More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02325 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  100 
 
 		 949 aa  1943    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  26.82 
 
 		 1054 aa  298  5e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  25.55 
 
 		 1004 aa  285  3.0000000000000004e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  30.53 
 
 		 1034 aa  251  5e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1027  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.71 
 
 		 1276 aa  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  25.35 
 
 		 987 aa  227  8e-58  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  25.35 
 
 		 1370 aa  211  4e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  24.84 
 
 		 1342 aa  211  6e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  24.91 
 
 		 1388 aa  204  4e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  22.56 
 
 		 965 aa  204  7e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2600  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  24.05 
 
 		 977 aa  197  6e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1225  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  23.54 
 
 		 985 aa  197  9e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.90661  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0967  GGDEF family protein  24.63 
 
 		 976 aa  190  9e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1127  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0755  GGDEF domain-containing protein  22.62 
 
 		 1053 aa  189  3e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  24.12 
 
 		 1366 aa  186  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  23.1 
 
 		 946 aa  185  3e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  24.28 
 
 		 1105 aa  181  4.999999999999999e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  23.99 
 
 		 1526 aa  181  7e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.4 
 
 		 1258 aa  181  7e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  22.9 
 
 		 1355 aa  179  2e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  23.61 
 
 		 1378 aa  177  9.999999999999999e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  23.95 
 
 		 1378 aa  176  1.9999999999999998e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1301  two component regulator propeller domain protein  22.93 
 
 		 1008 aa  176  1.9999999999999998e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.503431  normal  0.30236 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  22.93 
 
 		 1374 aa  175  2.9999999999999996e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  23.42 
 
 		 1397 aa  174  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  23.45 
 
 		 1400 aa  171  8e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.87 
 
 		 1226 aa  168  5e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1335  histidine kinase  23.69 
 
 		 1278 aa  166  1.0000000000000001e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.820531 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  23.42 
 
 		 1114 aa  166  2.0000000000000002e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  23.09 
 
 		 1355 aa  164  5.0000000000000005e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  22.17 
 
 		 1316 aa  164  1e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  23.55 
 
 		 1384 aa  163  1e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  22.84 
 
 		 1373 aa  163  2e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  24.8 
 
 		 1498 aa  163  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  22.79 
 
 		 1024 aa  161  6e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  22.53 
 
 		 1374 aa  160  9e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_105  histidine kinase CheY-like domain protein  23.73 
 
 		 1070 aa  159  3e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  23.36 
 
 		 1340 aa  157  1e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  24.49 
 
 		 1347 aa  156  2e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  23.85 
 
 		 1306 aa  154  8.999999999999999e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.68 
 
 		 792 aa  152  2e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5256  histidine kinase  22.42 
 
 		 1063 aa  152  3e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.015523  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  22.63 
 
 		 1407 aa  151  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  22.31 
 
 		 1414 aa  151  5e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  21.65 
 
 		 1418 aa  151  6e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2723  histidine kinase  21.67 
 
 		 1347 aa  150  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  23.01 
 
 		 1334 aa  149  3e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4600  two component regulator propeller domain protein  22.65 
 
 		 1194 aa  149  3e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.779291 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.06 
 
 		 444 aa  148  5e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 314 aa  147  7.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0275  histidine kinase  23.19 
 
 		 1070 aa  147  7.0000000000000006e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 301 aa  147  7.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 306 aa  147  8.000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00967  Putative signal protein with GGDEF domain  24.15 
 
 		 990 aa  147  9e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0579558  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  40.53 
 
 		 487 aa  147  9e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06199  Putative signal protein with GGDEF domain  24.15 
 
 		 990 aa  147  9e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.368142  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  21.61 
 
 		 1313 aa  147  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 570 aa  147  1e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 306 aa  147  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  21.5 
 
 		 1363 aa  146  1e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 459 aa  147  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 612 aa  146  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  37.01 
 
 		 738 aa  145  3e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 775 aa  145  3e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 366 aa  145  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  39.66 
 
 		 340 aa  145  4e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1331  sensor histidine kinase/response regulator  22.68 
 
 		 1118 aa  145  5e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.24 
 
 		 505 aa  145  5e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 350 aa  143  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  41.54 
 
 		 464 aa  143  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 491 aa  143  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  42.41 
 
 		 308 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.18 
 
 		 769 aa  143  1.9999999999999998e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  23.61 
 
 		 1396 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  47.4 
 
 		 374 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 336 aa  142  3e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 492 aa  142  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2407  diguanylate cyclase  45.62 
 
 		 364 aa  142  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  35.22 
 
 		 408 aa  142  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 314 aa  142  3.9999999999999997e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  37.86 
 
 		 362 aa  142  3.9999999999999997e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  41.45 
 
 		 565 aa  142  3.9999999999999997e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 373 aa  142  3.9999999999999997e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.67 
 
 		 550 aa  141  4.999999999999999e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.24 
 
 		 772 aa  141  6e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 313 aa  141  6e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 340 aa  141  6e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 345 aa  141  7e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  37.63 
 
 		 235 aa  141  7e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.594222 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  37.63 
 
 		 275 aa  140  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2370  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 554 aa  140  8.999999999999999e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  21.82 
 
 		 1335 aa  140  1e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  22.37 
 
 		 1093 aa  140  1e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 490 aa  140  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  40 
 
 		 307 aa  139  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  37.78 
 
 		 565 aa  140  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 735 aa  140  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  39.3 
 
 		 453 aa  139  2e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 370 aa  140  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  38.28 
 
 		 278 aa  139  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>