More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_3083 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  100 
 
 		 409 aa  828    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 382 aa  183  5.0000000000000004e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1404  diguanylate cyclase  27.82 
 
 		 390 aa  145  9e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1395  diguanylate cyclase  28.21 
 
 		 397 aa  144  2e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2653  diguanylate cyclase  28.03 
 
 		 397 aa  143  4e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.170151 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 611 aa  141  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 532 aa  140  4.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 379 aa  139  7.999999999999999e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.31 
 
 		 797 aa  139  1e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  45.34 
 
 		 492 aa  136  6.0000000000000005e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2880  GGDEF  44.71 
 
 		 410 aa  135  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.16195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 564 aa  135  9.999999999999999e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.12 
 
 		 415 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 532 aa  134  3e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 357 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.91 
 
 		 792 aa  133  6.999999999999999e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  38.92 
 
 		 353 aa  131  2.0000000000000002e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 486 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  43.03 
 
 		 548 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 615 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 490 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  42.42 
 
 		 1000 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 486 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 486 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 486 aa  131  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 396 aa  130  3e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 427 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 298 aa  130  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.05 
 
 		 772 aa  130  5.0000000000000004e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5509  GGDEF domain protein  36.41 
 
 		 351 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 775 aa  130  6e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 362 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5094  hypothetical protein  36.41 
 
 		 351 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5111  hypothetical protein  36.41 
 
 		 351 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 571 aa  129  8.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  29.71 
 
 		 532 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 295 aa  129  8.000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5267  GGDEF domain-containing protein  36.41 
 
 		 351 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5664  GGDEF domain-containing protein  36.41 
 
 		 351 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 487 aa  129  9.000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 454 aa  129  9.000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 628 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 570 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1570  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 516 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 532 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 753 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 301 aa  128  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 491 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 385 aa  127  2.0000000000000002e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 357 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 486 aa  127  3e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.51 
 
 		 800 aa  127  3e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5208  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 351 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 403 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2959  GGDEF domain-containing protein  42.17 
 
 		 292 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000656128  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1769  diguanylate cyclase  43.95 
 
 		 464 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.128605  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 307 aa  126  5e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 477 aa  126  5e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 373 aa  127  5e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 411 aa  126  5e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 378 aa  127  5e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 370 aa  127  5e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0422  diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 317 aa  126  6e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.25 
 
 		 482 aa  126  6e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 349 aa  126  7e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  40 
 
 		 498 aa  126  8.000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  40.62 
 
 		 485 aa  126  9e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 507 aa  126  9e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 405 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 317 aa  125  1e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 526 aa  125  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 317 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 322 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2546  diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 564 aa  125  1e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0032266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  40 
 
 		 485 aa  125  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.86 
 
 		 901 aa  125  1e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.1 
 
 		 827 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 381 aa  125  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 317 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  41.21 
 
 		 462 aa  125  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 507 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.92 
 
 		 572 aa  124  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 526 aa  124  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.42 
 
 		 769 aa  124  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  43.48 
 
 		 565 aa  125  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 426 aa  124  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 339 aa  124  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  43.53 
 
 		 375 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  42.95 
 
 		 794 aa  125  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5538  ggdef family protein  36.56 
 
 		 352 aa  124  3e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  39.89 
 
 		 626 aa  124  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 467 aa  124  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2594  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 582 aa  124  3e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 488 aa  124  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 585 aa  124  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  30.87 
 
 		 385 aa  124  4e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  36 
 
 		 485 aa  124  4e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  32.2 
 
 		 388 aa  124  4e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3308  diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 603 aa  123  5e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000660005  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 414 aa  123  5e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>