More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0978 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0978  GGDEF family protein  100 
 
 
356 aa  735    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  32.75 
 
 
355 aa  200  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  31.87 
 
 
355 aa  193  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  30.75 
 
 
334 aa  166  5e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1221  diguanylate cyclase  24.92 
 
 
349 aa  93.2  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000194048 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1076  diguanylate cyclase  25.71 
 
 
345 aa  92  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000149455 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  24.63 
 
 
352 aa  87.8  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  26.04 
 
 
351 aa  87.4  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  23.8 
 
 
352 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  23.03 
 
 
353 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  23.46 
 
 
353 aa  83.2  0.000000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  21.94 
 
 
355 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  21.28 
 
 
368 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  22.39 
 
 
369 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  23.01 
 
 
378 aa  78.6  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  22.26 
 
 
369 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  23.44 
 
 
355 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  22.49 
 
 
342 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  21.68 
 
 
350 aa  78.2  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  22.13 
 
 
355 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  22.74 
 
 
355 aa  77  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  23.8 
 
 
360 aa  77  0.0000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  21.56 
 
 
352 aa  75.5  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  23.72 
 
 
372 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  26.97 
 
 
446 aa  74.7  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  22.42 
 
 
352 aa  75.1  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  27.31 
 
 
1637 aa  73.9  0.000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  21.58 
 
 
342 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  26.24 
 
 
965 aa  73.2  0.000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  22.75 
 
 
342 aa  73.2  0.000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  22.75 
 
 
342 aa  73.2  0.000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  30.57 
 
 
393 aa  73.2  0.000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1155  diguanylate cyclase  30.77 
 
 
605 aa  72.4  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.290971  normal  0.125636 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  21.12 
 
 
319 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  22.46 
 
 
342 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  22.75 
 
 
342 aa  72  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  21.3 
 
 
352 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1169  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.48 
 
 
596 aa  70.9  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0126253 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  22.19 
 
 
350 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  24.05 
 
 
333 aa  70.1  0.00000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  21.01 
 
 
352 aa  70.1  0.00000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  26.47 
 
 
340 aa  69.7  0.00000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  25.42 
 
 
557 aa  69.7  0.00000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  23.71 
 
 
351 aa  69.3  0.00000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0573  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.67 
 
 
907 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000102965 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0794  diguanylate cyclase  27.75 
 
 
394 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  20.85 
 
 
355 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  26.83 
 
 
599 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0076  diguanylate cyclase  29.33 
 
 
444 aa  67.8  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  29.12 
 
 
608 aa  67.4  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  23.1 
 
 
504 aa  67.8  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  23.65 
 
 
353 aa  67.4  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  23.82 
 
 
354 aa  67.4  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4784  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.59 
 
 
785 aa  67.4  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0952  GGDEF/EAL domain-containing protein  29.21 
 
 
821 aa  66.6  0.0000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.461336  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  22.22 
 
 
340 aa  66.2  0.0000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.49 
 
 
457 aa  65.9  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  24.76 
 
 
620 aa  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  26.94 
 
 
556 aa  65.5  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  24.53 
 
 
348 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2119  response regulatory protein  26.4 
 
 
371 aa  65.9  0.000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2488  diguanylate cyclase  28.57 
 
 
429 aa  64.7  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.792877 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.81 
 
 
622 aa  65.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1787  hypothetical protein  28.92 
 
 
381 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  22.73 
 
 
568 aa  64.7  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  24.28 
 
 
172 aa  65.1  0.000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001266  GGDEF family protein  24.63 
 
 
678 aa  65.1  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  21.88 
 
 
347 aa  65.1  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1650  sensory box protein  26.36 
 
 
819 aa  64.3  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00487383  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  26.42 
 
 
1054 aa  64.3  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  27.97 
 
 
565 aa  64.7  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  27.17 
 
 
392 aa  64.3  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.03 
 
 
441 aa  63.9  0.000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.65 
 
 
754 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  26.4 
 
 
398 aa  63.9  0.000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0267  diguanylate cyclase  28.49 
 
 
1320 aa  63.9  0.000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2291  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.53 
 
 
338 aa  63.9  0.000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  27.17 
 
 
763 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4204  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  32.26 
 
 
771 aa  63.5  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2470  diguanylate cyclase with GAF sensor  25 
 
 
756 aa  63.5  0.000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.578353  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  23.39 
 
 
320 aa  63.5  0.000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1394  diguanylate cyclase  24.67 
 
 
363 aa  63.5  0.000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0382042  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  26.04 
 
 
756 aa  62.8  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  25.16 
 
 
530 aa  63.2  0.000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3251  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.19 
 
 
341 aa  62.8  0.000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.61058  normal  0.330404 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  23.56 
 
 
263 aa  62.8  0.000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  22.55 
 
 
339 aa  62.8  0.000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2604  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.19 
 
 
341 aa  62.8  0.000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.224021  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  28.49 
 
 
360 aa  62.4  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  25.1 
 
 
565 aa  62  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20820  putative two-component response regulator  28.92 
 
 
389 aa  62  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0841  GGDEF family protein  25.88 
 
 
372 aa  62  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000214515  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2075  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  25.93 
 
 
1004 aa  62  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  27.65 
 
 
523 aa  61.6  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  28.35 
 
 
629 aa  61.6  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0933  diguanylate cyclase  24.14 
 
 
423 aa  61.6  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2449  GGDEF domain-containing protein  26.52 
 
 
498 aa  61.2  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05141  hypothetical protein  24.62 
 
 
688 aa  61.6  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  27.45 
 
 
641 aa  61.6  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  25.85 
 
 
347 aa  61.6  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>