More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2075 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  100 
 
 		 334 aa  689    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  64.56 
 
 		 355 aa  463  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  64.56 
 
 		 355 aa  457  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0978  GGDEF family protein  30.75 
 
 		 356 aa  166  5e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  32.2 
 
 		 343 aa  151  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  30.22 
 
 		 347 aa  150  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  31.11 
 
 		 355 aa  150  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  32.42 
 
 		 339 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  30.12 
 
 		 333 aa  144  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 340 aa  144  3e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 351 aa  143  4e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  30.84 
 
 		 350 aa  142  8e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  29.97 
 
 		 352 aa  139  6e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  32.2 
 
 		 347 aa  138  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  30.31 
 
 		 342 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  31.15 
 
 		 352 aa  137  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  30.63 
 
 		 319 aa  136  4e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  31.46 
 
 		 351 aa  136  5e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  30.94 
 
 		 342 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  30 
 
 		 368 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 378 aa  135  8e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  30 
 
 		 342 aa  135  9e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  30 
 
 		 342 aa  135  9e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  29.34 
 
 		 354 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  29.69 
 
 		 342 aa  133  3e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  30 
 
 		 342 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  30.72 
 
 		 348 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1221  diguanylate cyclase  26.4 
 
 		 349 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000194048 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  28.97 
 
 		 369 aa  130  3e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1076  diguanylate cyclase  29.12 
 
 		 345 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000149455 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  31.55 
 
 		 343 aa  129  6e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  30.28 
 
 		 353 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  30.75 
 
 		 328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  28.17 
 
 		 355 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  29.72 
 
 		 355 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  30.86 
 
 		 360 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  28.66 
 
 		 369 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  27.68 
 
 		 354 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  43.04 
 
 		 516 aa  127  3e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  28.66 
 
 		 372 aa  125  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  27.81 
 
 		 355 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  28.71 
 
 		 353 aa  123  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  29.27 
 
 		 352 aa  123  5e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  27.67 
 
 		 355 aa  122  8e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  29.01 
 
 		 352 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  29.23 
 
 		 352 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  27.02 
 
 		 352 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  36.77 
 
 		 609 aa  121  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 585 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  29.1 
 
 		 350 aa  119  6e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  28.83 
 
 		 355 aa  119  9e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  29.47 
 
 		 353 aa  119  9e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  41.14 
 
 		 516 aa  119  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 339 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 427 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1551  GGDEF domain-containing protein  38.42 
 
 		 518 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  31.33 
 
 		 349 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 764 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  34.85 
 
 		 451 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  32.09 
 
 		 530 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1394  diguanylate cyclase  30.06 
 
 		 363 aa  116  5e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0382042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 764 aa  116  6e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3494  diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 384 aa  116  6e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.316612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3676  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 371 aa  116  6e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000048428  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  38.64 
 
 		 477 aa  115  6.9999999999999995e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 764 aa  115  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 464 aa  115  6.9999999999999995e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 518 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 518 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 518 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 518 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1225  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  37.91 
 
 		 985 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.90661  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 585 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 461 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 518 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  36.84 
 
 		 965 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 518 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  36.17 
 
 		 518 aa  114  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 518 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1291  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 518 aa  114  3e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 518 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  36.36 
 
 		 518 aa  114  3e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  26.54 
 
 		 341 aa  114  3e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 758 aa  113  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 172 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  38.82 
 
 		 485 aa  113  5e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.51 
 
 		 367 aa  112  7.000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  36.95 
 
 		 518 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 486 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 486 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 569 aa  112  8.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 487 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 486 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  29.57 
 
 		 341 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  31.67 
 
 		 341 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 457 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 732 aa  111  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 486 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.96 
 
 		 441 aa  111  1.0000000000000001e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 487 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>