More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1702 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  100 
 
 		 370 aa  761    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 357 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02658  GGDEF domain protein  38.42 
 
 		 366 aa  259  6e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4684  GGDEF domain-containing protein  44.23 
 
 		 266 aa  251  1e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1863  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 368 aa  248  9e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.150647 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  36.91 
 
 		 381 aa  231  2e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3762  diguanylate cyclase  33.97 
 
 		 368 aa  220  3e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.742847  normal  0.824996 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 372 aa  206  6e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  34.35 
 
 		 403 aa  192  5e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3587  diguanylate cyclase  39.92 
 
 		 364 aa  189  5e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.684884  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2407  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 364 aa  165  1.0000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  32.67 
 
 		 368 aa  164  3e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  33.74 
 
 		 353 aa  156  5.0000000000000005e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 237 aa  149  5e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  33 
 
 		 362 aa  149  7e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 362 aa  149  7e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  38.94 
 
 		 753 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  39.5 
 
 		 459 aa  147  2.0000000000000003e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.97 
 
 		 505 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  43.89 
 
 		 565 aa  147  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 738 aa  146  5e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 736 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 307 aa  145  8.000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  34.3 
 
 		 405 aa  145  8.000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  31.66 
 
 		 381 aa  145  1e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 464 aa  145  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  46.58 
 
 		 536 aa  145  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0758  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 404 aa  145  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.017578  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  32.16 
 
 		 360 aa  143  4e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.66 
 
 		 772 aa  142  8e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  36.1 
 
 		 357 aa  142  9e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 578 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 659 aa  142  9.999999999999999e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 459 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 332 aa  140  3e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  40.38 
 
 		 227 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  36.41 
 
 		 477 aa  140  3.9999999999999997e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  37.07 
 
 		 345 aa  139  4.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  38.99 
 
 		 346 aa  139  6e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 382 aa  139  6e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  37.24 
 
 		 373 aa  139  7e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  35.03 
 
 		 949 aa  139  7e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 436 aa  139  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 735 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  39.04 
 
 		 422 aa  138  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3185  diguanylate cyclase  31.73 
 
 		 347 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.106755  normal  0.0939676 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 492 aa  138  2e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 301 aa  138  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  41.42 
 
 		 474 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.58 
 
 		 730 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 775 aa  137  4e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 487 aa  137  4e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 414 aa  137  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2111  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 392 aa  137  4e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 570 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 366 aa  135  8e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 369 aa  135  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  40.72 
 
 		 634 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 642 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  40.34 
 
 		 585 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 403 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  45 
 
 		 354 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 611 aa  134  3e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  39.74 
 
 		 235 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.594222 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 548 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 374 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 291 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 631 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  43.67 
 
 		 574 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 381 aa  133  5e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 650 aa  133  6e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 381 aa  133  6e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 		 610 aa  133  6e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  30.39 
 
 		 359 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2370  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 554 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 477 aa  132  6.999999999999999e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 381 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 308 aa  132  7.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  42.95 
 
 		 418 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 308 aa  132  7.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 308 aa  132  7.999999999999999e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.45 
 
 		 496 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  39.74 
 
 		 275 aa  132  9e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 483 aa  132  9e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 764 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.4 
 
 		 416 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2880  GGDEF  42.58 
 
 		 410 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.16195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 583 aa  132  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 309 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.29 
 
 		 314 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  40.93 
 
 		 398 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 565 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.72 
 
 		 550 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 764 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  36.65 
 
 		 523 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 495 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 464 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>