More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3973 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  100 
 
 
355 aa  725    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  68.95 
 
 
354 aa  504  9.999999999999999e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  66.67 
 
 
354 aa  486  1e-136  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  65.71 
 
 
352 aa  487  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  66.48 
 
 
355 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  65.43 
 
 
355 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  64.57 
 
 
355 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  43.58 
 
 
353 aa  289  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  42.81 
 
 
353 aa  288  8e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  41.62 
 
 
352 aa  268  2e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  41.4 
 
 
372 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  40.58 
 
 
369 aa  262  8e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  39.83 
 
 
369 aa  262  8e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  40.58 
 
 
351 aa  241  1e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  39.29 
 
 
504 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  36.58 
 
 
350 aa  229  6e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  34.8 
 
 
351 aa  207  3e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  35.38 
 
 
350 aa  202  6e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  34.67 
 
 
342 aa  199  5e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  34.67 
 
 
342 aa  199  5e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  34.67 
 
 
342 aa  199  7e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  34.67 
 
 
342 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  35.89 
 
 
347 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  36.09 
 
 
352 aa  198  1.0000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  36.56 
 
 
352 aa  193  4e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  36.56 
 
 
352 aa  191  1e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  34.57 
 
 
368 aa  189  7e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  33.86 
 
 
337 aa  187  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  32.82 
 
 
342 aa  187  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  33.04 
 
 
347 aa  187  3e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  35.51 
 
 
360 aa  186  4e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  34.04 
 
 
340 aa  186  5e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  33.97 
 
 
343 aa  186  6e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  32.28 
 
 
337 aa  186  7e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  33.96 
 
 
339 aa  186  7e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  33.12 
 
 
328 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  33.02 
 
 
319 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  32.82 
 
 
342 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  33.23 
 
 
352 aa  182  1e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  34.36 
 
 
339 aa  182  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  38.01 
 
 
359 aa  179  8e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  40.39 
 
 
348 aa  176  5e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  33.66 
 
 
343 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  32.92 
 
 
340 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  32.05 
 
 
355 aa  172  9e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  29.5 
 
 
353 aa  171  2e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  33.82 
 
 
378 aa  167  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  30.06 
 
 
333 aa  166  6.9999999999999995e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  30.65 
 
 
349 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  32.43 
 
 
341 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  32.7 
 
 
355 aa  162  7e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  32.93 
 
 
341 aa  161  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  32 
 
 
341 aa  160  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  31.99 
 
 
341 aa  160  3e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  32.3 
 
 
341 aa  159  6e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  32.3 
 
 
341 aa  159  7e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  31.5 
 
 
341 aa  159  8e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  32.3 
 
 
341 aa  158  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  32.62 
 
 
341 aa  158  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  31.19 
 
 
341 aa  158  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  31.96 
 
 
308 aa  157  3e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  31.31 
 
 
341 aa  156  4e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  31.19 
 
 
341 aa  156  7e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  32.19 
 
 
347 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  31.68 
 
 
341 aa  152  8e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  39.74 
 
 
316 aa  152  1e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  45.08 
 
 
523 aa  151  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  39.81 
 
 
425 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  45.9 
 
 
317 aa  149  7e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  29.54 
 
 
339 aa  149  7e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  43.83 
 
 
492 aa  146  6e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  41.79 
 
 
630 aa  145  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  44.25 
 
 
461 aa  145  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  41.33 
 
 
344 aa  144  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.2 
 
 
791 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  45.4 
 
 
306 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  40.32 
 
 
642 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.07 
 
 
457 aa  144  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  44.25 
 
 
456 aa  145  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  44.83 
 
 
461 aa  144  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  31.8 
 
 
355 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  45.4 
 
 
307 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  39.36 
 
 
696 aa  143  5e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  45.66 
 
 
553 aa  143  5e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.9 
 
 
335 aa  143  5e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  45.78 
 
 
457 aa  142  6e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  43.89 
 
 
457 aa  143  6e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.32 
 
 
357 aa  142  6e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  39.6 
 
 
418 aa  142  7e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  45.14 
 
 
457 aa  142  8e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2538  GGDEF domain-containing protein  38.66 
 
 
648 aa  142  8e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000110944  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.71 
 
 
628 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  42.53 
 
 
565 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  43.86 
 
 
307 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  29.28 
 
 
341 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  43.3 
 
 
638 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  44.25 
 
 
753 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0918  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.42 
 
 
297 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0046e-32 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  42.05 
 
 
578 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  36.21 
 
 
237 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>