More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3010 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  100 
 
 		 377 aa  763    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  81.67 
 
 		 381 aa  614  1e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  81.67 
 
 		 381 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  48.92 
 
 		 548 aa  150  5e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  42.47 
 
 		 611 aa  142  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 318 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22780  GGDEF protein  42.16 
 
 		 318 aa  142  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0043996  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  46.28 
 
 		 570 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  48.7 
 
 		 346 aa  141  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.98 
 
 		 519 aa  140  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 324 aa  139  7e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.91 
 
 		 550 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 552 aa  138  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.39 
 
 		 328 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  47.13 
 
 		 753 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.2 
 
 		 531 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  38.89 
 
 		 422 aa  136  8e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  43.96 
 
 		 492 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1099  response regulator receiver domain-containing protein  31.43 
 
 		 390 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.076371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  44.68 
 
 		 495 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3042  response regulator receiver protein  45.41 
 
 		 388 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 310 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 392 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.14 
 
 		 332 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 464 aa  133  5e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 1774 aa  133  5e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 632 aa  132  6.999999999999999e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  44 
 
 		 323 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  41.44 
 
 		 568 aa  132  7.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  39.17 
 
 		 247 aa  132  1.0000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 540 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 634 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  40.11 
 
 		 323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  44.75 
 
 		 323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  44.85 
 
 		 525 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3571  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 610 aa  130  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 411 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 469 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  40.57 
 
 		 322 aa  130  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  39.46 
 
 		 451 aa  130  5.0000000000000004e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 492 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  40.7 
 
 		 385 aa  129  6e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.09 
 
 		 730 aa  129  6e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 492 aa  129  6e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  40 
 
 		 559 aa  129  7.000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  40.1 
 
 		 402 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  40.57 
 
 		 320 aa  129  9.000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  43.04 
 
 		 532 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  44.24 
 
 		 525 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 354 aa  129  9.000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  35.34 
 
 		 385 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 517 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  45.62 
 
 		 623 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  45.28 
 
 		 681 aa  129  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  45.28 
 
 		 680 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 532 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.98 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  35.34 
 
 		 385 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 385 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  30.18 
 
 		 396 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  39.89 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 631 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 582 aa  128  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  41.48 
 
 		 332 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  37.44 
 
 		 335 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  45.78 
 
 		 530 aa  128  2.0000000000000002e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.99 
 
 		 464 aa  127  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 501 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 172 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 322 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  31.86 
 
 		 359 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  40.29 
 
 		 355 aa  127  3e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  44.19 
 
 		 609 aa  127  3e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  44.19 
 
 		 709 aa  127  3e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 360 aa  127  3e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.52 
 
 		 444 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  45.57 
 
 		 529 aa  127  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 736 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  45.35 
 
 		 496 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  44.3 
 
 		 366 aa  127  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  43.21 
 
 		 448 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  34.35 
 
 		 411 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 646 aa  126  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  39.06 
 
 		 533 aa  127  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3763  GGDEF  42.41 
 
 		 358 aa  126  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.199974 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  45.51 
 
 		 424 aa  127  5e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.25 
 
 		 457 aa  126  5e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0131  diguanylate cyclase  38.52 
 
 		 392 aa  126  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 458 aa  126  5e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 411 aa  126  5e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.44 
 
 		 698 aa  126  6e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4730  diguanylate cyclase  45.62 
 
 		 572 aa  126  6e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 635 aa  126  6e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3400  GGDEF  41.9 
 
 		 584 aa  126  7e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.884579  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 320 aa  126  7e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  36.55 
 
 		 492 aa  126  7e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  45.86 
 
 		 397 aa  126  7e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  30.06 
 
 		 384 aa  126  7e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.4 
 
 		 342 aa  126  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>