More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3062 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  99.15 
 
 		 352 aa  699    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  100 
 
 		 352 aa  702    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  83.19 
 
 		 360 aa  578  1e-164  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 348 aa  239  5e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 359 aa  216  4e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 354 aa  208  1e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 355 aa  206  5e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 352 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 355 aa  203  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  37.2 
 
 		 355 aa  203  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 350 aa  198  1.0000000000000001e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 354 aa  193  4e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  37.54 
 
 		 353 aa  192  8e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  36.56 
 
 		 355 aa  191  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 369 aa  189  8e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 369 aa  186  4e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  36.73 
 
 		 372 aa  182  6e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  34.23 
 
 		 351 aa  182  6e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 353 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 352 aa  171  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  34.8 
 
 		 352 aa  169  6e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  32.65 
 
 		 504 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  31.68 
 
 		 328 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  31.66 
 
 		 351 aa  160  2e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  29.75 
 
 		 337 aa  160  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  29.2 
 
 		 339 aa  157  4e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  28.96 
 
 		 340 aa  154  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  32.13 
 
 		 355 aa  153  5e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  29.75 
 
 		 337 aa  152  8.999999999999999e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  28.87 
 
 		 341 aa  150  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  29.21 
 
 		 319 aa  149  5e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  28.49 
 
 		 342 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  28.49 
 
 		 342 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  28.99 
 
 		 341 aa  147  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  28.49 
 
 		 342 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  34.66 
 
 		 378 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  28.88 
 
 		 341 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  28.88 
 
 		 341 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  29.18 
 
 		 341 aa  146  5e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  28.49 
 
 		 342 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  29.48 
 
 		 341 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  28.7 
 
 		 342 aa  144  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  28.98 
 
 		 339 aa  144  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  26.67 
 
 		 341 aa  144  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  28.19 
 
 		 368 aa  143  3e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  27.73 
 
 		 347 aa  142  8e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  27.3 
 
 		 349 aa  142  9.999999999999999e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  29.79 
 
 		 347 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  27.1 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  30.84 
 
 		 343 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 341 aa  140  3e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  28.11 
 
 		 342 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  28.53 
 
 		 341 aa  139  6e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  27.81 
 
 		 352 aa  138  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  28.23 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  28.83 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  28.23 
 
 		 341 aa  137  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  42.79 
 
 		 753 aa  137  4e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  29.21 
 
 		 355 aa  135  9e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  27.58 
 
 		 350 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  28.48 
 
 		 353 aa  134  3e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  29.19 
 
 		 347 aa  133  5e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  25.53 
 
 		 341 aa  133  5e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  26.63 
 
 		 333 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  26.98 
 
 		 341 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2538  GGDEF domain-containing protein  45.12 
 
 		 648 aa  130  3e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000110944  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  47.09 
 
 		 736 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  27.14 
 
 		 340 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 476 aa  128  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  27.36 
 
 		 339 aa  127  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 485 aa  127  3e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 490 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 307 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 485 aa  126  5e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 485 aa  126  6e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 490 aa  126  7e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  39.88 
 
 		 485 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0803  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 346 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 351 aa  125  8.000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0831  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 351 aa  125  9e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 485 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 370 aa  125  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.57 
 
 		 355 aa  124  2e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 775 aa  124  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 314 aa  123  4e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  45.68 
 
 		 418 aa  123  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 490 aa  123  4e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  29.27 
 
 		 334 aa  123  5e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 498 aa  123  5e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0733  diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 514 aa  123  6e-27  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.057951  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3540  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 365 aa  122  7e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.123648 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 758 aa  122  7e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 487 aa  122  7e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.91 
 
 		 419 aa  122  8e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  34.96 
 
 		 696 aa  122  9e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 493 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  38.43 
 
 		 422 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 571 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>