More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1479 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  100 
 
 		 341 aa  705    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  76.18 
 
 		 341 aa  559  1e-158  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  70.38 
 
 		 341 aa  518  1e-146  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  70.67 
 
 		 341 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  70.67 
 
 		 341 aa  513  1e-144  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  69.21 
 
 		 341 aa  509  1e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  69.5 
 
 		 341 aa  510  1e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  69.5 
 
 		 341 aa  510  1e-143  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  70.09 
 
 		 341 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  69.21 
 
 		 341 aa  504  1e-141  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  68.91 
 
 		 341 aa  504  1e-141  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  67.16 
 
 		 341 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  67.45 
 
 		 341 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  66.77 
 
 		 347 aa  472  1e-132  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  60.77 
 
 		 339 aa  450  1e-125  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  59.59 
 
 		 341 aa  434  1e-121  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  50.3 
 
 		 337 aa  355  3.9999999999999996e-97  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  48.8 
 
 		 337 aa  354  1e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  47.49 
 
 		 339 aa  340  2e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  46.92 
 
 		 340 aa  335  5e-91  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 355 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  33.03 
 
 		 352 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  31.55 
 
 		 355 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  30.37 
 
 		 351 aa  157  2e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  31.29 
 
 		 351 aa  157  2e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  30.3 
 
 		 372 aa  153  5e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  30.45 
 
 		 342 aa  152  7e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 353 aa  151  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  30.91 
 
 		 352 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  30.15 
 
 		 328 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  29.55 
 
 		 350 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  29.79 
 
 		 342 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 355 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  29.28 
 
 		 355 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  31.44 
 
 		 355 aa  145  9e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  30.97 
 
 		 352 aa  143  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  28.94 
 
 		 368 aa  144  3e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  29.76 
 
 		 369 aa  143  4e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  27.11 
 
 		 350 aa  142  6e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  29.76 
 
 		 369 aa  142  8e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  28.43 
 
 		 355 aa  142  8e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  28.03 
 
 		 360 aa  142  9e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  28.53 
 
 		 354 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  28.44 
 
 		 352 aa  141  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  29.15 
 
 		 340 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  29.43 
 
 		 319 aa  140  3e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  28.87 
 
 		 343 aa  140  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  29.39 
 
 		 342 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  29.39 
 
 		 342 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  29.39 
 
 		 342 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  29.74 
 
 		 347 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  29.68 
 
 		 342 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  27.75 
 
 		 339 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  29.31 
 
 		 353 aa  135  9e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  26.56 
 
 		 354 aa  132  6.999999999999999e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  30.14 
 
 		 347 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  29.38 
 
 		 333 aa  132  7.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  27.51 
 
 		 352 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  26.98 
 
 		 352 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2202  diguanylate cyclase  26.07 
 
 		 342 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.758849  normal  0.575152 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  29.56 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  43.02 
 
 		 234 aa  125  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.63 
 
 		 324 aa  124  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  27.05 
 
 		 359 aa  124  3e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  28.41 
 
 		 348 aa  122  7e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.92 
 
 		 668 aa  122  7e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  26.96 
 
 		 349 aa  122  9e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  26.25 
 
 		 353 aa  122  9.999999999999999e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.92 
 
 		 668 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  30.48 
 
 		 355 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  37.74 
 
 		 425 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1617  diguanylate cyclase  26.8 
 
 		 514 aa  119  7.999999999999999e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  31.37 
 
 		 355 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 628 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  40.57 
 
 		 418 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  34.7 
 
 		 507 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.95 
 
 		 1079 aa  116  5e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0413  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 342 aa  116  6.9999999999999995e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 298 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.964426  normal  0.0629546 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  43.04 
 
 		 570 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.37 
 
 		 424 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2091  diguanylate cyclase  39.75 
 
 		 325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 507 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  39.52 
 
 		 312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  37.72 
 
 		 506 aa  114  3e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  40 
 
 		 320 aa  114  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2044  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 325 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.82426  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 298 aa  113  5e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  27.66 
 
 		 378 aa  113  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 366 aa  112  6e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4568  hypothetical protein  39.13 
 
 		 325 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  37.23 
 
 		 367 aa  112  8.000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 360 aa  112  8.000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2282  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 325 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  38.41 
 
 		 506 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1978  diguanylate cyclase  39.47 
 
 		 298 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.148602  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  38.41 
 
 		 489 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  38.41 
 
 		 499 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  31.27 
 
 		 508 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  33.49 
 
 		 259 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>