More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_0998 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  100 
 
 		 352 aa  707    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  63.43 
 
 		 369 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  63.43 
 
 		 369 aa  437  1e-121  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  63.69 
 
 		 372 aa  427  1e-118  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  57.51 
 
 		 353 aa  387  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  55.24 
 
 		 353 aa  381  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  44.81 
 
 		 355 aa  286  5e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  43.32 
 
 		 354 aa  280  4e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  42.64 
 
 		 354 aa  273  3e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  41.49 
 
 		 352 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 355 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  41.62 
 
 		 355 aa  268  1e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  41.32 
 
 		 355 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 350 aa  245  9.999999999999999e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  38.11 
 
 		 351 aa  227  2e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 352 aa  202  8e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 504 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  35.74 
 
 		 351 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  36.5 
 
 		 348 aa  178  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 		 328 aa  175  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  34.8 
 
 		 352 aa  169  5e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  34.8 
 
 		 352 aa  169  6e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 359 aa  167  2e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  32.47 
 
 		 343 aa  166  5.9999999999999996e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  34.3 
 
 		 360 aa  161  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  32.81 
 
 		 339 aa  161  2e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  31.51 
 
 		 350 aa  159  5e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  29.88 
 
 		 340 aa  159  6e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 347 aa  159  7e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  30.56 
 
 		 352 aa  158  1e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  29.64 
 
 		 337 aa  157  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  30.65 
 
 		 343 aa  154  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  32.54 
 
 		 341 aa  154  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  31.27 
 
 		 347 aa  153  4e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  32.49 
 
 		 342 aa  152  7e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  32.49 
 
 		 342 aa  152  7e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  30.81 
 
 		 339 aa  152  8.999999999999999e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  32.49 
 
 		 342 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  32.49 
 
 		 342 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  31.63 
 
 		 341 aa  152  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  30.13 
 
 		 319 aa  150  2e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  30.67 
 
 		 340 aa  151  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  29.57 
 
 		 333 aa  148  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  43.07 
 
 		 353 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  31.86 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  28.14 
 
 		 337 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  31.12 
 
 		 341 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  33.97 
 
 		 378 aa  147  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  31.23 
 
 		 341 aa  147  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  30.82 
 
 		 341 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  29.9 
 
 		 342 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  30.35 
 
 		 368 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  31.33 
 
 		 341 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  31.33 
 
 		 341 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  30.36 
 
 		 341 aa  145  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  29.61 
 
 		 341 aa  144  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  31.56 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  30.38 
 
 		 342 aa  142  7e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  30.97 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 319 aa  140  3e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  29.91 
 
 		 355 aa  140  3e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  42.16 
 
 		 533 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  29.82 
 
 		 339 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 349 aa  139  4.999999999999999e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  31.74 
 
 		 341 aa  139  6e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  29.97 
 
 		 334 aa  139  7e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  37.33 
 
 		 553 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  28.87 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 631 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  39.59 
 
 		 696 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.39 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  43.54 
 
 		 518 aa  135  9e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.61 
 
 		 890 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.94 
 
 		 890 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.72 
 
 		 728 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 402 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 565 aa  134  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 359 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  36.4 
 
 		 457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  41.11 
 
 		 461 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  29.36 
 
 		 347 aa  130  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0116  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 398 aa  130  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.864855  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 422 aa  130  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  46.84 
 
 		 425 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.99 
 
 		 322 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2481  diguanylate cyclase  28.92 
 
 		 374 aa  130  4.0000000000000003e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  42.86 
 
 		 641 aa  129  6e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 432 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  42.56 
 
 		 362 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 534 aa  129  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  45.21 
 
 		 753 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  40.56 
 
 		 457 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  43.04 
 
 		 485 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  40 
 
 		 335 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 772 aa  128  1.0000000000000001e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  41.12 
 
 		 610 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.62 
 
 		 791 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 512 aa  128  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 451 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  39.44 
 
 		 457 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>