More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2490 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  100 
 
 		 341 aa  705    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  84.16 
 
 		 341 aa  607  1e-173  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  76.25 
 
 		 341 aa  560  1e-158  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  75.66 
 
 		 341 aa  552  1e-156  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  75.66 
 
 		 341 aa  551  1e-156  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  75.37 
 
 		 341 aa  551  1e-156  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  75.37 
 
 		 341 aa  546  1e-154  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  75.07 
 
 		 341 aa  545  1e-154  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  75.37 
 
 		 341 aa  546  1e-154  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  75.07 
 
 		 341 aa  545  1e-154  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  74.19 
 
 		 341 aa  535  1e-151  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  71.39 
 
 		 339 aa  523  1e-147  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  72.94 
 
 		 347 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  65.78 
 
 		 341 aa  485  1e-136  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  64.81 
 
 		 341 aa  479  1e-134  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  67.16 
 
 		 341 aa  480  1e-134  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  48.97 
 
 		 337 aa  359  3e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  47.79 
 
 		 337 aa  358  9e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  48.38 
 
 		 339 aa  353  2e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  45.54 
 
 		 340 aa  325  1e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  33.63 
 
 		 355 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  32.83 
 
 		 351 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  31.99 
 
 		 351 aa  168  1e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  32.46 
 
 		 343 aa  161  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  33.73 
 
 		 355 aa  161  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  32.2 
 
 		 328 aa  161  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  30.97 
 
 		 352 aa  159  6e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  33.04 
 
 		 350 aa  157  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 		 355 aa  155  8e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  30.61 
 
 		 353 aa  155  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  32.36 
 
 		 368 aa  155  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 342 aa  155  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  30.7 
 
 		 347 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  29.79 
 
 		 360 aa  154  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 355 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  29.94 
 
 		 372 aa  153  4e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  30.91 
 
 		 353 aa  152  8e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  31.68 
 
 		 355 aa  152  8e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  32.37 
 
 		 355 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  32.75 
 
 		 342 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  32.75 
 
 		 342 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  32 
 
 		 342 aa  150  4e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  32.75 
 
 		 342 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 347 aa  149  6e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  32.75 
 
 		 342 aa  149  8e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  31.97 
 
 		 352 aa  149  9e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  28.7 
 
 		 352 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  31.47 
 
 		 339 aa  147  3e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  30.09 
 
 		 340 aa  147  3e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  28.99 
 
 		 352 aa  147  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  27.86 
 
 		 350 aa  146  4.0000000000000006e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  28.99 
 
 		 352 aa  146  5e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  31.89 
 
 		 354 aa  146  6e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  30.61 
 
 		 354 aa  145  9e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  30.36 
 
 		 352 aa  145  9e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  31.03 
 
 		 333 aa  143  3e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  28.87 
 
 		 369 aa  143  5e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  30.86 
 
 		 319 aa  142  7e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  29.17 
 
 		 369 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  30.5 
 
 		 348 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2202  diguanylate cyclase  28.95 
 
 		 342 aa  133  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.758849  normal  0.575152 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  30.09 
 
 		 359 aa  132  9e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.68 
 
 		 570 aa  129  7.000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  27.38 
 
 		 343 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 322 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  43.67 
 
 		 425 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  29.07 
 
 		 308 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  39.55 
 
 		 458 aa  125  1e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 339 aa  125  1e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  31.72 
 
 		 464 aa  125  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  38.62 
 
 		 722 aa  124  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  41.9 
 
 		 458 aa  124  2e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  46.01 
 
 		 367 aa  124  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  43.12 
 
 		 320 aa  124  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  28.08 
 
 		 504 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  25.94 
 
 		 353 aa  123  4e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.4 
 
 		 353 aa  123  4e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 427 aa  123  4e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  40.38 
 
 		 628 aa  123  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3248  diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 420 aa  122  6e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 623 aa  122  8e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 316 aa  122  8e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.8 
 
 		 664 aa  122  9.999999999999999e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 366 aa  122  9.999999999999999e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2010  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.8 
 
 		 574 aa  122  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5658  putative diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 395 aa  121  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0922182 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 523 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 490 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 490 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  29.61 
 
 		 355 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 360 aa  120  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  39.52 
 
 		 506 aa  120  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0748  diguanylate cyclase  38.53 
 
 		 375 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  43.04 
 
 		 418 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  36.23 
 
 		 758 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  29.91 
 
 		 355 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 556 aa  119  4.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.11 
 
 		 324 aa  119  6e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  41.24 
 
 		 443 aa  119  7e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1837  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 544 aa  119  7e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.980403  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>