More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_4332 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  100 
 
 		 353 aa  714    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  83.29 
 
 		 353 aa  598  1e-170  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  62.11 
 
 		 369 aa  436  1e-121  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  61.82 
 
 		 369 aa  436  1e-121  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  61.14 
 
 		 372 aa  423  1e-117  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  57.51 
 
 		 352 aa  395  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 355 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  43.31 
 
 		 355 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  43.41 
 
 		 354 aa  300  2e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 352 aa  299  5e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  43.88 
 
 		 355 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  43.58 
 
 		 355 aa  295  1e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 354 aa  291  2e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 351 aa  238  2e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  35.82 
 
 		 350 aa  227  3e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  36.73 
 
 		 504 aa  202  5e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  37.03 
 
 		 352 aa  200  3e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  37.54 
 
 		 352 aa  196  7e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  37.54 
 
 		 352 aa  196  7e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 351 aa  192  5e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 360 aa  188  1e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 342 aa  184  3e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 342 aa  184  3e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 342 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  30.67 
 
 		 352 aa  183  5.0000000000000004e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 342 aa  182  6e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  32.54 
 
 		 343 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  32.62 
 
 		 319 aa  179  8e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  32.56 
 
 		 368 aa  179  8e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 340 aa  176  6e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 347 aa  176  8e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  30.95 
 
 		 355 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 350 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  32.06 
 
 		 347 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  31.21 
 
 		 342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 343 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  31.95 
 
 		 342 aa  172  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  33.14 
 
 		 359 aa  171  2e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  41.2 
 
 		 348 aa  169  7e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  32.81 
 
 		 339 aa  169  8e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  32.66 
 
 		 355 aa  166  5e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  31.01 
 
 		 328 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  32.19 
 
 		 353 aa  163  5.0000000000000005e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  32.05 
 
 		 339 aa  159  8e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  31.63 
 
 		 341 aa  157  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  31.82 
 
 		 341 aa  157  3e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 341 aa  157  3e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  31.88 
 
 		 339 aa  155  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  31.52 
 
 		 341 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  31.31 
 
 		 341 aa  154  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  31.21 
 
 		 341 aa  154  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  30.79 
 
 		 341 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  30.21 
 
 		 341 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  30.4 
 
 		 341 aa  152  7e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  31 
 
 		 341 aa  151  2e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2481  diguanylate cyclase  32.52 
 
 		 374 aa  151  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  30.4 
 
 		 341 aa  151  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  28.13 
 
 		 349 aa  150  3e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  30.75 
 
 		 337 aa  150  3e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 378 aa  150  4e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  30.45 
 
 		 337 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  29.94 
 
 		 308 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  32.45 
 
 		 347 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  33.45 
 
 		 696 aa  142  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  29.12 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  26.52 
 
 		 333 aa  141  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  29.68 
 
 		 340 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 341 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 402 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  43.5 
 
 		 454 aa  137  4e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 650 aa  137  4e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  40.4 
 
 		 512 aa  135  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 642 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 485 aa  132  6e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  46.01 
 
 		 474 aa  133  6e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  44.51 
 
 		 425 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  40.38 
 
 		 422 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 302 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  40.82 
 
 		 1637 aa  132  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 457 aa  131  2.0000000000000002e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  46.54 
 
 		 418 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 432 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 645 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 556 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.46 
 
 		 772 aa  130  3e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  41.21 
 
 		 316 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 565 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  38.07 
 
 		 671 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 516 aa  130  5.0000000000000004e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 533 aa  129  6e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 523 aa  129  6e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 532 aa  129  6e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  39.56 
 
 		 603 aa  129  7.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.01 
 
 		 531 aa  129  7.000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  40.87 
 
 		 344 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  46.63 
 
 		 455 aa  129  8.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  41.76 
 
 		 645 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  33.56 
 
 		 614 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 486 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>