More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3549 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  100 
 
 		 408 aa  813    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.61 
 
 		 482 aa  150  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5041  putative signaling protein  30.17 
 
 		 400 aa  150  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.883935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 571 aa  150  4e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.63 
 
 		 531 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0645  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 302 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3597  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 302 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3786  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3663  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 302 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.01 
 
 		 342 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 322 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  45.09 
 
 		 525 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0633  diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 302 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.4362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 485 aa  139  6e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 308 aa  139  7e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 308 aa  139  7e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 312 aa  139  8.999999999999999e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3488  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.464189  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 536 aa  139  1e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  37.07 
 
 		 949 aa  137  2e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  32 
 
 		 564 aa  138  2e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 485 aa  138  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  41.82 
 
 		 485 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.45 
 
 		 342 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3320  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 485 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  42.72 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.45 
 
 		 328 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0796  GGDEF family protein  41.14 
 
 		 303 aa  137  4e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0539  GGDEF  30.6 
 
 		 432 aa  137  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 680 aa  137  4e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  46.01 
 
 		 457 aa  137  4e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5124  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.26 
 
 		 1015 aa  136  5e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.247215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 354 aa  136  5e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  46.47 
 
 		 397 aa  137  5e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 387 aa  136  8e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 467 aa  136  9e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  47.03 
 
 		 487 aa  135  9e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  34.72 
 
 		 464 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1371  diguanylate cyclase  31.44 
 
 		 466 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.385487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.1 
 
 		 550 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  44.51 
 
 		 525 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 365 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  30.99 
 
 		 466 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 385 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 540 aa  134  3e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  46.2 
 
 		 507 aa  134  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  45.36 
 
 		 510 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  45.36 
 
 		 510 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  30.83 
 
 		 466 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  45.36 
 
 		 510 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  46.99 
 
 		 487 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  46.99 
 
 		 487 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  46.99 
 
 		 487 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 385 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  46.99 
 
 		 528 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  41.57 
 
 		 604 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  46.99 
 
 		 487 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  46.99 
 
 		 487 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 385 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 631 aa  133  5e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  40.5 
 
 		 623 aa  133  5e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  47.24 
 
 		 457 aa  133  6e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.45 
 
 		 328 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  38.2 
 
 		 323 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  36.41 
 
 		 722 aa  132  9e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.62 
 
 		 512 aa  132  9e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  38.76 
 
 		 335 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1313  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 543 aa  132  1.0000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 492 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 360 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 1004 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  30.15 
 
 		 466 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  40 
 
 		 486 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  39.35 
 
 		 281 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 681 aa  131  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 1774 aa  131  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  30.41 
 
 		 466 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  38.2 
 
 		 323 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.13 
 
 		 314 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  35.62 
 
 		 611 aa  131  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  30.41 
 
 		 466 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  38.76 
 
 		 332 aa  131  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5204  diguanylate cyclase  34.87 
 
 		 466 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  40 
 
 		 486 aa  131  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  31.23 
 
 		 571 aa  131  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.82 
 
 		 464 aa  130  3e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 635 aa  130  3e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  40 
 
 		 486 aa  131  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  40 
 
 		 486 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  42.68 
 
 		 415 aa  130  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.86 
 
 		 772 aa  130  4.0000000000000003e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  31.66 
 
 		 581 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.56 
 
 		 792 aa  130  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 384 aa  130  5.0000000000000004e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 342 aa  129  6e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  43.72 
 
 		 1000 aa  130  6e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.13 
 
 		 901 aa  130  6e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 317 aa  129  6e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.68 
 
 		 578 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>