More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1264 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  100 
 
 		 355 aa  723    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  35.96 
 
 		 337 aa  212  7e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  35.45 
 
 		 341 aa  208  1e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  35.78 
 
 		 339 aa  208  1e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  35.78 
 
 		 337 aa  207  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 341 aa  207  2e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  34.13 
 
 		 341 aa  207  3e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  34.73 
 
 		 341 aa  206  5e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 341 aa  205  8e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  34.73 
 
 		 341 aa  205  1e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  35.33 
 
 		 347 aa  205  1e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 341 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  36.55 
 
 		 341 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  36.55 
 
 		 341 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  34.67 
 
 		 339 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  33.43 
 
 		 341 aa  199  7.999999999999999e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  33.63 
 
 		 341 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 341 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  34.72 
 
 		 341 aa  196  7e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  32.84 
 
 		 351 aa  188  1e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 368 aa  186  8e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  32.83 
 
 		 347 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  33.53 
 
 		 341 aa  182  6e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  33.63 
 
 		 343 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 342 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 342 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 342 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  34.13 
 
 		 342 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  33.23 
 
 		 355 aa  177  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  32.54 
 
 		 342 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 351 aa  173  3.9999999999999995e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2202  diguanylate cyclase  29.79 
 
 		 342 aa  172  6.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.758849  normal  0.575152 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 353 aa  171  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  32.63 
 
 		 342 aa  170  3e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  32.8 
 
 		 319 aa  169  6e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  32.66 
 
 		 353 aa  164  3e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  32.14 
 
 		 347 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  31.44 
 
 		 340 aa  162  7e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  32.7 
 
 		 355 aa  162  7e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  31.75 
 
 		 350 aa  162  9e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  30.65 
 
 		 352 aa  160  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  29.97 
 
 		 352 aa  160  4e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  32.69 
 
 		 352 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  32.13 
 
 		 352 aa  153  5e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  31.73 
 
 		 355 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  32.05 
 
 		 355 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  31.83 
 
 		 352 aa  152  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  32.69 
 
 		 354 aa  149  5e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  31.79 
 
 		 308 aa  149  6e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  28.79 
 
 		 340 aa  149  6e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  31.73 
 
 		 355 aa  149  7e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  31.1 
 
 		 350 aa  149  8e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 349 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  28.53 
 
 		 353 aa  146  6e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  31.62 
 
 		 372 aa  145  9e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  29.67 
 
 		 339 aa  145  1e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  31.15 
 
 		 328 aa  144  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 343 aa  143  6e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  30.49 
 
 		 360 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  30.72 
 
 		 333 aa  137  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  31.07 
 
 		 354 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  30.29 
 
 		 369 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  30.29 
 
 		 369 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  31.18 
 
 		 359 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 490 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  40.09 
 
 		 753 aa  126  7e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 490 aa  125  1e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  31.37 
 
 		 518 aa  125  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 490 aa  124  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  28.83 
 
 		 352 aa  123  4e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 486 aa  123  6e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 348 aa  122  7e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.43 
 
 		 668 aa  122  8e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  35.32 
 
 		 565 aa  122  8e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.69 
 
 		 550 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.43 
 
 		 668 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 714 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2743  diguanylate cyclase  33.6 
 
 		 431 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.241398  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.21 
 
 		 550 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  39.89 
 
 		 1262 aa  118  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  36.73 
 
 		 569 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 464 aa  119  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  28.83 
 
 		 334 aa  119  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  39.32 
 
 		 375 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0755  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.05 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3128  diguanylate cyclase  38.57 
 
 		 241 aa  117  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.82 
 
 		 353 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 547 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 491 aa  116  5e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.98 
 
 		 416 aa  116  6e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.42 
 
 		 496 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 487 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.2 
 
 		 355 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.46 
 
 		 416 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  28.21 
 
 		 378 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 487 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  40.46 
 
 		 321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  42.33 
 
 		 422 aa  115  1.0000000000000001e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>