More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2312 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 341 aa  704    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  76.18 
 
 		 341 aa  542  1e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  68.53 
 
 		 341 aa  494  1e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  68.53 
 
 		 341 aa  488  1e-137  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  68.24 
 
 		 341 aa  488  1e-137  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  68.24 
 
 		 341 aa  488  1e-137  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  68.53 
 
 		 341 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  68.82 
 
 		 341 aa  490  1e-137  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  68.24 
 
 		 341 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  66.76 
 
 		 341 aa  479  1e-134  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  67.35 
 
 		 341 aa  479  1e-134  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  64.81 
 
 		 341 aa  479  1e-134  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  64.41 
 
 		 341 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  63.02 
 
 		 347 aa  450  1e-125  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  59 
 
 		 339 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  59 
 
 		 341 aa  427  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  48.21 
 
 		 337 aa  340  2e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  47.92 
 
 		 337 aa  340  2.9999999999999998e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  45.59 
 
 		 340 aa  330  2e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  45.75 
 
 		 339 aa  320  3e-86  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 355 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  32.93 
 
 		 352 aa  166  5e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  29.86 
 
 		 351 aa  164  1.0000000000000001e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 351 aa  161  1e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  32.38 
 
 		 342 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  32.38 
 
 		 342 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  32.38 
 
 		 342 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  31.34 
 
 		 368 aa  160  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  32.38 
 
 		 342 aa  160  3e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  31.38 
 
 		 342 aa  159  6e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  31.45 
 
 		 342 aa  159  7e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  29.43 
 
 		 350 aa  157  3e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  31.31 
 
 		 355 aa  156  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  32.52 
 
 		 355 aa  156  6e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  31.21 
 
 		 343 aa  155  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  32.54 
 
 		 352 aa  154  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  28.87 
 
 		 350 aa  154  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  29.75 
 
 		 352 aa  154  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  30.3 
 
 		 372 aa  152  8e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  29.45 
 
 		 328 aa  151  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  31.96 
 
 		 355 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  31.03 
 
 		 354 aa  149  6e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  31.15 
 
 		 352 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  29.07 
 
 		 355 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  29.82 
 
 		 319 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  29.73 
 
 		 369 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  29.5 
 
 		 339 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  26.53 
 
 		 360 aa  145  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  29.43 
 
 		 369 aa  144  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  29.15 
 
 		 340 aa  143  4e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  30.16 
 
 		 354 aa  143  5e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  27.7 
 
 		 347 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  28.75 
 
 		 333 aa  140  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  28.23 
 
 		 353 aa  140  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  30.26 
 
 		 348 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  30.1 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  28.82 
 
 		 353 aa  137  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  29.07 
 
 		 355 aa  135  9e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  25.84 
 
 		 352 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  28.49 
 
 		 347 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  25.53 
 
 		 352 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  27.19 
 
 		 359 aa  130  3e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.03 
 
 		 668 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.03 
 
 		 668 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  43.04 
 
 		 425 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  26.98 
 
 		 504 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  44.17 
 
 		 367 aa  124  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2202  diguanylate cyclase  25.3 
 
 		 342 aa  124  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.758849  normal  0.575152 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  40.78 
 
 		 234 aa  124  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  25.71 
 
 		 353 aa  123  4e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.49 
 
 		 298 aa  122  7e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.964426  normal  0.0629546 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 366 aa  122  9.999999999999999e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  31.43 
 
 		 460 aa  121  1.9999999999999998e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  30.45 
 
 		 355 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  38.85 
 
 		 532 aa  120  3e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  40.13 
 
 		 532 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  30.75 
 
 		 355 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  27.19 
 
 		 349 aa  119  6e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 547 aa  119  7e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0755  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 298 aa  119  9e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  41.77 
 
 		 418 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 454 aa  119  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2255  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 298 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 526 aa  119  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  40.57 
 
 		 476 aa  118  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1978  diguanylate cyclase  40 
 
 		 298 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.148602  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  40.88 
 
 		 722 aa  117  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.27 
 
 		 1079 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  38.55 
 
 		 506 aa  117  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  41.25 
 
 		 320 aa  116  5e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 517 aa  116  6e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 490 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 532 aa  115  7.999999999999999e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2010  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.71 
 
 		 574 aa  115  8.999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  29.59 
 
 		 464 aa  115  8.999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4959  diguanylate cyclase  32.86 
 
 		 354 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.179086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  28.01 
 
 		 378 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  38.32 
 
 		 506 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.26 
 
 		 324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>