More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_1821 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  100 
 
 		 298 aa  616  1e-175  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1986  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 307 aa  203  3e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01667  sensory box/GGDEF domain protein  39.85 
 
 		 304 aa  182  8.000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.753306  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  38.22 
 
 		 462 aa  150  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.09 
 
 		 827 aa  145  7.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  47.9 
 
 		 321 aa  145  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 623 aa  143  4e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 501 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.83 
 
 		 1000 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  35.88 
 
 		 555 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3851  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 380 aa  138  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.344739 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.68 
 
 		 353 aa  137  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 510 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 522 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 220 aa  137  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 243 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 503 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 510 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 510 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 532 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  41.99 
 
 		 949 aa  136  4e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  36.86 
 
 		 516 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 661 aa  135  9e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  44.19 
 
 		 308 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 503 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  39.18 
 
 		 323 aa  135  9.999999999999999e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  45.65 
 
 		 381 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  40.66 
 
 		 540 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  33.6 
 
 		 571 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 680 aa  133  3e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 521 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 521 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2174  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 467 aa  133  3e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0868971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 521 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40570  putative two-component response regulator  44.91 
 
 		 401 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  30.95 
 
 		 345 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 532 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  36.44 
 
 		 295 aa  132  5e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 317 aa  132  6e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  41.23 
 
 		 532 aa  132  6e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 502 aa  132  6e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 317 aa  132  6e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.74 
 
 		 531 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  42.16 
 
 		 569 aa  132  7.999999999999999e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 650 aa  132  9e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  35.83 
 
 		 422 aa  132  9e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 452 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 452 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.03 
 
 		 730 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 758 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 324 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 324 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 681 aa  131  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3441  hypothetical protein  44.31 
 
 		 401 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  41.99 
 
 		 432 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 542 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 452 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  44.38 
 
 		 452 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 324 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  35.36 
 
 		 451 aa  131  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 476 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  34.08 
 
 		 528 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 409 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  45.81 
 
 		 320 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 476 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 527 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 350 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  45.62 
 
 		 732 aa  130  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  42.31 
 
 		 412 aa  130  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1267  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  44.38 
 
 		 476 aa  130  3e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.413897 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2404  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 479 aa  130  3e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00227226  normal  0.966476 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 1037 aa  130  3e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  44.12 
 
 		 392 aa  130  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.05 
 
 		 636 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  41.82 
 
 		 418 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.61 
 
 		 564 aa  129  4.0000000000000003e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  41.08 
 
 		 495 aa  129  4.0000000000000003e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  45.06 
 
 		 764 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  40.66 
 
 		 357 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 339 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  45.06 
 
 		 764 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 474 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  36.28 
 
 		 506 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 524 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1927  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 253 aa  129  6e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.949533 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  44.63 
 
 		 422 aa  129  6e-29  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  45.06 
 
 		 764 aa  129  6e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  43.26 
 
 		 364 aa  129  7.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 564 aa  129  7.000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.78 
 
 		 482 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.74 
 
 		 367 aa  129  7.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 498 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3547  diguanylate cyclase  40 
 
 		 587 aa  129  7.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  32.7 
 
 		 510 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 403 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  41.4 
 
 		 689 aa  128  9.000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  36.73 
 
 		 506 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>