More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_2227 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  95.92 
 
 		 319 aa  634    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  100 
 
 		 342 aa  706    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  95.61 
 
 		 342 aa  674    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  89.25 
 
 		 368 aa  628  1e-179  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  85.38 
 
 		 342 aa  610  1e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  85.09 
 
 		 342 aa  608  1e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  85.09 
 
 		 342 aa  608  1e-173  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  85.09 
 
 		 342 aa  608  1e-173  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  94.16 
 
 		 308 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  59.7 
 
 		 340 aa  421  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  60.3 
 
 		 343 aa  419  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  59.1 
 
 		 339 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  56.93 
 
 		 347 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  58.98 
 
 		 347 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  56.29 
 
 		 350 aa  386  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  49.55 
 
 		 355 aa  326  3e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 351 aa  200  3e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 354 aa  199  5e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  33.75 
 
 		 355 aa  195  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  33.75 
 
 		 355 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 354 aa  193  4e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  34.37 
 
 		 355 aa  193  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  33.75 
 
 		 352 aa  189  4e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  32.82 
 
 		 355 aa  187  3e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  32.2 
 
 		 350 aa  185  1.0000000000000001e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 353 aa  176  5e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  32.54 
 
 		 355 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  31.76 
 
 		 337 aa  171  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  31.95 
 
 		 351 aa  170  3e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  31.18 
 
 		 337 aa  169  5e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  31.5 
 
 		 353 aa  169  6e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  33.85 
 
 		 328 aa  166  5e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  31.31 
 
 		 353 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  30.96 
 
 		 349 aa  162  6e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  31.97 
 
 		 369 aa  161  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  31.66 
 
 		 369 aa  160  4e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  32.39 
 
 		 352 aa  159  4e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  31.45 
 
 		 341 aa  159  7e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  31.66 
 
 		 372 aa  158  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  30 
 
 		 339 aa  157  2e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  30.75 
 
 		 341 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  31.98 
 
 		 341 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  31.98 
 
 		 341 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  30.15 
 
 		 341 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  31.98 
 
 		 341 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  30.15 
 
 		 341 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  31.4 
 
 		 347 aa  152  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  31.69 
 
 		 341 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  30.15 
 
 		 341 aa  151  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  30.45 
 
 		 341 aa  152  1e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  30.45 
 
 		 341 aa  149  5e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  31.16 
 
 		 504 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  50.3 
 
 		 457 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  28.62 
 
 		 360 aa  147  3e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  29.9 
 
 		 352 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  30.75 
 
 		 341 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 341 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  32.05 
 
 		 333 aa  144  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  28.7 
 
 		 352 aa  144  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  30.99 
 
 		 343 aa  144  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 451 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  32.61 
 
 		 359 aa  143  3e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  49.43 
 
 		 507 aa  144  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.2 
 
 		 353 aa  142  6e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  28.4 
 
 		 352 aa  142  8e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  30.87 
 
 		 352 aa  142  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  29.48 
 
 		 340 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  43.2 
 
 		 344 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  33.58 
 
 		 348 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  41.15 
 
 		 366 aa  140  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  44.94 
 
 		 454 aa  139  4.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 768 aa  139  7e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  46.45 
 
 		 502 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 696 aa  138  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  45.9 
 
 		 510 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  31.47 
 
 		 599 aa  138  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  44.24 
 
 		 342 aa  137  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  41.33 
 
 		 591 aa  137  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  45.9 
 
 		 510 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1977  membrane associated GGDEF protein  45.51 
 
 		 583 aa  137  2e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  46.01 
 
 		 457 aa  137  2e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  45.9 
 
 		 510 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  43.16 
 
 		 460 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  29.72 
 
 		 355 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  29.85 
 
 		 339 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  28.44 
 
 		 355 aa  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  42.63 
 
 		 466 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 332 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  45.05 
 
 		 492 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  45.05 
 
 		 492 aa  135  8e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  46.01 
 
 		 457 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  41.06 
 
 		 346 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  37.93 
 
 		 466 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 490 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  44.02 
 
 		 510 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 357 aa  134  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  40.98 
 
 		 455 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  46.95 
 
 		 494 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  45.12 
 
 		 689 aa  134  3e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>