156  6e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 659 aa  156  6e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  44.13 
 
 		 432 aa  155  8e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3523  diguanylate cyclase  50.31 
 
 		 452 aa  155  8e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  44.13 
 
 		 432 aa  155  1e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  46.34 
 
 		 227 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.18 
 
 		 772 aa  154  2.9999999999999998e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.82 
 
 		 424 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.9 
 
 		 476 aa  154  2.9999999999999998e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  31.67 
 
 		 487 aa  153  4e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 768 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.13 
 
 		 791 aa  152  8e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  45.93 
 
 		 369 aa  152  1e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.78 
 
 		 646 aa  152  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  45.57 
 
 		 492 aa  151  2e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  47.83 
 
 		 456 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.83 
 
 		 505 aa  150  3e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  44 
 
 		 738 aa  149  5e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  49.43 
 
 		 502 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  42.94 
 
 		 634 aa  147  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 		 610 aa  147  4.0000000000000006e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 420 aa  146  6e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  39.11 
 
 		 340 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  42.37 
 
 		 949 aa  145  1e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  46.06 
 
 		 334 aa  144  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 342 aa  144  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.43 
 
 		 314 aa  144  3e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.81 
 
 		 686 aa  144  3e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.59 
 
 		 901 aa  143  4e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.83 
 
 		 794 aa  143  5e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 532 aa  143  5e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.8 
 
 		 454 aa  143  5e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 237 aa  142  6e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  30 
 
 		 548 aa  142  7e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 714 aa  142  7e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0985  diguanylate cyclase  43.96 
 
 		 508 aa  142  7e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.66 
 
 		 796 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  47.09 
 
 		 501 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 304 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.79 
 
 		 416 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  49.7 
 
 		 792 aa  140  3e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 335 aa  140  3e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  48.59 
 
 		 510 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.38 
 
 		 416 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.09 
 
 		 796 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  37.19 
 
 		 319 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 307 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 336 aa  139  6e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1466  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 307 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.412143  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.38 
 
 		 550 aa  139  7e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4111  sensory box/GGDEF family protein, putative  39.77 
 
 		 430 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3800  sensory box/GGDEF family protein  39.77 
 
 		 431 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0221299  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4263  sensory box/GGDEF family protein  39.77 
 
 		 430 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 611 aa  139  7.999999999999999e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4175  putative sensory box/GGDEF family protein  39.77 
 
 		 430 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00125122  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3954  sensory box/GGDEF family protein  39.77 
 
 		 431 aa  139  8.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  48.54 
 
 		 503 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4064  putative sensory box/GGDEF family protein  39.77 
 
 		 431 aa  139  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 474 aa  138  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3785  sensory box/GGDEF family protein  39.77 
 
 		 431 aa  139  1e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  38.34 
 
 		 381 aa  138  1e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2091  diguanylate cyclase  31.41 
 
 		 325 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 357 aa  137  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  44.24 
 
 		 302 aa  138  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  43.02 
 
 		 796 aa  138  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4568  hypothetical protein  31.77 
 
 		 325 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  45.2 
 
 		 492 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 775 aa  137  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  46.95 
 
 		 350 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  37.07 
 
 		 379 aa  138  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2044  diguanylate cyclase  31.41 
 
 		 325 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.82426  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2282  diguanylate cyclase  31.77 
 
 		 325 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.45 
 
 		 312 aa  138  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 488 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.25 
 
 		 769 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.57 
 
 		 512 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  39.11 
 
 		 459 aa  137  4e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3489  GGDEF domain-containing protein  41.62 
 
 		 312 aa  137  4e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 559 aa  136  4e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 620 aa  136  4e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 352 aa  137  4e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 778 aa  137  4e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 368 aa  136  5e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  46.95 
 
 		 345 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 370 aa  136  5e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.51 
 
 		 800 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 355 aa  135  8e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 439 aa  135  8e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 355 aa  135  9e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  46.06 
 
 		 357 aa  135  9e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  46.89 
 
 		 494 aa  135  9e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>