More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3983 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  88.95 
 
 		 372 aa  665    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  100 
 
 		 369 aa  748    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  98.64 
 
 		 369 aa  739    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  63.43 
 
 		 352 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  61.54 
 
 		 353 aa  427  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  58.74 
 
 		 353 aa  404  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  43.14 
 
 		 352 aa  288  1e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 355 aa  286  4e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 355 aa  286  5.999999999999999e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  42.44 
 
 		 355 aa  276  3e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 354 aa  273  3e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 354 aa  273  5.000000000000001e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  39.83 
 
 		 355 aa  262  8.999999999999999e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 350 aa  229  6e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 351 aa  221  9.999999999999999e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 352 aa  189  8e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 352 aa  187  3e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  34.04 
 
 		 352 aa  185  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  32.75 
 
 		 504 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 351 aa  178  1e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 347 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  33.44 
 
 		 328 aa  172  7.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  35.78 
 
 		 360 aa  170  4e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  32.92 
 
 		 340 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  31.37 
 
 		 359 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 342 aa  164  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 342 aa  164  3e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  29.82 
 
 		 333 aa  163  4.0000000000000004e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 342 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  29.82 
 
 		 341 aa  162  6e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 342 aa  162  9e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  32.29 
 
 		 319 aa  162  1e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  31.97 
 
 		 342 aa  161  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  31.86 
 
 		 350 aa  161  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  31.75 
 
 		 341 aa  160  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  32.1 
 
 		 352 aa  160  3e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  31.06 
 
 		 343 aa  160  4e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  32.05 
 
 		 341 aa  160  5e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  32.05 
 
 		 341 aa  159  6e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  30.42 
 
 		 341 aa  159  7e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  32.44 
 
 		 341 aa  159  9e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  31.78 
 
 		 368 aa  158  1e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  32.44 
 
 		 341 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  31.66 
 
 		 342 aa  158  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  31.12 
 
 		 339 aa  157  3e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  32.14 
 
 		 341 aa  157  3e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  32.19 
 
 		 348 aa  155  8e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  32.71 
 
 		 339 aa  155  9e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  31.85 
 
 		 341 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  31.65 
 
 		 347 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  30.56 
 
 		 341 aa  151  2e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  30.32 
 
 		 355 aa  150  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  30 
 
 		 339 aa  146  6e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  30.65 
 
 		 343 aa  145  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  29.43 
 
 		 341 aa  144  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  28.87 
 
 		 341 aa  143  5e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  28.36 
 
 		 340 aa  142  8e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  34.35 
 
 		 353 aa  142  9.999999999999999e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  29.17 
 
 		 341 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  29.76 
 
 		 341 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  30.03 
 
 		 347 aa  134  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  30.45 
 
 		 308 aa  134  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  28.66 
 
 		 337 aa  134  3e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  42.47 
 
 		 316 aa  133  5e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  27.76 
 
 		 337 aa  133  5e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  30.29 
 
 		 355 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3248  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 420 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 565 aa  130  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.11 
 
 		 728 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  44.25 
 
 		 516 aa  129  6e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  31.91 
 
 		 378 aa  129  7.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 532 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.4 
 
 		 730 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  47.06 
 
 		 510 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  43.6 
 
 		 320 aa  128  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  28.66 
 
 		 334 aa  127  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  47.06 
 
 		 510 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  47.06 
 
 		 510 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 533 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  42.6 
 
 		 506 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 553 aa  126  5e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  44.86 
 
 		 516 aa  126  5e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  47.19 
 
 		 764 aa  126  5e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  47.19 
 
 		 764 aa  126  6e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  47.19 
 
 		 764 aa  126  7e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 373 aa  125  9e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  25.07 
 
 		 349 aa  125  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.02 
 
 		 890 aa  125  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.33 
 
 		 890 aa  125  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 321 aa  125  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  43.96 
 
 		 506 aa  124  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.27 
 
 		 359 aa  125  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  42.49 
 
 		 454 aa  124  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  43.88 
 
 		 758 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 506 aa  124  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 659 aa  125  2e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  29.48 
 
 		 355 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  44.25 
 
 		 487 aa  125  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  35.82 
 
 		 516 aa  125  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 641 aa  125  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>