More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3676 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3676  diguanylate cyclase  100 
 
 		 371 aa  753    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000048428  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3441  hypothetical protein  38.07 
 
 		 401 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40570  putative two-component response regulator  37.39 
 
 		 401 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  34.33 
 
 		 410 aa  146  7.0000000000000006e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 538 aa  145  1e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  41.24 
 
 		 546 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1813  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 386 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.730077 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  40.22 
 
 		 328 aa  137  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 498 aa  137  4e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.05 
 
 		 362 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.11 
 
 		 960 aa  135  8e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 357 aa  134  3.9999999999999996e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5514  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 493 aa  133  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.197216 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 339 aa  133  5e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0533  diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 480 aa  133  5e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  39.23 
 
 		 641 aa  132  7.999999999999999e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 499 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.05 
 
 		 664 aa  132  1.0000000000000001e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  41.05 
 
 		 347 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 620 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.04 
 
 		 352 aa  131  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20820  putative two-component response regulator  40.12 
 
 		 389 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  39.46 
 
 		 334 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 890 aa  130  3e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1716  diguanylate cyclase  30.86 
 
 		 349 aa  130  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839353 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 338 aa  130  4.0000000000000003e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 890 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  41.08 
 
 		 327 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  39.5 
 
 		 520 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  39.49 
 
 		 626 aa  129  6e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 630 aa  129  6e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 547 aa  129  6e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.75 
 
 		 310 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 359 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  34.8 
 
 		 252 aa  129  9.000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 534 aa  129  9.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 308 aa  129  9.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0807  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 340 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 529 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1787  hypothetical protein  39.52 
 
 		 381 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  39.52 
 
 		 649 aa  129  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 370 aa  129  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 360 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  39.78 
 
 		 334 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.64 
 
 		 344 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  37.68 
 
 		 527 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.11 
 
 		 622 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1647  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 307 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  39 
 
 		 520 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.75 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  35.59 
 
 		 1637 aa  127  3e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3251  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.61058  normal  0.330404 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  36.49 
 
 		 487 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  36.49 
 
 		 487 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  36.49 
 
 		 487 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  36.49 
 
 		 487 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2604  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 341 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.224021  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 372 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  36.49 
 
 		 487 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  36.49 
 
 		 528 aa  126  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0275  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 630 aa  126  5e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0339591 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1099  response regulator receiver domain-containing protein  34.34 
 
 		 390 aa  126  5e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.076371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 334 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 533 aa  126  6e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05729  putative diguanylate cyclase  35 
 
 		 323 aa  126  6e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.01 
 
 		 636 aa  126  6e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 310 aa  126  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  39.62 
 
 		 591 aa  125  8.000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 334 aa  125  9e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  38.12 
 
 		 987 aa  125  1e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 521 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 377 aa  125  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 553 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  36.68 
 
 		 492 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 501 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0766  ammonium transporter  35.26 
 
 		 644 aa  125  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  34.63 
 
 		 367 aa  125  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 521 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 521 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  37.5 
 
 		 487 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.04 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 333 aa  124  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 315 aa  124  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2150  diguanylate cyclase  36.56 
 
 		 330 aa  124  4e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.17 
 
 		 455 aa  123  4e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3165  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 579 aa  123  4e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624427  hitchhiker  0.00241131 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  34.33 
 
 		 502 aa  124  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 492 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  40.74 
 
 		 335 aa  123  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2404  diguanylate cyclase  34.33 
 
 		 479 aa  124  4e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00227226  normal  0.966476 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 334 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2671  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 578 aa  123  6e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00272144  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.34 
 
 		 483 aa  123  6e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6515  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 452 aa  123  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.683766  normal  0.600963 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3360  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 392 aa  123  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441275  normal  0.662685 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3022  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 579 aa  123  6e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.238574  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 584 aa  123  6e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 492 aa  123  6e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  40.37 
 
 		 536 aa  122  7e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 532 aa  122  7e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>