More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_1313 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_1313  diguanylate cyclase  100 
 
 		 543 aa  1102    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  31.76 
 
 		 722 aa  139  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.89 
 
 		 586 aa  138  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  42.5 
 
 		 424 aa  137  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  43.58 
 
 		 680 aa  135  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 408 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 317 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 317 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  39.75 
 
 		 548 aa  130  7.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 681 aa  130  8.000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.21 
 
 		 792 aa  129  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 454 aa  129  1.0000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.61 
 
 		 797 aa  129  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  42.5 
 
 		 415 aa  129  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 1037 aa  129  2.0000000000000002e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.82 
 
 		 827 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 510 aa  128  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 510 aa  128  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 510 aa  128  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 373 aa  127  6e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 345 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  40 
 
 		 611 aa  127  8.000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 321 aa  125  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 407 aa  126  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 467 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 764 aa  126  1e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 532 aa  126  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 764 aa  126  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 764 aa  126  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 350 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 319 aa  126  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.25 
 
 		 444 aa  125  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 320 aa  125  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 301 aa  125  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  44.1 
 
 		 346 aa  125  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 308 aa  125  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 308 aa  125  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 623 aa  124  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 487 aa  124  4e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  41.92 
 
 		 624 aa  124  4e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1737  diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 390 aa  124  5e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0222793  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 569 aa  124  6e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 620 aa  124  6e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.22 
 
 		 572 aa  123  7e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  39.36 
 
 		 466 aa  123  7e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 517 aa  123  7e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  37.65 
 
 		 525 aa  123  8e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 312 aa  123  9e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 510 aa  123  9e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  41.67 
 
 		 413 aa  122  9.999999999999999e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  38.89 
 
 		 525 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 307 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 377 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 492 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 237 aa  123  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1419  diguanylate cyclase  32.92 
 
 		 581 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.337287  normal  0.697858 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  39.02 
 
 		 414 aa  122  1.9999999999999998e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 1774 aa  122  1.9999999999999998e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.75 
 
 		 531 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 397 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  40.8 
 
 		 568 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4041  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 282 aa  122  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649407 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 498 aa  121  3e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  34.04 
 
 		 585 aa  121  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 317 aa  121  3e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 571 aa  121  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  40.96 
 
 		 531 aa  121  3.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.52 
 
 		 791 aa  121  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 378 aa  121  3.9999999999999996e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 464 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 621 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  40.33 
 
 		 609 aa  120  6e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 304 aa  120  6e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.28 
 
 		 1000 aa  120  6e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.38 
 
 		 1078 aa  120  7e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 409 aa  120  7e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  40 
 
 		 525 aa  120  7e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.37 
 
 		 730 aa  120  7e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.52 
 
 		 324 aa  120  7e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2680  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 252 aa  120  7.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 387 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  34.31 
 
 		 585 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 496 aa  119  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  41.36 
 
 		 457 aa  119  9.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.82 
 
 		 355 aa  119  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  40.88 
 
 		 565 aa  119  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0699  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 226 aa  119  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.642785 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0413  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 342 aa  118  1.9999999999999998e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 582 aa  119  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 492 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 563 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  38.27 
 
 		 364 aa  118  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  33.49 
 
 		 220 aa  118  3e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2254  sensory box protein  37.22 
 
 		 422 aa  118  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 510 aa  118  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.1 
 
 		 578 aa  118  3e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 492 aa  118  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3373  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 505 aa  118  3e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  39.63 
 
 		 457 aa  118  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 342 aa  118  3e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>